Biopankkitutkimukset

EXPAND: R&D Exploration of Optomics Technology for Expanding Clinical Applications

This project aims to expand iLoF’s Optomics platform, a non-invasive, AI-based technology that analyzes optical signals from blood samples, for use in oncology. Previously validated in Alzheimer’s disease, Optomics enables fast, label-free patient stratification. The current focus is on researching unmet needs in cancer screening, particularly for ovarian cancer, where the platform could help differentiate benign from malignant masses and enable earlier detection of high-grade serous carcinoma. The project seeks to accelerate clinical decision making and improve patient outcomes.

A53E SNCA Mutation in Parkinson’s From Organoids to Postmortem

This project studies a rare genetic form of Parkinson’s disease caused by the A53E mutation in the SNCA gene, found in a Finnish family. Using stem cells from patients, we create brain organoids—miniature brain models—to understand how the disease starts and spreads. A new method developed in our lab allows these organoids to grow longer and include immune cells found in the brain. By comparing these models with donated brain tissue, we aim to uncover how this mutation causes damage. Our goal is to find new targets for treatment that could help both rare and common forms of Parkinson’s. Parkinson’s disease (PD) and multiple system atrophy (MSA) tissue samples from Auria Biobank will be used to validate the findings.

Molecular landscape of Lynch syndrome-associated tumor spectrum (FinMMR)

Lynch syndrome (LS) is common hereditary syndrome with an increased risk of colorectal, endometrial, and a dozen of other LS-related cancers, and caused by inherited defects in mismatch repair genes. Utilizing data from the Lynch Syndrome Research Registry, we have identified 800 LS associated tumors from 15 organs, to be obtained through requests to Finnish biobanks. Our research aims to determine the mismatch repair deficiency and analyze the immune profiles of these tumors to identify the prevalent frameshift mutations allowing development of LS-specific ctDNA and csRNA screening tests and validation of the vaccine developed for cancer prevention in LS.

Solunulkoiset vesikkelit rintasyövän diagnostiikan ja hoitopäätösten tukena

Tutkimuksen tavoitteena on parantaa rintasyövän varhaisdiagnostiikkaa tunnistamalla uusia biomarkkereita, jotka perustuvat proteiinien, glykaanien ja lipidien ilmentymisprofiiliin ekstrasellulaaristen vesikkelien pinnalla. Potentiaalisimpia tunnistetuista biomarkkereista tullaan testaamaan menetelmäkehityksessä ja kliinisessä validoinnissa. Tutkimuksen osatavoitteet ovat tunnistaa uusia biomarkkereita tutkimalla proteiini-, glykaani- ja lipidiprofiileja rintasyöpäsolujen ekstrasellulaarivesikkeleissä, kehittää edellä mainittujen profiilien tunnistamiseen spesifinen ja kliiniseen käyttöön soveltuva immuunimääritys hyödynnettäväksi aggressiivisen rintasyövän varhaisdiagnostiikassa ja validoida em. menetelmä kohorteissa eri tyyppisten rintasyöpäpotilaiden virtsa- ja seeruminäytteitä

FinnGen3 Eye Disease Task Force, age-related macular degeneration (AMD)

The aim is to study the progression of age related macular degeneration (AMD) by collecting and analyzing clinical and genetic data, OCT images and protein biomarkers. In combination, the data will improve the identification of patients with the highest risk of disease progression. This in turn could, in the future, reduce the duration of clinical trials.

Tavoitteena on tutkia silmänpohjan ikärappeuman (AMD) etenemistä keräämällä ja analysoimalla kliinistä ja geneettistä dataa, OCT-kuvia ja proteiinibiomarkkereita. Yhdessä nämä tiedot parantavat kykyä tunnistaa potilaat, joilla on suurin riski taudin etenemiseen, mikä voisi tulevaisuudessa lyhentää kliinisten tutkimusten kestoa.

Expression and localization of oncology targets in prostate cancer

This study aims to evaluate the expression and prevalence of different targets in prostate cancer patients. It is hoped that the findings will contribute to the development of new approved drugs for patients with prostate cancer.

Gastric and Colorectal Cancer Tissue Microarray Project

The objective of the study is to validate the potential actionable targets and novel biomarkers for gastric and colorectal cancer found by data-driven target identification. Hopefully, the study will contribute to obtaining new approved drugs for patients with gastric and colorectal

FinnGen 3 Neurodegenerative Disease Task Force access request

FinnGen on 10 vuoden mittainen tutkimushanke, joka pyrkii selvittämään tuhansien sairauksien geneettisiä riskitekijöitä. FinnGenin kolmas vaihe keskittyy aiemmissa vaiheissa tunnistettujen sairauksien ja geneettisten varianttien syvällisempään analyysiin laajentamatta nykyistä 520 000 biopankkiosallistujan aineistoa. Hankkeessa tehdään pitkittäistutkimuksia sairauksien etenemisestä ja hoitovasteista sekä tutkitaan geneettisten riskitekijöiden biologisia mekanismeja valituissa sairauksissa. Aikaisemmin tuotettuun tutkimusaineistoon yhdistetään uutta terveystietoa ja molekyyliprofiloinnin avulla biopankkinäytteistä tuotettua tietoa. Näin pystytään ymmärtämään niitä biologisia prosesseja, jotka vaikuttavat sairauden kehittymiseen tutkittujen geneettisten riskitekijöiden kantajilla. Tavoitteena on tutkia Alzheimerin taudin etenemistä analysoimalla olemassa olevia pään MRI kuvia sekä uusia, erittäin herkkiä plasman biomarkkereita. Kuvantamisdata saattaa auttaa tarkentamaan taudin vaihetta ja ennustetta genetiikkaan ja biomarkkeritietoihin yhdistettynä. Tällaista tietoa voitaisiin käyttää jatkossa mahdollisesti korkean riskin henkilöiden tunnistamiseksi esimerkiksi kliinisessä diagnostiikassa ja ennustearviossa.

FinnGen is a 10-year study aiming to identify genetic risk factors for thousands of diseases. The third phase of the FinnGen study focuses on deeper analyses of diseases and genetic variants identified in the earlier phases without expanding the current cohort of 520,000 participants. The project will emphasize longitudinal studies of disease progression and therapeutic responses and explore the biological mechanisms of genetic signals in selected diseases. New health data and molecular profiling data will be integrated with the existing data to further boost our understanding of the biological processes underlying disease development in individuals with specific genetic variants. The aim is to study the progression of Alzheimer’s disease by analyzing existing brain MRI scans alongside novel, highly sensitive plasma biomarkers. Combining imaging data with genetic and biomarker information could improve the accuracy of staging the disease and predicting its course. In the future, this knowledge could be applied to identify high-risk individuals, supporting clinical diagnostics and prognostic evaluations.

FinnGen 3 Pulmonology Task Force access request for spirometry and DLCO data

FinnGen on 10 vuoden mittainen tutkimushanke, joka pyrkii selvittämään tuhansien sairauksien geneettisiä riskitekijöitä. FinnGenin kolmas vaihe keskittyy aiemmissa vaiheissa tunnistettujen sairauksien ja geneettisten varianttien syvällisempään analyysiin laajentamatta nykyistä 520 000 biopankkiosallistujan aineistoa. Hankkeessa tehdään pitkittäistutkimuksia sairauksien etenemisestä ja hoitovasteista sekä tutkitaan geneettisten riskitekijöiden biologisia mekanismeja valituissa sairauksissa. Aikaisemmin tuotettuun tutkimusaineistoon yhdistetään uutta terveystietoa ja molekyyliprofiloinnin avulla biopankkinäytteistä tuotettua tietoa. Näin pystytään ymmärtämään niitä biologisia prosesseja, jotka vaikuttavat sairauden kehittymiseen tutkittujen geneettisten riskitekijöiden kantajilla. Astma, keuhkoahtaumatauti (COPD) ja keuhkofibroosi (ILD) ovat yleisiä sairauksia ja ns. sateenvarjodiagnooseja, joissa sekä sairauden ilmiasu että molekyyligeneettiset mekanismit vaihtelevat suuresti. Kaikissa näissä sairauksissa geenitutkimuksissa on tunnistettu kymmeniä geneettisiä riskitekijöitä, jotka altistavat sairauden puhkeamiselle. Suurin osa tunnistetuista geenivarianteista ei sijaitse geenien proteiineja koodaavilla alueilla. Tällaisten varianttien kohdalla on hankalaa selvittää, minkälaiset biologiset tapahtumat johtavat sairauden puhkeamiseen, puhumattakaan niiden merkityksestä sairauksien etenemiseen, vaikeusasteeseen tai hoitovasteeseen. FinnGenin tavoitteena on täyttää tämä aukko tietämyksessä hyödyntämällä kymmeniä vuosia kattavaa sairaus- ja hoitohistoriaa, jota ei löydy muista suurista biopankkihankkeista. Geneettistä tutkimusta täydennetään sairauden eri vaiheissa otetuista verinäytteistä analysoitavilla proteiinimerkkiaineilla.

FinnGen is a 10-year study aiming to identify genetic risk factors for thousands of diseases. The third phase of the FinnGen study focuses on deeper analyses of diseases and genetic variants identified in the earlier phases without expanding the current cohort of 520,000 participants. The project will emphasize longitudinal studies of disease progression and therapeutic responses and explore the biological mechanisms of genetic signals in selected diseases. New health data and molecular profiling data will be integrated with the existing data to further boost our understanding of the biological processes underlying disease development in individuals with specific genetic variants. Asthma, COPD (Chronic obstructive pulmonary disease), and ILD (Interstitial lung disease) are common lung diseases and so-called umbrella diagnoses including several clinical phenotypes and molecular genetic endotypes. In all of these diseases, gene discovery has conclusively revealed tens of susceptibility variants across the genome. Most of the identified variants are non-coding which makes it more challenging to show their relevance in disease biology, not to mention progression, severity or therapeutic response. FinnGen aims to fill this gap by bringing a depth of disease and therapeutic history information over decades that is not readily available in other large-scale biobank efforts. To further supplement the genetic study, we will use protein markers of blood taken in different stages of the disease.

Preclinical validation of novel therapies in ovarian cancer using organoids

High-grade serous ovarian cancer (HGSOC) is a highly aggressive cancer with poor survival rates due to late diagnosis, tumor heterogeneity, and resistance to treatment. This project aims to validate new targeted therapies using patient-derived organoids from the Auria Biobank. We will test combinations of drugs that have shown promise in pre-clinical studies using cell lines and primary samples, focusing on targeting receptor tyrosine kinases in various combinations. By using organoids, which closely mimic real tumors, we aim to identify effective treatments that can be quickly translated into clinical trials. This research has the potential to improve outcomes for patients with this challenging cancer.

Evaluation of Homozygous Carriers of the ANGPTL4 rs746226153 Variant in the Finnish Population

ANGPTL4 regulates lipid metabolism, angiogenesis, and energy homeostasis. It inhibits lipoprotein lipase, influencing triglyceride and HDL cholesterol levels. The E40K loss-of-function (LoF) mutation in ANGPTL4 is linked to lower coronary artery disease risk, but other rare LoF variants remain understudied. In the Finnish population, the rs746226153 variant is 47 times more frequent than in non-Finnish Europeans (~0.4%), allowing the identification of homozygous individuals in the FinnGen dataset. In this project we will evaluate if individuals homozygous for rs746226153 exhibit any abnormalities in their electronic health records (EHRs) and optionally analyze plasma/serum samples from these individuals. The primary goal of this project is to evaluate if individuals homozygous for the rs746226153 variant exhibit any gastro-intestinal (GI) abnormalities resulting from lymph node pathology. This will be done by looking at electronic health records (EHRs) and laboratory values. Another objective is to confirm that patients have germline genetic ANGPTL4 loss, and to do that, we will measure ANGPTL4 protein expression in blood or plasma.

BreSUMO New prognostic breast cancer biomarkers detecting aggressive SUMOylated cells with cancer stem-like cell features

Rintasyöpä on naisten yleisin syöpä. Vaikka paikallisen rintasyövän ennuste on varsin hyvä, paikallisesti edenneen tai levinneen rintasyövän ennuste on yhä huono. Parempia biomerkkiaineita tarvitaan tunnistamaan tapaukset, jotka vaativat mahdollisimman tehokkaat hoidot ja toisaalta ne, joille kevyemmät hoidot vähemmin haitoin riittävät. Tässä projektissa kehitetään työkalu löytää huonoennusteiset potilaat. Projektin myötä voi myös löytyä mahdollisia uusia lääkekohteita.

Tollin kaltaiset reseptorit ja mikrobit ikenen levyepiteelikarsinoomissa

Tutkimuksessa tarkastellaan bakteerien vaikutusta ienkarsinoomien syntyyn ja ennusteeseen. Lisäksi keskitytään myös ienkarsinoomien hoitomuotoihin ja bakteerien esiintyvyyden vaikutukseen potilaiden ennusteeseen. Bakteerien esiintyvyyttä tarkastellaan histologisista näytteistä värjäämällä nämä tutkittavalle bakteerille spesifisellä antigeenillä. Tutkittavista näytteistä kerätään potilaiden kliiniset tiedot sisältäen potilaan iän, sukupuolen, yleissairaudet, lääkitykset, diagnoosin ajankohdan sekä käytetyt hoitomuodot. Näin pystytään vertailemaan histologisista näytteistä saatuja tuloksia kliinisiin parametreihin. Tutkimuksen tarkoitus on antaa lisätietoa potilaiden hoitomuotojen valintaan suhteessa bakteerien esiintyvyyteen, sekä korostaa hammashoidon ennaltaehkäisevää vaikutusta ienkarsinoomien synnyssä.

Pharmacogenetics in psychiatry - a EU project

Mental disorders are noncommunicable diseases that are a major health challenge in Europe in the 21st century. In the PSY-PGx project overall, today, medication selection in psychiatry relies on a trial-and-error approach that combines physicians’ experience with clinical indicators. Pharmacogenetic (PGx) testing can help reduce uncertainty in this process by determining the person-specific genetic factors that predict clinical response and side effects associated with genetic variants that impact drug-metabolizing enzymes, drug transporters or drug targets, where differences in metabolism are by far most important. As part of the project, we aim to use data on genetic variants in two genes involved in the metabolism of medications commonly used in psychiatry to study their impact on medication choices and outcomes in a real life setting using biobank and register data.

Utilization and quantification of brain data in Finngen and biobank data: IMAGEN-Brain

FinnGen-tutkimukseen kerätyistä näytteistä noin 21 000 henkilöllä on diagnosoitu dementiaoireyhtymä ja 16 900 henkilöllä Alzheimerin tauti (AD), mikä vastaa yli 10 % näiden sairauksien esiintyvyydestä Suomessa. Tässä tutkimuksessa luodaan menetelmät Aurian biopankkimateriaalista tunnistettujen mielenkiinnon kohteena olevien ryhmien neuroradiologisten kuvien käytölle ja kvantitatiiviselle analyysille. Tutkimuksen ensimmäinen osa toteutetaan Kuopiossa ja Turussa, ja sen tuloksia hyödynnetään kansallisena pilottihankkeena.

iCAN-Turku: precision breast and kidney cancer sample collection and analysis

Project aims to develop the workflows and capabilities for the collection and molecular profiling of fresh tumor samples in the FICAN west area. We also aim to improve the regional biobanking capabilities and pipelines, and to develop the data analysis. Ultimately, these measures benefit the establishment of a program for precision cancer medicine.

Työn tavoitteena on kehittää työnkulkuja ja kyvykkyyksiä tuoreiden kasvainnäytteiden keräämiseen ja molekyyliprofilointiin FICAN West -alueella. Pyrimme myös parantamaan alueellisia biopankkitoimintoja ja -prosesseja sekä kehittämään data-analytiikkaa. Lopulta nämä toimenpiteet tukevat syövän täsmähoito-ohjelman perustamista.

Pään- ja kaulan alueen syövän aggressiivisuuden ja hoitovasteen tunnistus

The goal is to investigate and test the functionality of biomarkers and methods designed for clinical use in head and neck cancer samples. In addition, the effort is to find new ways to improve the treatment guidance of head and neck cancer and the designing of personalized cancer treatment. Head and neck cancers are the sixth most common cancer worldwide, whose treatment guidance lacks effective methods and biomarkers that could be used in individual cancer treatment planning.

Aberrant glycosylations as biomarkers of gastrointestinal cancers

The project aims to identify and validate recently found biomarker for the detection of gastrointestinal cancers (GI). This proof-of-concept project will be done in collaboration with international clinical experts in GI cancers and diagnostic industry to find out the optimal translational route for the assays to reach patient care.

FinnGen Whole exome sequencing for schizophrenia and schizoaffective disorder / Skitsofrenian ja skitsoaffektiivisen häiriön eksomisekvensointi

One of the key goals of the third phase of FinnGen is to better understand the genetic background of diseases.Exome sequencing provides new biological insights into disease mechanisms.

Yksi FinnGenin kolmannen vaiheen keskeisistä tavoitteista on ymmärtää paremmin sairauksien geneettistä taustaa. Eksomisekvensointi tarjoaa uutta biologista ymmärrystä tautimekanismeista.

FinnGen IBD

IBD:n (tulehduksellisten suolistosairauksien) geenitutkimukset ovat tuottaneet poikkeuksellisen paljon tietoa sairauden geneettisistä riskitekijöistä. Satoja yleisiä ja kymmeniä harvinaisia koodaavia geenivariantteja on jo tunnistettu. Lisäksi varianttien biologisen vaikutuksen ymmärtäminen on edistynyt nopeammin kuin useimmissa monitekijäisissä sairauksissa, koska tutkimukseen tarvittavia kudos- ja immuunisolunäytteitä on saatavilla helpommin kuin moneen muuhun sairauteen. Tästä huolimatta emme edelleenkään ymmärrä, miten nämä biologiset löydökset liittyvät taudin etenemiseen, vakavuuteen tai hoitovasteeseen, koska tähän liittyviä tutkimuksia ei ole riittävästi. FinnGenin tavoitteena on täyttää tämä aukko hyödyntämällä kymmeniä vuosia kattavaa sairaus- ja hoitohistoriaa, jota ei löydy muista suurista biopankkihankkeista. Tämä tehdään täydentämällä nykyistä tutkimusaineistoa IBD-potilaiden patologisten diagnoosikoodien ja kudosnäytteiden avulla.

Gene discovery in IBD has been particularly successful, with hundreds of common and dozens of rare coding variants conclusively identified. Further, specific functional description of variant effects has also advanced more rapidly than in most complex diseases owing to the accessibility of relevant tissues and immune cells in patients and controls. However, next to no insight has been gained that would indicate the relevance of any of this biology to disease progression, severity or therapeutic response owing to a lack of well-powered studies of such questions. FinnGen aims to fill this gap by bringing a depth of disease and therapeutic history information over decades that is not readily available in other large-scale biobank efforts. For this, we will utilise both pathology diagnosis codes and preserved tissue biopsy samples from IBD patients.

Understanding Gene ENvironment Interaction in ALcohol-related hepatocellular carcinoma -GENIAL

Alcohol-related hepatocellular carcinoma (ALD-HCC) is the leading cause of liver cancer in Europe. ALD-HCC results from the interplay between environmental determinants, genetic variations and their interactions. However, a comprehensive characterization of genetic and environmental risk factors triggering ALD-HCC development at cellular level remains mostly unknown just as their impact on risk stratification for ALD-HCC prevention at population level. Université Libre de Bruxelles, and Technische Universität Dresden have initiated a research project with Finnish biobanks and Finnish Biobank Cooperative – FINBB to portray genetic and environmental determinants promoting ALD-HCC and to evaluate how they interact at cellular level in human samples and preclinical models to get novel insights into liver carcinogenesis.

APOLLO 2 Study: blood AD diagnosis multicentric retrospective study extension

AgenT has pioneered an innovative approach to discover blood biomarkers that predict the conversion to Alzheimer's disease (AD) dementia symptoms, rather than the presence of cerebral amyloid plaques. After extensive research and a multicentric retrospective study on 632 individuals, AgenT identified a panel of highly specific biomarkers and validated two blood tests, B-HEALED and B-AHEAD. These tests are designed to select individuals who will develop AD dementia symptoms from MCI patients and cognitively normal individuals, respectively. The novelty of this methodology lies in combining these biomarkers through machine learning to capture the AD biological complexity. This approach offers a more specific diagnostic tool, potentially transforming early AD detection and intervention.The primary objective of this collaboration between AgenT and Finnish Biobanks is to quantify multiomics biomarkers in biobanked plasma samples. The analysis and quantifications are part of a larger effort to validate the version II of B-HEALED and B-AHEAD blood tests. Finnish Biobanks will provide the plasma samples and associated clinical data for the study.

FinnGen 3 -Bipolaarihäiriöille ja vakaville syömishäiriöille altistavat harvinaiset geenivariantit / FinnGen 3 - Rare variants contributing to bipolar disorder and severe eating disorders

Tässä alahankkeessa pyrimme tunnistamaan bipolaarihäiriölle ja vakaville syömishäiriöille altistavia harvinaisia variantteja sekvensoimalla noin 12 000 FinnGen-osallistujan geenit. Nykyisen tietämyksen mukaan mielenterveyshäiriöiden geneettinen tausta on polygeeninen. Monien riskiin vain vähän vaikuttavien tekijöiden yhteisvaikutuksen (polygeeninen riski) lisäksi sekvensointitutkimuksissa on tunnistettu myös riskiin merkittävästi vaikuttavia harvinaisia koodaavia variantteja. Näiden varianttien harvinaisuudesta huolimatta ne ovat olennaisia sairausalttiuteen johtavien biologisten mekanismien ymmärtämisessä ja voivat avata uusia mahdollisuuksia funktionaalisille tutkimuksille ja uusille hoitovaihtoehdoille.

In this FinnGen sub-effort, we aim to identify rare variants that contribute to bipolar disorder and severe eating disorders by exome sequencing approximately 12,000 FinnGen participants. Current knowledge indicates that mental health disorders have a polygenic genetic background. In addition to a combined effect of many minor genetic risk factors (polygenic risk), sequencing studies have identified rare coding variants with a larger impact on disease risk. Despite their rarity, these variants are important for understanding the biological mechanisms that lead to disease susceptibility, potentially opening up new opportunities for functional studies and novel treatment options.

FinnGen 3 -Autosomissa vallitsevasti periytyvä munuaisten monirakkulatauti (ADPKD) / FinnGen 3 - Autosomal Dominant Polycystic Kidney Disease (ADPKD)

Tässä alahankkeessa pyrimme selvittämään polykystisen munuaistaudin eli munuaisten monirakkulataudin (ADPKD) geneettistä taustaa. ADPKD on yleisin periytyvä munuaissairaus, jonka esiintyvyys on noin 1 tapaus 400–1000 henkilöä kohti. Tauti johtuu pääasiassa PKD1- ja PKD2-geenien mutaatioista. Potilaat diagnosoidaan yleensä aikuisiässä ja heillä on riski munuaisten vajaatoimintaan, verenpaineeseen ja kiputiloihin. ADPKD:n etenemiseen vaikuttavien keskeisten tekijöiden tunnistamiseksi on tärkeää tietää, minkälaisia sairaudelle altistavia geenivirheitä potilailla on. Tähän tarkoitukseen FinnGen-tutkimuksen nykyiset GWAS-pohjaiset genotyyppitiedot eivät riitä, ja siksi sekvensoimme noin 800 mahdollisesti ADPKD:a sairastavan henkilön geenit.

In this FinnGen sub-effort, we aim to better understand the genetic background of the most common form of polycystic kidney disease, ADPKD. It affects about 1 in 400 to 1,000 people and is primarily caused by mutations in the PKD1 and PKD2 genes. Patients are usually diagnosed in adulthood and face risks like kidney failure, hypertension, and pain. To identify the key factors in ADPKD progression, it is important to know what kind of highly penetrant risk variants contributing to disease susceptibility the patients have. For this, the GWAS-based genotype data currently available in FinnGen is insufficient and thus we will perform exome sequencing on ~800 potential ADPKD cases.

FinnGen3 -proteomikka / FinnGen3 -proteomics

FinnGen on 10 vuoden mittainen tutkimushanke, joka pyrkii selvittämään tuhansien sairauksien geneettisiä riskitekijöitä. FinnGenin kolmas vaihe keskittyy aiemmissa vaiheissa tunnistettujen sairauksien ja geneettisten varianttien syvällisempään analyysiin laajentamatta nykyistä 520 000 biopankkiosallistujan aineistoa. Hankkeessa tehdään pitkittäistutkimuksia sairauksien etenemisestä ja hoitovasteista sekä tutkitaan geneettisten riskitekijöiden biologisia mekanismeja valituissa sairauksissa. Aikaisemmin tuotettuun tutkimusaineistoon yhdistetään uutta terveystietoa ja molekyyliprofiloinnin avulla biopankkinäytteistä tuotettua tietoa. Näin pystytään ymmärtämään niitä biologisia prosesseja, jotka vaikuttavat sairauden kehittymiseen tutkittujen geneettisten riskitekijöiden kantajilla.

Proteiinit toimivat tärkeinä biomarkkereina sairauksille ja lääkevasteille. Niihin vaikuttavat geneettiset, kliiniset ja ympäristötekijät ja ne ovat olennaisia yleisen terveydentilan seurannassa. Proteiinitasojen tutkimiseksi FinnGen tuottaa kattavaa proteomiikka-dataa valikoiduista biopankkien keräämistä EDTA-plasmanäytteistä. Tutkimuksessa selvitetään, vaikuttavatko aiemmin tunnistetut suomalaisille tyypilliset sairauksiin yhdistetyt geenivariantit plasman proteiiniprofiiliin. Analyysin avulla voimme saada tärkeää lisätietoa siitä, mitkä geneettisesti tunnistetut lääkekehityskohteet olisivat potentiaalisia kohteita sairauden etenemisen pysäyttämiseksi tai hidastamiseksi. Tieto voi helpottaa uusien lääkkeiden kehittämistä ja täsmälääketieteen sovelluksia.

FinnGen is a 10-year study aiming to identify genetic risk factors for thousands of diseases. The third phase of the FinnGen study focuses on deeper analyses of diseases and genetic variants identified in the earlier phases without expanding the current cohort of 520,000 participants. The project will emphasize longitudinal studies of disease progression and therapeutic responses and explore the biological mechanisms of genetic signals in selected diseases. New health data and molecular profiling data will be integrated with the existing data to further boost our understanding of the biological processes underlying disease development in individuals with specific genetic variants.

Proteins serve as vital biomarkers for diseases and drug responses, influenced by genetic, clinical, and environmental factors, and are essential for monitoring overall health. To enable proteomic analyses in FinnGen, we will produce proteomic data from selected EDTA plasma samples collected by the Finnish biobanks. We will test whether the Finnish-enriched disease-associated variants have an impact on the plasma protein profile. These analyses can help us to understand which genetically identified targets may be suitable for halting or slowing disease progression and further enhance novel drug development and precision medicine applications.

Novel biomarkers and therapeutic targets in diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL)

Diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL) is an aggressive fast-growing cancer. One third of lymphomas are DLBCL. Many patients are cured with first line combination chemotherapy, but some relapse and do not respond to salvage therapies. It is clinically important to be able to understand biological features linked with aggressivity and poor therapy responses and develop both biomarkers to help clinical decision making and find new therapeutic targets. The aim of this study is to evaluate the prognostic value and therapeutic potential of targeting SUMO, lysosomal pathway components and related pathways in DLBCL.

NPH-taudin geneettiset mekanismit / Genetic etiology of idiopathic normal pressure hydrocephalus<

Tutkimuksessa selvitetään NPH-taudin (normal pressure hydrocephalus) geneettisiä mekanismeja sekä etsitään mahdollisia uusia diagnostisia ja ennusteellisia biomarkkereita sekä pyritään kehittämään NPH-potilaiden täsmähoitoa.

The study aims to decipher the genetic etiology of normal pressure hydrocephalus (NPH) and search forpossible novel diagnostic and prognostic biomarkers and develop patient specifi c treatment of NPH.

Munuaissyövän hoitotulokset, ennustetekijät, biologiset markkerit ja terapeuttiset kohteet

Munuaissyöpään sairastuu 1000 ihmistä vuosittain Suomessa. Noin puolet leikatuistakin syövistä leviää muualle elimistöön. Tällä hetkellä ei ole riittävän hyviä ennustemalleja erottelemaan potilaat, joiden tauti etenee. Levinneessä taudissa on useita syöpälääkitysvaihtoehtoja. Tällä hetkellä ei ole sellaisia biologisia markkereita, joiden avulla pystyttäisiin määrittelemään paras hoitovaihtoehto. Tutkimuksessa analysoidaan munuaissyöpäkudoksesta useita eri proteiinien ilmentymistä syöpäkudoksen eri solutyypeissä ja analysoidaan ilmentymisen vaikutusta potilaan tunnettuun ennusteeseen. Tavoitteena on löytää proteiineja, joiden ilmentyminen toimisi sekä munuaissyövän uusiutumista tai etenemistä ennustavina tekijöinä sekä proteiini-ilmentymistä, joka pystyisi ennustamaan tulevaa eri syöpälääkekombinaatioiden tehoa.

Breast Cancer Invasion Predictors and Regulatory Mechanisms

Tutkimuksen tavoitteena on tunnistaa uusia ennustavia biomarkkereita DCIS (Duktaalinen karsinooma in situ) -tapauksiin ja tutkia rintasyövän invasiiviseen etenemiseen liittyviä asteittaisia muutoksia ja säätelymekanismeja

Geneettisen vaihtelun merkitys syövän ja diabeteksen synnyssä ja ilmiasussa

Syövän ja diabeteksen taustalla ovat osin samat geneettiset ja ympäristötekijät. Tässä tutkimuksessa tarkastellaan solujen kasvuun, perintöaineksen korjaukseen, aineenvaihduntaan ja soluväliaineeseen vaikuttavien geenien merkitystä syövän ja diabeteksen kehityksessä ja ominaisuuksissa. Lisäksi tarkastellaan immuunijärjestelmän yhteyttä näihin tekijöihin. Tarkoituksena on tunnistaa tekijöitä, jotka vaikuttavat syövän ja diabeteksen syntyyn tai voivat muuttaa niiden ominaisuuksia tavalla, joka vaikuttaa sairauksien toteamiseen tai hoitoon.

Steroid metabolism and HSD17B1 regulated steroid responses in eutopic and ectopic endometrium and bone

Sukupuolihormonit säätelevät luukudoksen muodostumista ja kudostasapainoa. HSD17B1-entsyymi muuntaa kudoksissa estronia estradioliksi. Vaikka estradiolin systeemiset vaikutukset luuhun ja luusoluihin ovatkin varsin hyvin tunnettuja, HSDl7B1-entsyymin roolia tässä säätelyssä ei juurikaan tunneta. Tämän projektin tarkoituksena on tutkia HSD17B1:n ilmenemistä luussa ja sen mahdollista roolia luun kudostasapainon säätelijänä.

Pehmytkudossarkoomat Varsinais-Suomen sairaanhoitopiirissä 2002–2020

Pehmytkudossarkoomat ovat pahanlaatuisia pehmytkudoskasvaimia, jotka ovat lähtöisin mesenkymaalisesta kudoksesta. Pehmytkudos viittaa kaikkiin elimistön kudoksiin, jotka eivät ole luuta, mukaan lukien lihas, rasva, verisuonet ja kaikki muut tukikudokset. Suomessa todetaan vuosittain noin 200 uutta pehmytkudossarkoomaa. Tämän tutkimuksen tarkoitus on arvioida kaikkien Turun yliopistollisen keskussairaalan plastiikka- ja yleiskirurgian klinikassa leikattujen pehmytkudossarkoomapotilaiden kliiniset hoito- ja seurantatiedot 19 vuoden ajanjaksolta (2002-2020), jotta saataisiin parempi käsitys niistä tekijöistä, jotka ovat yhteydessä aggressiivisempiin pehmytkudossarkoomatyyppeihin, joihin liittyy huonompi ennuste.

Ovarian Cancer Tissue Microarray Project

The objective of the study is to identify potential actionable targets for ovarian cancer, and high-grade serous ovarian carcinoma that have acquired treatment-resistance. Hopefully, the study will contribute to obtaining new approved drugs for patients with ovarian cancer.

Sukuelinten ihottumien liitännäissairaudet

Lichen planus (LP) is a chronic inflammatory skin disease. We have identified patients with anogenital LP by searching for a genital or perianal skin biopsy reports showing LP during 2004-2020. Upon closer investigation, the histological diagnosis of lichen planus in the heading does not reliably correspond to the description in the histological report. To confirm the diagnosis of LP, and thereby statistically calculate the increased risk for malignancies, the aim to re-evaluate the histological samples to confirm the diagnoses.

FinnGen 3

FinnGen-tutkimuksen tavoitteena on parantaa ymmärrystä tautimekanismeistaja mahdollistaa parempien hoitojen kehittäminen eri sairauksiin. Tätä varten FinnGen-tutkimuksessa pyritään tunnistamaan mitkä geenivariantit ovat yhteydessä sairauksiin yhdistämällä 500 000 suomalaisenterveysrekisteritiedot ja geenitiedot. Lääketieteellisesti erityisen kiinnostavia ovat variantit, jotka näyttävät muuttavan kyseistä geenituotetta ja jotka ovat suhteellisen harvinaisia mutta suomalaisessa väestössäyleisempiä kuin muualla. Jotta tällaisten geneettisten tekijöiden vaikutusta terveyteen ja sairauksiin voitaisiinymmärtää paremmin, FinnGen yhdistää nykyisiin aineistoihin tietoja muista biologisista merkkiaineista (esim.proteiineista ja aineenvaihduntatuotteista). FinnGen on tutkimushanke, johon osallistuvat biopankit ja niiden taustaorganisaatiot (yliopistot, hyvinvointialueet, THL ja muut tutkimuslaitokset) yhteistyössä lääketeollisuuden kanssa. Tutkimusta rahoittavat kumppaniyritykset.

The aim of the FinnGen study is to improve our understanding of disease mechanisms and to enable the development of better treatment strategies for various diseases. To achieve this, FinnGen is designed to identify which genetic variants are associated with disease by combining the health register data and genetic data of 500.000 Finns. Variants that seem to alter the gene product inquestion and that are relatively rare, but more common in the Finnish population than elsewhere, are of special medical interest. To better understand the impact of such genetic factors on health and disease, FinnGen will combine data on additional biological markers (e.g. proteins and metabolites) with the existing data. FinnGen is a research project involving biobanks and their background organizations (universities,wellbeing services counties, THL and other research institutes) in cooperation with the pharmaceutical industry. The research is funded by the partner companies.

Expression and localization of oncology targets in healthy human tissues

In anti-cancer drug discovery and development, knowledge about the target protein expression levels in healthy tissues is crucial and should be studied to have early estimates of the on-target off-tumour effects of the treatment. Information about target expression and localization in healthy human tissues will contribute to selecting optimal targets and obtaining newly approved drugs for patients with different tumours.

Receptor tyrosine kinase signaling in tolerance and resistance to targeted cancer drugs

The research delves into the inquiry of why certain cancer tissues develop a tolerance to oncogene-targeted therapies. Despite their intent to eliminate cancer cells, these drugs often encounter resistance during the course of treatment. To gain a better understanding of this phenomenon, the study will dissect the molecular mechanisms exploited by cancer cells to endure the treatment. Through the combination of lab experiments and analysis of clinical samples from breast cancer patients who have received targeted drugs, this endeavor could uncover novel treatment targets, ultimately enhancing the potential for improved therapeutic outcomes.

Discrimination of multiple metabolite biomarkers in urine using an electronic tongue – A proof-of-concept for the non-invasive and early-stage diagnosis of breast cancer

As a proof-of-concept, this project aims to provide a simple, fast, non-invasive, and low-cost device, called an electronic tongue (e-tongue), for the detection of cancer biomarkers inurine. The e-tongue is an electrochemical sensor array of various individual sensors using different functionalized polymers combined with multivariate analysis. The sensitivity and “finger-print” response of the e-tongue to different models of urine provides a promising way of monitoring the health status at a very early-stage, in order to save the patient’s life as well as reduce treatment cost.

Appendixin tuumorit Suomessa 2007-2013

Tutkimusryhmä on aiemmin analysoinut 472 Suomessa diagnosoitua umpilisäkkeen kasvainta yhdistämällä Suomen Syöpärekisterin ja HILMO-rekisterin tietoja. Vuonna 2020 julkaistun tutkimuksen mukaan umpilisäkkeen histologinen diagnoosi muuttui 25%:lla, kun gastropatologi arvioi histologian uudelleen. Näistä lähes 30 %:lla muuttunut diagnoosi vaikutti hoitolinjaan. Tässä tutkimuksessa on tarkoitus arvioida 2007 – 2013 diagnosoitujen umpilisäkkeen kasvainten histologia uudelleen ja tarkastaa muuttuuko tässä aineistossa alkuperäinen diagnoosi kokeneiden gastropatologien arvion myötä. Lisäksi uudelleen arvioidaan sokkoutetusti kaikkien 52 MANEC- ja goblet cell -tuumorin sekä 65 pseudomyksooman/musinoottisen kasvaimen histologia

Uudet hoitovasteen ennustetekijät sarkoomissa -PRESARC

Sarkoomat ovat pehmytkudoksen ja luun pahanlaatuisia kasvaimia. Sarkoomia esiintyy kaikissa ikäluokissa. Levinneen sarkooman hoito on haastavaa. Viime vuosina sarkoomien luokitus on muuttunut. Diagnooseja on aiempaa useampia, ja usein diagnoosiin liittyy määrättyjä geenimuutoksia. Tulevaisuudessa sarkooman hoito kehittynee täsmälliseen diagnoosiin tai jopa yksilöllisesti räätälöidyksi. Viljellyistä sarkoomasolulinjoista on löydetty herkkyyttä lääkeaineille, jotka rajoittavat solujen sisäistä polyamiinipitoisuutta. Polyamiinit ovat välttämättömiä monissa solun toiminnoissa. Tässä tutkimuksessa selvitetään, ilmentyykö potilaiden sarkoomanäytteissä kyseisen lääkehoidon kohteita. Mikäli lääkehoidon kohteet ovat läsnä tietyissä sarkoomissa, ovat löydöt soluviljelyissä biologisesti tärkeitä, ja voivat edistää tehokkaampien sarkoomahoitojen kehitystä.

Detection of bladder cancer with E-TRF and biosensor technology

Herkälle ja tarkalle virtsarakon syövän diagnostiikalle on kliininen tarve. Ei-invasiiville näytteille tehtävät testit mahdollistaisivat tehokkaan virtsarakon syövän seulonnan ja varhaisen havaitsemisen. Aqsens Health on kehittänyt kemialliset ja biologiset sensorit sekä aika-erotteisella fluoresenssilla ja absorbanssilla tehtävät mittaukset yhdistävän nopean menetelmän sairauksien havaitsemiseen. Aiemmin menetelmää on käytetty eturauhassyövän havaitsemiseen virtsasta.Tässä tutkimuksessa menetelmää sovelletaan akuutin virtsarakon syövän havaitsemiseen virtsasta, erityyppisten virtsarakon syöpien erotteluun sekä näytteissä olevien virtsarakon syöpään liittyvien biomerkkiaineiden tunnistamiseen

Genetic background of orofacial clefts

Projektin tavoitteena on laajentaa ymmärrystä kasvojen alueen kehityksen geenisäätelystä. Aikaisempi tutkimus on paljastanut erilaisia geneettisiä tekijöitä, jotka liittyvät suun halkioihin, yleisimpiin kasvojen alueen kehityshäiriöihin. Suomessa käynnissä oleva laaja väestötutkimus, Finngen, on nyt paljastanut IRF6-geenin säätelyalueessa sekvenssimuutoksen, joka on yhteydessä suulakihalkion muodostumiseen. Tarkoituksena on varmistaa tämä havainto ja selvittää tarkemmin millainen ilmiasu sekvenssimuutoksen kantajilla on. Käytämme biopankkinäytteitä myös muiden Finngen-tutkimuksen osoittamien halkioihin liittyvien geenialueiden sekä muiden tunnettujen halkiota aiheuttavien geenien tutkimiseen.

FinnGen EA3 study for Immune-mediated diseases

Tämän tutkimusprojektin tarkoituksena on selvittää reumasairauksien ja kroonisten tulehduksellisten suolistosairauksien (IBD) kliinistä kuvaa ja hoitovastetta sekä yhteyttä geneettisiin tekijöihin hyödyntäen perimän laajuista assosiaatioanalyysiä (GWAS) FinnGen-projektiin osallistuneiden henkilöiden näytteiden ja kliinisten tietojen avulla. Reumasairauksissa ja IBD:ssä tutkittavien genominlaajuiseen variaatiodataan on yhdistetty tietoa eri rekistereistä, mutta rekisteritieto ei mahdollista näiden sairauksien tarkempaa analyysiä. Tässä tutkimuksessa yhteistyössä eri biopankkien ja sairaaloiden kanssa kartoitetaan reumatauteihin ja IBD:iin sairastuneiden FinnGen-osallistujien kliinistä kuvaa tarkemmin hakien mm. laboratoriotuloksia ja lääkityksiä.

FinnGen EA3 study for Women's health in Endometrioris related pain

Endometrioosi on kohtalaisen yleinen hedelmällisessä iässä olevilla naisilla esiintyvä sairaus, jossa kohdun limakalvon kaltaista kudosta esiintyy vatsaontelossa sekä munasarjoissa, aiheuttaen mm. kroonista kipua. Endometrioosi voidaan luokitella eri alatyyppeihin endometrioosipesäkkeiden sijainnin mukaan, ja todennäköisesti näissä eri alatyypeissä myös kivun geneettinen tausta on erilainen. Finngen-tutkimuksessa pyritään selvittämään kroonisen kivun geneettistä taustaa endometrioosin eri alatyypeissä.

FinnGen EA3 study for Women's health in Cervical dysplasia

FinnGen-tutkimuksessa selvitetään sairauksien mekanismeja yhdistäen biopankkinäytteistä saatavaa genomitietoa terveydenhuollon rekistereihin. FinnGenissä toimivan naisten terveyden ryhmän yhtenä tutkimuskohteena on ihmisen papilloomavirukset, (HPV-virukset), jotka aiheuttavat mm. sukupuolielinten kondyloomia ja kohdunkaulan syöpää. Suurin osa naisista saa HPV-infektion jossain kohti elämässä ja usein infektio paranee itsestään kuukausien kuluessa. Joskus infektio pitkittyy altistaen henkilön eri asteisille kohdunkaulan solumuutoksille tai syövälle. Näiden kohdunkaulan muutosten seuranta lisää henkistä kuormitusta ja ne vaativat myös terveydenhuollon resursseja. Muutosten hoitoon liittyy myös ennenaikaisen synnytyksen riski tulevissa raskauksissa. Riski vakavampien muutosten kehittymiselle on suurempi tiettyjen HPV-tyyppien kohdalla ja naisilla, joilla on immuunipuutos. Kuitenkaan usein ei voida ennustaa, kenellä infektio vaatii hoitoa.

FinnGen EA3 study for Women's health in Female infertility and Polycystic ovary syndrome PCOS

PCOS is the most common endocrine disorder in women, affecting 10-18% of fertile women. There seems to be several different phenotypes with different health outcomes. We aim to study phenotypic differences by using clinical measures. 1) Serum AMH and gonadotropins to identify “reproductive phenotype” 2) serum testosterone, FAI and hair growth information (hirsutism) for hyperandrogenic phenotype 3) metabolic markers to identify “metabolic phenotype”. Addition of the presented parameters to FinnGen would greatly improve quality and impact of PCOS GWAS studies.

FinnGen EA3 study for Heart Failure

Tämän tutkimusprojektin tarkoituksena on selvittää sydämen vajaatoiminnan yhteyttä geneettisiin tekijöihin hyödyntäen perimänlaajuista assosiaatioanalyysiä (GWAS) FinnGen-projektiin osallistuneiden henkilöiden näytteiden ja kliinisten tietojen avulla. Tässä tutkimuksessa yhteistyössä eri biopankkien ja sairaaloiden kanssa kartoitetaan sydämen vajaatoimintaan sairastuneiden FinnGen-osallistujien kliinistä kuvaa tarkemmin hakien mm.laboratoriotuloksia ja sydämen kuvantamisdataa ja yhdistämällä ne FinnGenin geneettiseen ja rekisteritietoon. Tutkimuksesta saatu tieto lisäisi tietämystämme sydämen vajaatoiminnan geneettisestä epidemiologiasta, patofysiologiasta ja mahdollistaisi löytämään uusia terapeuttisia kohteita.

Vakavien haittojen ja DPYD geenimutaatioiden yhteys Suomessa

Pharmakogenetiikassa selvitetään potilaan reagointia lääkeaineelle ja sen avulla voidaan ehkäistä syöpälääkkeiden vakavia haittavaikutuksia. Yksi tunnettu pharmakogeneettinen geeni on DPYD-geeni, jonka osan varianteista tiedetään johtavat toimimattomaan dihydropyrimidiinidehydrogenaasi (DPD) entsyymin tuotantoon. Heikentynyt tai puutteellinen entsyymiaktiivisuus aiheuttaa vakavia haittavaikutuksia kiinteiden kasvainten hoidossa käytettävien fluoronukleosidi-lääkkeiden kanssa. Tässä retrospektiivisessa tutkimuksessa selvitetään DPYD-geenimutaatioiden yleisyyttä fluoronukleosidejä saaneilla potilailla, joilla on esiintynyt vakavia haittavaikutuksia ja kuolema 90 päivän sisällä hoidon aloituksesta. Tutkimuksessa verrataan myös mutaatioiden suhteellisia osuuksia ennen ja jälkeen valtakunnallisen DPYD-geenitestauksen aloittamisen. Erityishuomiota kiinnitetään muualla maailmassa harvinaiseen, mutta ilmeisesti Suomessa yleiseen eksoni 4 deleetioon.

CAREBANK

CAREBANK aims to study genetic, transcriptomic and proteomic interaction of cardiovascular disease using tissue and liquid biopsies obtained from patients undergoing open heart surgery with special aim at unraveling early stages of atrial fibrillation.

A tissue engineering platform for precision cancer medicine and chemosensitivity testing in head and neck squamous cell carcinoma

The initiation and progression of head and neck squamous carcinomas (HNSCC) is largely driven by mutations in NOTCH receptors, with mainly act as tumor suppressors. However, a subset of HNSCC shows hyper-activation of the same pathway. In particular, late-stage, advanced, and recurrent or metastatic tumors may benefit from the re-activation and of the NOTCH pathway. Differences in Notch signaling status are likely to impacton chemosensitivity and aggressive properties of the tumor cells, and therefore play potentially a key role in personalized cancer medicine. Using a panel of HNSCC cell lines, we will systematically recapitulate the tumor tissue architecture and microenvironment, in comparison to patient-derived organoids and explants used for personalized cancer medicine. With the helpof defined cell lines, we further aim to functionally validate findings related to differential expression of biomarkers and potential, druggable targets in HNSCC that may help to improve therapy.

Prognostic and predictive biomarkers in non-small cell lung carcinoma

Projektissa selvitetään keuhkosyöpäpotilaiden ennusteeseen vaikuttavia histopatologisia ja geneettisiä tekijöitä sekä pyritään luomaan koneoppimiseen perustuvia malleja, jotka ennustavat syövän käyttäytymistä potilaille.

DNA damage response alterations in the regulation of prostate cancer immune microenvironment and cell death mechanisms

Prostate cancer (PCa) is the second most commonly diagnosed cancer in men globally. Androgen deprivation therapy (ADT) is the corner stone for the treatment of metastatic PCa due to high dependence of PCa cells on androgen receptor (AR) signaling. DNA damage repair (DDR) genes are found mutated in up to 20-30% of cases not responsive to ADT. In this project, we plan to characterize how DDR mutations regulate tumor microenvironment. Moreover, we will for the first time, characterize multiple pathways simultaneously in the same samples found to be interconnected with DDR in primary prostate cancer and tumor microenvironment. Findings help develop treatment strategies and prognostic markers for PCa.

FinnGen EA3 study for Diabetes and Rare kidney diseases

Tutkimuksen tarkoituksena on selvittää diabeteksen ja harvinaisten munuaissairauksien komplikaatioille altistavia kliinisiä ja geneettisiä tekijöitä.

Development of deep learning algorithms in DLBCL

The study will focus on developing and validating algorithms for lymphoma. The objective is to develop algorithm for predicting the progression of the disease. The study will utilize digitalized slides from diagnostic samples. Samples are accessed through Finnish Hospital Biobanks.

Correlating RNA expression profiles to clinical outcomes in muscle invasive bladder cancer

Philips has defined a gene signature-based risk scoring system wherein a subset of the RNA expression profile of the tissue is correlated with the clinical outcomes of interest to give a better characterization of the disease in that patient. The purpose of this study is to evaluate the prognostic and/or predictive power of this score in diseases that are known to have an immune system relation which is cancer in particular, but also infectious diseases, or diseases with a systemic immune system reaction like and neurodegenerative disorders. Philips intends to test the utility of this score for clinical characterization of patients with muscle-invasive bladder cancer, which can help the clinicians in prognosis, evaluation and/or therapy selection.

Refining genetic susceptibility for age-related macular degeneration (AMD) in Finns

Age-related macular degeneration (AMD) is a leading cause of blindness in older adults and is projected to affect 288 million people by the year 2040. Late-stage AMD occurs in two forms, wet AMD, characterized by neovascularization, and dry AMD, characterized by geographic atrophy and degeneration of the neuroretina. While treatments exist for the wet form of late AMD (approximately 10% of late AMD patients), they are not effective for all wet AMD patients, and no therapies are currently approved for dry AMD, which represents most AMD patients, approximately 90%. The complement factor H (CFH) gene locus is well established as having a strong association with AMD. In this study, Biogen aims to further validate genes at the CFH locus for relevance in AMD by combining genetic data with proteomic data in AMD patients and control group.

Novel prognostic biomarkers and therapeutic targets in head and neck squamous cell carcinoma

Pään ja kaulan alueen levyepiteelisyöpä on kymmenen yleisimmän syövän joukossa maailmassa. Paikallista tautia hoidetaan (kemo)sädehoidolla ja/tai leikkauksella. Hoidot ovat raskaita ja laskevat elämänlaatua. Uusineen ja metastaattisen taudin ennuste on erittäin huono. Tässä projektissa tutkitaan useamman erilaisen molekulaarisen tekijän merkitystä pään ja kaulan alueen syövän synnyssä ja hoitoresistenssissä, ja yritetään löytää uusia biomarkkereita kliinisen päätöksenteon avuksi ja lääkekohteita.

ANO7 and SP6 – new susceptibility genes for aggressive prostate cancer

Prostate cancer (PrCa) has a wide spectrum of clinical behavior that ranges from decades of indolence to rapid metastatic progression and lethality. Previous observations of ancestral differences in PrCa risk, in conjunction with studies demonstrating the influence of family history, have shown PrCa being among the most heritable of human cancers with 57% of the inter-individual variation in risk attributed to genetic factors. Based on GWAS studies it has been estimated that > 1800 common SNPs independently contribute to PrCa risk among populations of European ancestry. The vast majority of identified GWAS SNPs reside within non-coding genomic regions often far from the nearest genes, making the molecular mechanisms underlying the causal actions and biological effects hard to uncover. Moreover, these SNPs most often show little or no ability to discriminate between indolent and fatal forms of the disease. Therefore, to date, few causative SNPs can used for predicting PrCa outcome.

Vocal fold cancer

Head and neck squamous cell carcinoma is the sixth most common cancer in western countries. This includes vocal fold cancer, which is located in the larynx. In healthy individuals, vocal folds vibrate continuously. Mechanical vibration is essential in vocal fold homeostasis, but with age or cancer progression, the tissue becomes less elastic and stiffens resulting in immobility of the vocal fold epithelium.

COVID-19 and mental illness

There is evidence from previous viral pandemics that infection may lead to mental illness in a small proportion of individuals. This project will examine the extracellular vesicles from healthy and individuals post COVID-19 infection including those that contracted first episode mental illness following COVID. Extracellular vesicles deliver signals to and from the brain to the rest of the body. Molecular markers on these vesicles that define the subgroup that developed mental illness sequalae post-COVID will be identified in the study. This information may help to understand the molecular mechanisms that link viral infection to mental illness.

Keratitis fugax hereditaria (KFH) –biopankkitutkimus

Keratitis fugax hereditaria (KFH) on perinnöllinen kohtauksellinen sarveiskalvotulehdus, joka alkaa lapsuudessa ja toistuu useita kertoja vuodessa. Ajan myötä toistuvat kivuliaat kohtaukset aiheuttavat noin puolella potilaista sarveiskalvon etustroomaan pysyviä, näöntarkkuutta alentavia samentumia. Toistaiseksi tautia on raportoitu vain Suomessa, ja se on melko huonosti tunnettu. KFH saatetaan diagnosoida joissakin tapauksissa virheellisesti etuosauveiitiksi, herpes simplex keratiitiksi tai muuksi sarveiskalvotulehdukseksi. Taudin yleisyyden selvittämiseksi ja tiedon levittämiseksi tarkoituksena on tehdä biopankkitutkimus ja selvittää ovatko jotkut diagnosoiduista etuosauveiiteista tai herpes simplex keratiiteista oikeasti KFH tautia.

SUMO Machinery Components as Prognostic Markers and Therapeutic Targets in Head and Neck Squamous Cell Carcinoma (HNSCC) and Clear Cell Renal Cell Carcinoma (ccRCC)

SUMOs are a group of small proteins that regulate many essential cellular functions. SUMOylation has now strongly moved to the forefront of translational cancer research, as earlyphase clinical trials continue to evaluate the safety and efficacy of the SUMO pathway inhibitor TAK-981 in cancer patients. This work will analyze the protein expression levels of different SUMO machinery components to identify potential prognostic markers and new points of therapeutic intervention to improve treatment outcomes in cancer patients.

Endometriumin atyyppisen hyperplasian molekulaarinen luokittelu

Endometriumin atyyppinen hyperplasia on esiaste kohtusyövälle eli endometriumin karsinoomalle. Nykyisen WHO:n luokituksen mukaan endometriumin karsinoomat jaetaan neljään eri molekulaariseen luokkaan, jotka eroavat toisistaan sekä taudinkulun suhteen että sen suhteen miten ne vastaavat eri hoitoihin. Kohtusyövän esiasteen, atyyppisen hyperplasian molekulaaristen luokkien jakautumisesta ja niiden käyttäytymisestä tiedetään vielä hyvin vähän ja tutkimuksemme pyrkii selvittämään eri molekulaaristen luokkien esiintyvyyden esiastemuutoksissa ja sen merkitystä hoitovasteelle ja esiasteen etenemiseen syöväksi.

“Matrix Matters” Exploring the role of the extracellular matrix and the tumour microenvironment for personalized cancer medicine

The initiation and progression of head and neck squamous carcinomas is largely driven by mutations in NOTCH receptors, with mainly act as tumour suppressors in this cancer type. A subset of cancer shows hyper-activation of the same pathway, and yet others may not have any NOTCH involvement at all. The aim of this project is to explore the differential effect of Notch-pathway related genetic alterations on tumour tissue formation, differentiation, and the response to standard-of care clinical drugs in HNSCC. Using a panel of HNSCC cell lines, we will systematically recapitulate the tumour tissue architecture and microenvironment, in comparison to patient-derived organoids and explants used for personalized cancer medicine.

New Biomarkers for Metastatic Melanoma Prognostication

Skin melanoma is the fifth most common form of cancer in Finland. Common melanoma can no longer be treated with surgery. Radiation therapy and traditional chemotherapy are also less effective treatments. About half of skin melanomas have a mutation in the B-Raf gene. Drug therapy that inhibits B-Raf and MEK kinases may then be used. The drug treatment suitable for all metastases is immunotherapy, which improves the body's natural defenses to eliminate cancer cells. However, several melanoma patients develop resistance mechanisms to immunotherapy. The study utilizes a cohort of untreated or treated melanoma patients available in Auria biobank. The study can identify new biomarkers for use in the diagnosis of melanoma or the selection and monitoring of treatment. Special focus is given to immunotherapy, but other conditions are included. Results will provide information on how to activate the whole body's defense system and sensitize patients to the effects of future immunotherapies.

Molecular classification of endometrial cancer by massive parallel sequencing

Hankkeen tarkoituksena on etsiä kohtusyövän molekulaarisia ennustekijöitä geenipaneelin avulla. Kohtusyövän riskiluokitus on perustunut kliinispatologisiin löydöksiin ja uusi molekyyliprofilointi tarkentaa diagnostiikkaa ja täsmentää adjuvanttihoidon tarvetta.Tavoitteena on yksilöity diagnostiikka ja hoito. Geenisekvenointi on luotettava menetelmä, jolla saadaan haettua taudin käyttäytymiseen liittyviä mutaatioita, jotka toimivat riskiarvioinnissa ja kohteena mahdollisiin täsmähoitoihin. Geeniprofilointi muuttanee tulevaisuudessa syöpädiagnostiikkaa ja hoitokäytäntöjä. Analyysi voidaan tehdä jo suhteellisen pienestä kudosmäärästä. Tässä tutkimuksessa kohtusyöpänäytteet uudelleen analysoidaan ja tehdään FoundationOne-geenisekvenointi. Tämän avulla voidaan hakea syövän käyttäytymiselle mutaatioihin perustuvia syitä ja saadaan uusia välineitä kliiniseen työhön.

Neuroendokriiniset ruokatorvisyövät Suomessa

Neuroendokriininen ruokatorvisyöpä on harvinainen sairaus, josta tiedetään vähän. Tutkimuksessa selvitetään tällaista ruokatorvisyöpää sairastaneiden potilaiden saamaa hoitoa ja potilaiden kuolleisuutta kansallisten rekisteriaineistojen perusteella. Tutkimuksen laadun varmistamiseksi siinä myös uudelleenanalysoidaan patologin toimesta potilaiden kudosnäytteet sairauden harvinaisuus ja tutkimuksen pitkän tarkastelujakso huomioiden.

Rintasyövän mikroympäristö tyypin 1 neurofibromatoosissa

Tyypin 1 neurofibromatoosi (NF1) on vallitsevasti periytyvä harvinaissairaus, joka muun muassa kasvattaa potilaiden rintasyöpäriskiä. NF1:een liittyvän rintasyövän ennuste on usein huono, mutta syitä tälle ei kattavasti tunneta. Tässä tutkimuksessa tarkastellaan syöpää ympäröivän kudoksen roolia NF1:ssä. Tutkimuksessa NF1-sairauteen liittyvien rintasyöpien kasvutapaa verrataan NF1-sairauteen liittymättömiin rintasyöpiin.

FINPROVE-validaatiotutkimus

FINPROVE on yksilöllistä syövänhoitoa selvittävä kansallinen Phase2- lääketutkimus edenneessä syövässä. Tutkimuksen tavoitteena yhtenäistää syövän hoitoa Suomessa ja tarjota potilaille mahdollisuus genomi- ja molekyylianalyysien avulla kohdennettuun lääkehoitoon tilanteessa, jossa muut hoidot eivät ole tehonneet. Tämän tutkimuksen tavoitteena on määrittää FFPE-näytteistä tiettyjen terveiden kudostyyppien normaali RNA-aktiivisuus, jota voidaan käyttää määrittämään FINPROVE-tutkimuksessa, onko RNA-aktiivisuus sairaassa kudoksessa poikkeava tai normaali, jota voidaan käyttää avuksi potilaan hoidon valinnassa.

The FinnGen EA3 study for data mining of electronic health records for characterization of the genetic background of fatty liver disease (FLD)

Kolmasosalla aikuisväestöstä on rasvamaksatauti (FLD), joka altistaa maksakirroosille, diabetekselle ja sydän- ja verisuonitaudeille. Pääosa potilaista on ilman diagnoosia. Tutkimuksessa yhdistetään biopankeista saatavaa kliinistä tietoa Finngen-tutkimuksen tuottamaan geenitietoon. Näin pyritään tunnistamaan ja erottelemaan potilaat, joilla on rasvamaksataudin etenevä muoto ja joilla on suuri riski saada maksaongelmia, diabetes tai sydän- ja verisuonisairauksia niistä, joilla on lievempi sairaus. Tietokonealgoritmilla tutkitaan yleensä muun syyn vuoksi tehtyjen ylävatsakuvausten röntgenlausuntoja rasvamaksataudin toteamiseksi jonka jälkeen FLD-diagnoosi ja laboratoriotulokset koskien diabetesta ja metabolista oireyhtymää yhdistetään geneettiseen dataan.

Urologiset syövät Lynchin syndroomaa sairastavilla potilailla

Lynchin syndrooma (LS) on autosomaalisesti periytyvä syöpäoireyhtymä, joka altistaa lähes kaikille vatsan alueen syöville. Lisääntyneen syöpäalttiuden oireyhtymässä aiheuttaa ituratamutaatio yhdessä tai useammassa DNA:n kopiovirheen korjausgeenissä (MLH1, MSH2, MSH6 ja PMS2). Urologiset syövät ovat LS-potilaiden kolmanneksi yleisin syöpätyyppi kolorektaali- ja endometriumsyöpien jälkeen. Jopa kolmasosa LS-miehistä sairastuu eturauhassyöpään ja joka viides LS-potilaista uroteelisyöpään. Ylävirtsateiden uroteelisyövän suhteen riski on yli 10-kertainen muuhun väestöön verrattuna. Tavoitteena on selvittää Suomen LS-rekisterin pohjalta LS-potilaiden urologisten syöpien kliinis-patologiset erityispiirteet ja geneettinen tausta. Kasvainten molekyyligeneettiset profiilit analysoidaan ja etsitään sopivat diagnostiset markkerit hyödyntäen kasvainten geenikirjastoja. Saatuja tuloksia hyödynnetään LS-potilaiden seulonnan järjestämisessä ja urologisten syöpien varhaisdiagnostiikan kehittämisessä.

Investigating Hodgkin's lymphoma in 3D

Hodgkin’s lymphoma (HL) is the most common cancer diagnosis in adolescents. The survival rate of HL is relatively high, however, there has been a continual rise in HL incidents in recent decades. Whilst the survival rates are high, the treatment methods for HL can leave some patients to develop long-term side-effects, such as secondary malignancies, cardiovascular disease, muscle atrophy and infertility. Potentially, these side-effects could be mitigated with a more personalise treatment regime, based on a detailed diagnosis. Histopathological diagnosis of HL relies on conventional 2D microscopy. With the emergence of 3D microscopy, 2D microscopy has been shown to be less efficient at diagnosing and staging tumours, compared to 3D microscopy. In this project, the 3D parameters of HL lymph-node biopsies will be analysed, to determine whether these properties can provide diagnostic, prognostic and predictive information, which could be used to improve the diagnosis of HL.

GeneFusions

Gene fusions represent an important class of somatic alterations in cancer. They have become important biomarkers for cancer diagnosis, prognosis, and targeted therapies due to their inherent expression in tumor tissue alone. Biocartis is developing diagnostic tools for these fusions. The aim of this study is to evaluate the diagnostic accuracy of the Idylla™ GeneFusion Panel 1.x against the comparators chosen as per the intended purpose. Biobank samples will be used to evaluate the accuracy of the company’s GeneFusion Panel.

A multicountry observational retrospective study to evaluate the prevalence of PD-L1 and its role in patients with TNBC treated with systemic therapy

This Global multi-country study by Roche designed to evaluate PD-L1 positivity in patients with TNBC throughout different countries and to evaluate prognostic role of PD-L1 positivity in TNBC treated with standard chemotherapy. Retrospective data required for study endpoints will be collected from cases initially diagnosed TNBC between 1st of Jan 2014 to 31st of Dec 2017. 2500 patients expected to be enrolled globally and 120 patients is expected from Finland totally. Data required for the primary and secondary endpoints will be obtained from archival tissue samples that have been collected from all patients and tested locally and centrally for PD-L1 expression using the Ventana PD-L1 (SP142) assay. Data required for exploratory endpoints will be collected from the medical records data in biobank register, when available, and the designated exploratory endpoints will be assessed according to data availability.

Prodromal diagnosis of sporadic (late-onset) Alzheimer's disease

Meta-analysis of available data produced a short list of circulating miRNAs (cmiRs) with relevance for late-onset Alzheimer’s disease (AD). miRs regulate more than 60% of human gene expression and are implicated in several pathophysiologies, e.g., AD. Main advantages of cmiR biomarkers include: high stability, easy access, quantifiable by existing methods. To better understand the early processes of late-onset, molecular and cellular events driving memory loss were structured. The limited data on cmiRs affected in early AD, supplemented with data on molecular initiating events triggered by cmiRs in response to environmental and systemic factors, were projected on the various processes (submitted for publication). A cmiR profile representing the impact of environmental and systemic risk factors on processes declining with age emerged and was prepared for evaluation and validation as diagnostic tool for late-onset AD on well characterised human sera/plasma, the aim of this project.

Investigation of Disease-Associated T-cell Signatures in Autoimmune/Inflammatory Disorders

The adaptive immune system is constantly responding to stimuli; from new and chronic infections to developing autoimmune diseases and cancer. The cells of the adaptive immune system display specialized receptors, T- and B-cell receptors (TCRs and BCRs), each with unique sequences in their genome encoding their receptor. It is estimated that every individual has on the order of 100 million unique receptors in their immunome, the collection of an individuals’ receptors, making it orders of magnitude larger than the genome. The massive diversity of the immunome has the potential to recognize millions of possible disease antigens, the ability to read the responses to these antigens will enable new diagnostics, therapies and understanding of diseases. Adaptive Biotechnologies has developed a platform for sequencing the DNA of these receptors quantitatively and at high-throughput. In partnership with Microsoft, Adaptive has developed computational methods to identify TCR signatures for individual diseases by comparing TCR repertoires from cohorts of cases and controls. The aim of this project in partnership with FINBB is to identify TCR signatures across autoimmune and inflammatory diseases to enable new diagnostics and treatments.

FinnGen EA3 study for data mining electronic health records for age-related macular degeneration (AMD) subtyping

FinnGen EA3 yhdistää geenidatan kliinisten parametrien kanssa tähdäten parempaan ymmärrykseen AMD:n (kostea silmänpohjan ikärappeuma) etiologiasta, progressiosta, kliinisen kuvan vaihtelevuudesta ja yksilöllisestä hoidosta.

The Finnish National Esophago-Gastric Cancer Cohort, FINEGO

FINEGO on kansallinen monikeskustutkimus, johon osallistuvat kaikki Suomen ruokatorvi- ja mahasyöpäkirurgian yksiköt. FINEGOssa tutkitaan leikattujen ruokatorvi- ja mahasyöpäpotilaiden leikkauksia, komplikaatioita, sairastavuutta ja ennustetta. FINEGOn tavoitteena on löytää keinoja vähentää näihin syöpäsairauksiin liittyviä komplikaatioita ja oheissairauksia, sekä parantaa syöpien ennustetta ja syövistä selviytymistä.

VAP-1 vaskuliiteissa ja keuhkosarkoidoosissa

Positroniemissiotomografia (PET) on menetelmä, jolla voidaan lyhytikäisten merkkiaineiden avulla tutkia mm. kudosten kasvutapaa ja tulehdusreaktiota. Yleisimmin käytetyillä diagnostisilla menetelmillä (magneettikuvaus, tietokonetomografia ja perinteinen isotooppikuvantaminen) tiedetään olevan puutteita tulehduksen diagnoosissa erityisesti tulehduksen varhaisvaiheessa. Tämän johdosta tarvitaan uusia nimenomaan tulehduspaikalle kulkeutuvia merkkiaineita. Tulehduksen indusoima verisuonen pinnan tartuntamolekyyli VAP-1 (Vascular adhesion protein 1), joka ohjaa valkosolujen liikennettä, on lupaava kohdemolekyyli tulehduksellisten sairauksien kuvantamiseksi. Tässä projektissa selvitetään VAP-1:n esiintyvyyttä normaaleissa ja tulehtuneissa verisuonissa ja keuhkoissa. Projekti on osa suurempaa kokonaisuutta, jonka tarkoituksena on kehittää uusia PET-kuvantamismenetelmiä, jotka voivat auttaa tulehduksellisten sairauksien diagnostiikassa ja hoidossa.

TSPO ja muut mitokondriomarkkerit keskushermostossa

TSPO (18 kDa translokaattoriproteiini) esiintyy mitokondrioiden ulkomembraanilla ja se voidaan paikantaa ja kvantifioida positroniemissiotomografia (PET) kuvantamisella. Tässä projektissa selvitetään TSPO:n ja muiden mitokondriomarkkereiden ilmentymistä normaalipainoisten ja ylipainoisten keskushermostossa. Projekti on osa suurempaa kokonaisuutta, jonka tarkoituksena on ylipainoisuuteen liittyvien mekanismien selvittäminen sekä uusien PET-menetelmien kehittäminen.

ADAM12:n merkitys syövän mikroympäristön säätelyssä

Tutkimus koskee ADAM (A Disintegrin and Metalloproteinase) 12-proteiinia, jolla on funktio solujen välisissä interaktioissa, soluadheesiossa ja ekstrasellulaariväliaineen muodostamisessa. Lisäksi tiedetään että ADAM12 osallistuu syöpäsolujen invaasioon sekä proliferaation ja kasvun säätelyyn. Viimeaikaisissa tutkimuksissa on todettu ADAM12:n merkitys syövän mikroympäristön säätelyssä ja syöpäsolujen ja sitä ympäröivän matriksin interaktioissa. In vitro- ja koe-eläintutkimuksissa on osoitettu että ADAM12 toimii keskeisellä tavalla ns. chaperokiinien toiminnassa säätelemässä positiivisen ja negatiivisen feed-backin avulla ekstrasellulaarimatriksin ja syöpäsolujen välistä kommunikaatiota syöpäsolujen infiltraatiossa ja metastasoinnissa. Myös verestä osoitettu liukoisen ADAM12:n pitoisuus on koe-eläimillä korreloinut chaperokiinien toimintaan ja syövän levinneisyyteen. Aiemman tutkimuksen mukaan ADAM12-ekspressio on erityisen korkeaa rintasyövässä ja suolistosyövässä. Rintasyövässä on osoitettu että ADAM12:n yli-ilmentyminen liittyy syöpämatriksin apoptoosiin ja taudin ennusteeseen. Tutkimuksen tavoitteena on ymmärtää ADAM12 roolia ihmisen rintasyöpä- ja suolistosyöpäsolukon invaasiossa. Tätä varten tullaan osoittamaan ADAM12:n kudosekspressiota syöpäsoluissa immunohistokemian avulla ja detektoimaan ADAM12:n pitoisuutta veressä ELISA:lla.

FinnGen recontacting pilot

The FinnGen research project (https://www.finngen.fi/en) led by the University of Helsinki, aims to better understand the mechanisms of disease by combining genomic and health information. FinnGen is a publicprivate collaborative project, which brings together Finnish universities, hospitals and hospital districts, THL, Blood Service, biobanks, FinBioBank and international pharmaceutical companies. The FinnGen study utilizes samples collected by Finnish biobanks and the goal is to better understand how our genome affects our health by involving 500,000 Finns. The FinnGen project is prepared to launching a new effort that aims to recontact up to 200,000 participants to collect detailed information about health status and lifestyle. FinnGen participants will be invited to take part in online questionnaires, tests and other research activities.

The expression signature of Clever-1 protein in cancer patients treated with immunotherapeutical drugs

Immunotherapy has benefitted the lives of many cancer patients. However, only a fraction of the patients (20-40%) get help from the immunotherapeutic drugs due to increased resistance. Therefore, new biomarkers that direct the use of these drugs to the correct patients are acutely needed. In cancers, certain cells such as macrophages suppress the immune responses and are emerging as major contributors to the drug resistance. Based on gene expression data, immunotherapy-treated cancer patients that have high amounts of macrophage protein Clever-1 as compared to low amounts, have poorer survival. In order to understand this correlation, in this study, we aim to characterise the expression profile of Clever-1 in patients treated with immunotherapy.

Rintasyövän neoadjuvantti-hoitovasteen ennustaminen VSSHP:ssä

Tutkimuksen tavoitteena on selvittää pre-operatiivisen liitännäishoidon vastetta VSSHP:ssä leikattujen rintasyöpäpotilaiden hoidossa sekä pyrkiä identifioimaan kliinisiä ja histologisia tunnusmerkkejä niille syöpätyypeille, joille hoidosta on odotettavissa ennusteellista hyötyä. Kansainvälisten hoitosuositusten mukaisesti pre-operatiivinen liitännäishoito on yleistynyt rintasyövän hoidossa viime vuosina. Kuitenkaan ei ole olemassa yksiselitteisiä kansallisia tai paikallisia kriteereitä potilaiden valinnalle neoadjuvanttihoitoon. Parhaassa tapauksessa neoadjuvanttiterapialla rintasyövälle saadaan täydellinen hoitovaste, joka ennustaa edullista taudinkulkua, pidempää elossaoloaikaa ja saattaa mahdollistaa myös rinnan säästävän leikkauksen ablaation sijaan. Tutkimuksen tavoitteena on tunnistaa kliinisiä ja uusia syöpäbiologisia tekijöitä, jotka soveltuisivat käytännön kliiniseen työhön rintasyöpäpotilaiden valinnassa pre-operatiiviseen liitännäislääkehoitoon.

Aivojen PET-tutkimus geneettisten tekijöiden vaikutuksesta aivojen tulehdusreaktioon

ApoE- ja ABI3-geenien eräät geenimuodot ovat yhteydessä Alzheimerin taudin (AT) riskiin ja tulehdusta lisäävien aineiden määrään veressä. Tämä tutkimus selvittää liittyykö em. geenimuotoihin lisääntynyt aivojen tulehdusreaktio ja / tai beta-amyloidin kertymä (mikä on keskeistä AT:n kehittymisessä) positroniemissotomografia (PET) -tutkimuksella arvioituna. Tutkimus tuo arvokasta tietoa AT:n synnystä ja taudin varhaisvaiheen aivomuutoksista. Lisäksi se voi tuoda esiin biomerkkitekijöitä, joilla voidaan vielä oireettomassa tilassa ennustaa, kenelle kehittyy muisti- ja muiden tiedonkäsittelytoimintojen heikentymistä tai muistisairaus. Tämä on tärkeää, sillä paras tapa estää muistisairauksien syntyä on ennaltaehkäisevät toimet (elintapamuutokset, riskitekijöihin puuttuminen). Tuloksia voidaan hyödyntää AT:n aivomuutosten selvittämisessä, taudin varhaisessa diagnostiikassa ja biomerkkitekijöiden kehityksessä sekä uusien tautiprosessiin vaikuttavien lääkkeiden kehittelyssä ja tehon arviossa.

Keratinosyyttien, fibroblastien ja veren solujen eristäminen ja uudelleenohjelmointi indusoiduiksi monikykyisiksi kantasoluiksi (hiPSC) ja mikrogliasoluiksi

Alzheimerin tauti on yleisin etenevä muistisairaus, jonka syntyyn vaikuttavat sekä perinnölliset että hankitut tekijät. Tässä tutkimuksessa selvitetään Alzheimerin tautiin liittyvien mikroglia-spesifisten riskigeenien toiminnallisia vaikutuksia Alzheimerin taudin syntymiseen. Tutkimuksesta saadun tiedon avulla voidaan kehittää uusia Alzheimerin taudin varhaiseen havaitsemiseen, ennaltaehkäisyyn ja hoitoon liittyviä sovellutuksia sekä tehostaa uusien biomarkkeri- sekä lääkeainekohteiden löytämistä.

Early microbial contact in infants at risk of aberrant compositional development of gut microbiota

The research project is based on the notion that modulation of early microbial contact by probiotics may provide a safe and effective means to improve the health of infants with aberrant early colonization as a result of caesarean section delivery. It is hypothesizes that maternal probiotic supplementation before cesarean section significantly alters immune function in the placenta and the fetal gut, and modulates intestinal microbial colonization patterns. All of the potentially beneficial effects of probiotic bacteria are strain specific or specific to a defined probiotic combination, and therefore preliminary laboratory and clinical research with regard to different physiological targets of probiotic intervention should be carried out to guide the design of clinical trials aiming to show clinical efficacy and establish clinical practice. The purpose of this research project is to provide insight into the optimal probiotic strains and a strain combination administration protocol.

ErbB4 mediated STAT5b signaling in cardiac hypertrophy

ErbB4 signaling controls hypertrophic cardiac growth and ErbB4 ligand NRG1 is in the clinical trials for the treatment of heart failure. Yet the exact molecular pathways by which ErbB4 enacts hypertrophic cardiac growth are largely unknown. Our aim is to explore the role of STAT5b signaling downstream of ErbB4 in hypertrophic cardiac growth in normal and disease states. We have utilized isolated cardiomyocytes and animal models to explore if STAT5b signaling has a role in ErbB4 mediated cardiac growth. Our results indicate that ErbB4 mediated hypertrophic cardiac growth is dependent on the activation of STAT5b. To validate the role of ErbB4 mediated STAT5b signaling in hypertrophic human heart, we aim to stain cardiac tissue samples from patients suffering from cardiac hypertrophy and from control normal hearts. Our results reveal important molecular pathways of hypertrophic cardiac growth that may be utilized in the future in drug development to design treatments for heart failure.

PARP estäjät tulehduksellisten suolistosairauksien hoidossa

Crohnin tauti ja haavainen paksusuolentulehdus ovat parantumattomia tulehduksellisia suolistosairauksia. Molempien tautien syy on tuntematon. Tutkimushanke pyrkii selvittämään Crohnin taudin ja haavaisen paksusuolentulehduksen syntymekanismeja. Tutkimushanke luo uutta tietoa joka vaikuttaa lääkekehitykseen ja hoitokäytänteisiin Crohnin taudissa ja haavaisessa paksusuolentulehduksessa.

Pernan imutiesysteemi

Perna on tärkeä immunologinen elin, missä suuri osa elimistömme vasta-aineista taudinaiheuttajia vastaan tuotetaan. Puolustussysteemimme toiminnan peruselementti on imusolujen kierto veren ja imukudosten välillä. Pernan tärkeydestä huolimatta sen imutiekierrosta ei käytännössä tiedetä juuri mitään. Tämän tutkimuksen tarkoitus on selvittää pernan imuteiden rakenne ja toiminta. Tutkimuksesta saatavaa tietoa voidaan käyttää hyväksi sairauksien ymmärtämisessä ja mahdollisesti myös immuunisysteemiä säätelevien lääkeaineiden kehityksessä.

Insulinoomien esiintyvyys ja ennuste Suomessa

Insulinoomat ovat harvinaisia neuroendokriinisia kasvaimia, jotka tuottavat insuliinia. Niiden ilmaantuvuus on lisääntymässä. Suomessa 1980-2010 todetuista insulinoomista on aiemmin tutkittu ilmaantuvuutta, kliinisiä piirteitä, diagnostiikkaa ja hoitoa (Peltola ym., Int J Endocrinol 2018:1-10). Nyt näytteistä tutkitaan, kuinka nykyinen WHO-luokitus ja muut histopatologiset piirteet ennustavat elossa oloa, taudin etenemistä ja potilaiden muuta sairastavuutta.

HER3-proteiinien esiintyminen ALK-positiivisilla keuhkosyöpäpotilailla

Anaplastic lymphoma kinase (ALK) gene is rearranged in 3-7 % of all non-small cell lung cancers (NSCLCs) and these diseases are easily targeted with ALK inhibitors, however, the disease progresses within 1-2 years after therapy initiation due to acquired resistance. Some drug resistance mechanisms have been suggested including the existence of cancer stem-like cells, which can be initially resistant to the therapy, and protein expression of human epidermal growth factor receptors. In this study, we aim to investigate the expression and localization of cancer stem-like cell markers and HER3 proteins in ALK-translocated NSCLC.

Rare variants in CFI gene for age related macular degeneration

Gyroscope Therapeutics is developing a gene-based therapy for dry AMD (age-related macular degeneration), which is a condition leading to blindness and currently without effective treatment. It has been found that certain rare genetic variants may increase the risk of developing AMD and that some of these variants seem to be enriched in the Finnish population. This biobank study aims to determine the prevalence of the relevant rare genetic variants in the Finnish AMD population and study them.

TCR Signatures in Autoimmune/Inflammatory Disorders

The adaptive immune system is constantly responding to stimuli; from new and chronic infections to developing autoimmune diseases and cancer. The cells of the adaptive immune system display specialized receptors, T- and B-cell receptors (TCRs and BCRs), each with unique sequences in their genome encoding their receptor. It is estimated that every individual has on the order of 100 million unique receptors in their immunome, the collection of an individuals’ receptors, making it orders of magnitude larger than the genome. The massive diversity of the immunome has the potential to recognize millions of possible disease antigens, the ability to read the responses to these antigens will enable new diagnostics, therapies and understanding of diseases. Adaptive Biotechnologies has developed a platform for sequencing the DNA of these receptors quantitatively and at high-throughput. In partnership with Microsoft, Adaptive has developed computational methods to identify TCR signatures for individual diseases by comparing TCR repertoires from cohorts of cases and controls. The aim of this project in partnership with FinBB is to identify TCR signatures across autoimmune and inflammatory diseases to enable new diagnostics and treatments.

Raxo-tutkimus:Väestöpohjainen tutkimus jossa selvitetään suomalaisten levinneeseen suolistosyöpään sairastuneiden taudin kliinistä käyttäytymistä, ennustekijöitä, etäpesäkirurgian mahdollisuutta ja elinaikaa.

RAXO-tutkimuksen tavoitteena on selvittää kaikilta 2011-2018 levinneeseen suolistosyöpään sairastuneilta suomalaisilta suolistosyövän käyttäytymiseen, ennusteeseen ja hoitovasteeseen vaikuttavia tekijöitä. RAXO-tutkimuksessa saadaan lisätietoa syövän diagnostisista, ennusteellisista ja hoidon tehoa ennustavista tekijöistä käytettäessä kliinisten tietojen lisäksi syöpäkudosnäytteitä. Tutkimuksessa käytetään vain syöpäkudosnäytteitä, jotka on otettu joko tähystyksen, suolistosyöpäkasvain-, etäpesäkeleikkauksen tai koepalan oton yhteydessä. Näytteistä saatetaan tehdä geenitutkimuksia, joissain tapauksissa myös koko perimän sekvensointi. Geenitutkimuksen tarkoituksena on selvittää perimän vaikutusta suolistosyövän syntyyn, hoidon ja lääkkeen tehoon ja turvallisuuteen. Tavoitteena on näiden kudosnäytteiden avulla saada lisätietoa siitä miten ja mihin suolistosyöpä leviää ja mikä on taudin kulku, miten lääkkeet vaikuttavat elimistössä ja määrittää paras lääke kullekin potilaalle, miksi jotkut potilaat hyötyvät hoidosta ja jotkut eivät, mitkä tekijät voivat myötävaikuttaa syöpäsairauden syntyyn tai muuttaa sen kulkua, miten saadaan kehitettyä parhaat taudinmääritystestit paksu- ja peräsuolisyövän toteamista ja hoitoa varten sekä miksi joillakin etäpesäkeleikkauksen jälkeen tauti uusii.

Melanoma Tissue MicroArray

The goal of this study is to identify actionable targets for melanomas that have acquired treatment-resistance. Hopefully, the study will contribute in obtaining new approved drugs for patients with melanoma.

Immune Atlas of Tuberculosis Granulomas

The scope of this study is to create an atlas of cells composing the characteristic appearance of tuberculosis infection, the tuberculosis granuloma.

Kasvaimen immunologia ja CRP

Immunotherapy has had a groundbreaking impact on cancer care. However, only minority of the patients (20-40%) benefit from immunotherapies. Patients benefiting immunotherapies are poorly recognized in the clinics due to a lack of predictive biomarkers, which are urgently needed. We have seen in our previous studies that high systemic inflammation (CRP value >10 mg/l) associates with poor prognosis of the patients who are treated with immunotherapies, especially melanoma patients. Because the efficiency of immunotherapies depends largely on immune cells, we aim to study the association between CRP levels and immune cell composition of the tumors.

Formiinien ilmentyminen ja biologinen merkitys Her2 positiivisessa rintasyövässä

Rintasyöpä on Suomessa naisten tavallisin pahanlaatuinen kasvain. Taudinmäärityksen yhteydessä rintasyöpänäytteestä selvitetään rintasyövän tarkempi tyyppi, jonka perusteella voidaan arvioida taudin ennustetta ja suunnitella tehokas hoito. Noin 15-20% kaikista diagnosoiduista rintasyövistä on Her2-positiivisia, jolloin potilaalta on löydetty Her2 (ErbB2) onkogeenin monistuma. Nämä Her2-positiiviset rintasyövät ovat aggressiivia ja huonoennusteisiä syöpiä. Kyseisen syövän hoitoon löytyy lääkkeitä, mutta valitettavasti vain alle puolet potilasta hyötyy hoidoista. Tässä projektissa tutkitaan ilmentävätkö Her2-positiiviset rintasyövät solun tukirankaa muokkaavia formiiniproteiineja. Tulosten perusteella selvitetään myös formiinien ilmentymisen vaikutus taudin ennusteeseen. Solukokeissa on osoitettu, että osalla formiineista on vaikutusta syöpäsolujen toimintaan. Formiinien toimintaa voidaan estää lääkkeellisesti. Formiinit saattavat tulevaisuudessa toimia lääkehoidon kohteena tai niiden avulla saatetaan parantaa olemassa olevien lääkkeiden vaikutusta.

Data mining electronic health records for heart failure subtyping

FinnGen tutkimuksen tavoitteena on oppia ymmärtämään paremmin sairausmekanismeja genetiikan menetelmiä hyödyntäen. Tutkimme, miten biopankkidataa voitaisiin yhdistää FinnGenin geneettiseen ja rekisteripohjaiseen dataan ja siten tarkentaa rekisteritietoon pohjaavia sydämen vajaatoiminnan diagnooseja.

Serologisten testien kehittäminen SARS-CoV-2:lle

Wallac Oy kehittää menetelmän koronavirus SARS-CoV-2-testaukseen. Testin avulla mitataan ihmisen immuunivastetta ja tulos kertoo onko ihminen sairastamassa tai sairastanut COVID19:n. Testiperhe mahdollistaa tehokkaan pandemian seurannan ja kontrollin.

Auria biopankilta hankittuja näytteitä käytettiin määrityskonseptin kehityksessä varmistamaan, että määritys erottaa SARS-CoV-2 seropositiiviset näytteet seronegatiivisista. Lopullisen määrityksen herkkyys on kliinisten tutkimusten mukaan 90.7% ja spesifisyys 97.4%, ja siten testitulos kertoo luotettavasti, onko ihmiselle muodostunut vasta-aineita joko covid-19:n sairastamisen tai rokotuksen myötä.

Tekoäly kolorektaalisyöpänäytteiden analysoinnissa

Kolorektaalisyöpä on kolmanneksi yleisin syöpätyyppi. Suurin osa potilaista voidaan parantaa kirurgialla ja onkologisilla hoidoilla, ei vielä voida tarkkaan ennustaa kenellä tauti myöhemmin uusiutuu. Liitännäistyyppinen solunsalpaajahoito voidaan antaa korkean uusimisriskin potilaille. Koneoppivat neuroverkot ovat tietokoneohjelmia, jotka voivat tunnistaa digitaalisista syöpänäytteistä rakenteita, joita ihmissilmä ei välttämättä huomaa. Nämä digitaaliset kuvat ovat patologian kudosleikkeitä, jotka on otettu vuosina 2005-2019 TYKS alueella operoiduista kolorektaalisyöpäpotilaista tavanomaisen leikkaushoidon yhteydessä. Tässä biopankkitutkimuksessa sovelletaan olemassa olevia digitaalisten syöpänäytteiden kuvankäsittelyohjelmia. Tutkijat selvittävät voiko tämä uusi menetelmä tulla patologien ja kliinikoiden avuksi helpottamaan korkean riskin kolorektaalisyöpäpotilaiden tunnistamista. Tulevaisuudessa näin voitaisiin kohdentaa solunsalpaajahoito oikeille potilaille, ja vastaavasti välttää turhia hoitoja.

Itusolusyöpäantigeenit melanoomassa ja muissa syövissä

Itusolusyöpäantigeenit ovat itusoluissa ilmeneviä proteiineja, jotka ilmenevät myös syöpäsoluissa, mutta eivät terveissä somaattisissa soluissa. Täten nämä proteiinit ovat potentiaalisia biomarkkereita niin syövän diagnostiikkaan kuin ennusteeseenkin. Tämän projektin tavoitteena on tutkia neljän eri itusolusyöpäproteiinin käytettävyyttä biomarkkerina syövässä, ensijaisesti melanooman diagnostisena biomarkkerina. Projektissa tutkitaan ja verrataan proteiinien ilmenemistä melanoomasoluissa ja hyvänlaatuisissa pigmenttimuutoksissa sekä syöpäkudoksissa yleensä. Mikäli hypoteesimme syöpään rajoittuvasta ekspressiosta pitää paikkaansa, on meidän mahdollista saada uusia, varsin tarpeeseen tulevia, työkaluja melanooman diagnostiikkaan.

Clever-1 expression in tuberculosis granuloma macrophages supporting bacterial persistence

Tuberkuloosi (TB) on edelleen yksi suurimmista ihmisten terveyteen kohdistuvista uhista. Bakteeri-infektion pysyvyyttä suurelta osin välittävät makrofagit, jotka erilaistuvat immuunivasteita alentaviksi soluiksi TB-granuloomakudoksessa. Samanlainen ilmiö on nähtävissä syövässä, kun kasvaimet vapautuvat immuunisolujen säätelyltä. Kasvainten makrofageissa ilmentyvä Clever-1 on scavenger-reseptori, joka vähentää makrofagien kykyä esittää antigeeniä ja erittää proinflammatorisia sytokiineja, mikä johtaa antigeenispesifisten T-soluvasteiden tehottomaan aktivointiin. Näiden yhtäläisyyksien takia pyrimme selvittämään Clever-1:n roolia tuberkuloosi-infektion ylläpidossa. Ensimmäisenä askeleena haluamme tutkia Clever-1-ilmentymistä TB granuloomakudoksen makrofageissa retrospektiivisellä immunohistokemiallisella värjäyksellä keuhko- ja imusolmukkeiden TB-näytteistä. Todennäköisesti Clever-1 ilmentyminen granuloomakudoksen makrofageissa on kliinisesti merkittävä, mikä tukee Clever-1:n lisätutkimusta tuberkuloosissa ja edistää anti-Clever-1-vasta-aineen kliinistä kehitystä TB potilaiden hyväksi.

Ihopsoriaasidiagnoosin paikkaansa pitävyys suomalaisessa rekisteriaineistossa

Tutkimuksen tavoitteena on selvittää suomalaisiin terveydenhuollon rekistereihin kirjatun ihopsoriaasin diagnoosin paikkaansa pitävyys. Tutkimus tehdään OYS:ssa ja Tyksissä. Potilaat valitaan otokseen biopankkipotilaiden joukosta sillä perusteella, että heillä on osallistuvassa sairaalassa hoitotapahtumadiagnoosina kohortin mukainen ihopsoriaasin diagnoosi. Otoskoko tutkimuksessa on kummassakin osallistuvassa biopankissa kussakin 100 tutkittavaa, joilla on merkintä ihopsoriaasista, ja 100 ikä- ja sukupuolivakioitua verrokkia. Verrokkiryhmä muodostetaan biopankkipotilaista, joilla ei ole kirjattuna ihopsoriaasin diagnoosia vaan heillä on aikuistyypin diabeteksen diagnoosi (E11). Verrokkiryhmästä on tarkoituksena tutkia, onko sairaskertomuksessa viitteitä siitä, että potilaalla olisi kyseinen sairaus (L40.0) ilman että sitä olisi kirjattu asianmukaisella diagnoosikoodilla.

Fibroottisen dysplasian kuvantamisdiagnostiikka ja histopatologiset tyyppipiirteet

Fibroottinen dysplasia on luuston kehityshäiriö, johon liittyy luumuutoksia, jotka saattavat herättää epäilyn pahanlaatuisesta luusairaudesta. Vaikeissa tautitapauksissa tautiin liittyy luiden epämuodostumia ja murtumia. Tautiin liittyvät kuvantamislöydökset ja taudinkulku on tieteellisessä kirjallisuudessa puutteellisesti raportoitu. Kirjallisuus koostuu lähinnä yhteen aikapisteeseen keskittyvistä yksittäisistä tapausselostuksista. Tutkimuksessa pyritään selvittämään taudin tyypilliset kuvantamislöydökset ja sen pystytäänkö tauti erottelemaan pahanlaatuisista luumuutoksista kuvantamislöydösten perusteella vai tarvitaanko taudin diagnosoimiseksi invasiivinen luunäyte. Toistettujen kuvausten perusteella pyritään saamaan myös käsitys tyypillisestä taudin kulusta.

Chronic Allograft Nephropathy

The best form of treatment for end-stage renal disease is still renal transplantation. Despite significant improvements on acute rejections, chronic allograft nephropathy (CAN) remains a severe problem for kidney transplant recipients and the main cause for late renal transplant loss. Understanding mechanisms and pathways leading to development of CAN could be a key to new treatments and ultimately to a better health related quality of life. Therefore, the aim of this study is to evaluate patho-mechanisms of CAN and associated biomarkers.

Exploring medical images

Medical images include ultrasound, Xray, MRI, CT and also images of tissue samples such as immunohistochemistry and HE stainings obtained via digital microscopy. These data are very large compared to electronic health care records and laboratory values of clinical chemistry and biomarkers. The images are usually analyzed and interpreted by medical experts. In this research project we explore together with Auria data scientists whether the recent progress in artificial intelligence of image recognition could be applied to medical images. This is a follow up extension to an already ongoing joint project.

Limakalvon osatekijät bisfosfonaattien ja antiresorptiivien aiheuttamassa leukaluun kuoliossa

Bisfosfonaatit ja denosumabi ovat laajalti käytettyjä lääkkeitä esimerkiksi osteoporoosin ja rintasyövän luustoetäpesäkkeiden hoidossa. Bisfosfonaatteihin ja denosumabiin liittyvä leukaluun kuolio (MRONJ= Medication-related osteonecrosis of the jaws) on kasvava ongelma. MRONJ on harvinainen edellä mainittujen lääkitysten haittavaikutus. Syyt MRONJ:n puhkeamiseen ovat epäselviä. Tämän tutkimuksen tarkoitus on selventää paikallisten osatekijöiden ja potilaiden yleisterveyden osuutta taudin puhkeamisessa. Hypoteesi on, että kyseiset luustolääkehoidot vaikeuttavat suun limakalvon solujen kasvamista. Lisäksi muut lääkitykset, joita usein käytetään näiden lääkitysten kanssa samanaikaisesti, heikentävät entuudestaan solujen kasvua. Tutkimuksen potilasnäytteisiin perustuvassa osiossa potilaiden esitiedot kerätään Turun yliopistollisen keskussairaalan potilasrekisteristä ja tietoja verrataan potilasnäytteisiin.

Analysis of redox state alterations in metabolic and neurodegenerative disorders

There are indications that derivatives of vitamin B3 contribute to human pathology in disorders connected to mitochondrial dysfunction, which extends from primary disorders to secondary degenerative age-related diseases. Human body uses dietary vitamin B3 for synthesis of four molecules which are key regulators of cell life. This project aims to find out how systemic levels of these derivatives in patients with different metabolic and age-related disorders differ from those in healthy people. Expected results will be useful for diagnostics of these diseases and for development of strategies for intervention through modulation of vitamin B3-dependent processes.

Uudet immunohistokemialliset hyperaldosteronismin diagnostiset mahdollisuudet

Hyperaldosteronismia on perinteisesti hoidettu toispuoleisella lisämunuaisen poistoleikkauksella, jos lisämunaisten kuvauksessa on nähty puoliero. Tämä tutkimus tarkentaa hyperaldosteronismin diagnostiikkaa, jotta lisämunuaisen poistoleikkaukseen voidaan entistä paremmin valikoida leikkauksesta hyötyvät potilaat.

B-Eosionofiilien stabiilisuus keuhkoahtaumatautipotilailla

Veren eosinofiilien merkitystä on selvitetty viime vuosina varsin paljon keuhkoahtaumataudin hoitoon liittyvänä markkerina, mutta stabiiliutta on tutkittu vielä suhteellisen vähän. Tämän tutkimuksen tavoitteena on selvittää veren eosinofiilien stabiiliutta keuhkoahtaumatautipotilailla ja sen potentiaalia biomarkkerina keuhkoahtaumataudin hoidossa.

Bronchiectasis biomarker profiling

Correlation of clinically collected measurements of bronchiectasis patient health with tissue biomarker expression to guide drug discovery decisions such as target identification, target validation, and clinical study design.

Folaattireseptorien ekspressio keskushermostossa

Makrofagisoluissa esiintyvä folaattireseptori (FR) on lupaava kohdemolekyyli keskushermoston tulehduksellisten sairauksien kuten multippeliskleroosin (MS taudin) kuvantamiseksi. Tässä projektissa selvitetään positroniemissiotomografia (PET)-merkkiaineen reseptorin ilmentymistä normaalissa ja tulehtuneessa keskushermostossa. Projekti on osa suurempaa kokonaisuutta, jonka tarkoituksenamme on uusien PET menetelmien kehittäminen. Tutkimuksella on paitsi erittäin tärkeä kliininen merkitys, myös tärkeä merkitys menetelmäkehityksen kannalta. PET kuvantaminen voisi auttaa tulehduksellisien keskushermostosairauksien diagnostiikassa ja hoidossa.

Pharmacogenomics of antithrombotic drugs

Antitromboottista lääkitystä käytetään erilaisten sairauksien (mm. eteisvärinä) ja toimenpiteiden (mm. läppäleikkaukset) yhteydessä estämään verisuonitukoksia. Aiempien tutkimusten perusteella on todettu, että antitromboottisten lääkkeiden vaikutuksessa on genomista riippuvia yksilöllisiä eroja. Esimerkiksi varfariinin antikoagulaatiovaikutus voi genotyypistä riippuen olla normaalia voimakkaampi tai heikentynyt lisäten potilaan lääkityksestä aiheutuvaa riskiä verenvuotoihin ja verisuonitukoksiin. Tämän tutkimuksen tavoitteena on arvioida genomitiedon merkitystä antitromboottisen hoidon yhteydessä. Tutkimushankkeessa haetaan näyttöä lääkeaineisiin assosioituville genotyypeille suomalaisessa väestössä sekä arvioidaan genomitiedon käytön mahdollisuudet lääkehoidon ohjauksessa. Tutkimuksen tuloksia voidaan hyödyntää päätettäessä uusien genomitietoon perustuvien hoitokäytäntöjen ja -suositusten käyttöönotosta.

Application of novel PET tracers and techniques to diagnose and treat myocarditis in rat experimental models

Hankkeessa tutkitaan PET kuvantamista tulehduksellisten sydänsairauksien diagnostiikassa.

Pään ja kaulan alueen syöpien uusiutumisen ja hoidon epäonnistumiseen vaikuttavat tekijät -kansallinen tutkimus

Pään ja kaulan alueen syövät muodostavat kuudenneksi yleisimmän syöpäryhmän maailmanlaajuisesti. Toistaiseksi pään ja kaulan alueen syöpäkasvaimille ei ole pystytty kehittämään hoidon ohjaukseen vaikuttavia biomarkkereita. Tutkimuksen tavoite on löytää merkkiaine, jolla kasvaimen ennuste ja vaste kemo- ja/tai sädehoidolle pystyttäisiin ennakoimaan jo HNSCC-potilaan koepalasta.

Deep learning analysis tools for outcome prediction in papillary thyroid carcinoma

Suomessa todetaan noin 400-450 kilpirauhasen syöpää vuodessa. Kilpirauhasen syöpäkasvaimia on kolmea tyyppiä, näistä yleisin, ja myös vaarattomin, on papillaarinen kilpirauhassyöpä (PTC). PTC:n hoito on leikkaus ja siihen liitetty radiojodihoito. Hoitotulokset ovat yleensä hyvät. Joissain aggressiivisissa tapauksissa tauti uusiutuu hoidosta huolimatta ja ennuste on huono. Projektissa kehitetään tietokoneohjelmaa, joka pystyisi histologisen kuvan perusteella erottamaan huonoennusteiset tapaukset muiden joukosta.

Cancer associated transcription factors in normal tissues

Syövässä esiintyy kromosomimuutoksia joiden seurauksena syntyy kahden geenin yhdistelmiä, joita kutsutaan fuusiogeeneiksi. Fuusiogeenit ovat syöpätutkimuksen kohteena, sillä niiden löytymisestä saattaisi olla hyötyä diagnostiikassa ja täsmähoidon suunnittelussa. Tutkimusryhmä on löytänyt syöpäsolulinjan, jossa on vahvasti ilmentyvä fuusiogeeni, joka vaikuttaa solukokeiden perusteella osallistuvan solunjakautumiseen. Tässä tutkimuksessa selvitetään, miten kyseiseen fuusiogeeniin liittyvät proteiinit ilmentyvät normaaleissa tervekudoksissa, sillä aihetta ei ole aiemmin kattavasti tutkittu. Normaalien kudosten ilmentymistaso on selvitettävä, jotta poikkeavaa ilmentymistä voidaan hyödyntää esimerkiksi syöpädiagnostiikassa sekä mahdollisesti jopa syöpähoitojen kohteena.

Profiling the immune microenvironment in HR+ and HER2+ breast cancer

Tässä tutkimuksessa käytetään uutta Harvard Medical Schoolissa kehitettyä, tavallisten FFPE-syöpäkudosnäytteiden sykliseen värjäykseen ja immunofluoresenssimikroskopiaan perustuvaa solu/kudoskuvantamismenetelmää, CyCIF:ia (www.cycif.org), rintasyövän mikroympäristön tutkimuksessa. Tavoitteena on tutkia eri rintasyöpäalatyyppien mikroympäristöä ja sen eroavaisuuksia sekä tuumorin mikroympäristön merkitystä uusien immuno-onkologisten syöpälääkkeiden vasteelle. Tavoitteena on löytää kliinisesti käyttökelpoisia biomarkkereita tunnistamaan tulevaisuudessa näistä uusista lääkehoidoista hyötyvät potilaat. Tutkimuksessa keskitytään tarkastelemaan TMA-muodossa olevien rintasyöpänäytteiden syöpäsolujen ja valkosolujen keskinäistä sijaintia, moninaisia antigeeniekspressioita ja näiden yhteyttä potilaan ennusteeseen.

Prognostiset biomarkkerit ei-pienisoluisessa keuhkosyövässä

Keuhkosyövän hoidon viimeaikainen kehitys on muuttanut merkittävästi patologian laboratorioiden toimintaan liittyviä vaatimuksia. Perinteistä morfologiaan perustuvaa diagnostiikkaa täydennetään immunohistokemiallisilla ja molekyylipatologisilla menetelmillä. Esimerkiksi kaikista levinneistä keuhkon adenokarsinoomatapauksista pitää uusien kansainvälisten suositusten mukaan selvittää onko kasvainsolukossa ROS1-geenin uudelleenjärjestymää. Tämän tutkimuksen tarkoituksena on verrata erilaisia ROS1-geenin uudelleenjärjestymän analyysimenetelmiä ei-pienisoluisessa keuhkosyövässä. Tutkimuksen tavoitteena on arvioida immunohistokemiallisen värjäyksen spesifisyyttä ja sitä, kuinka vertailukelpoisia FISH ja molekulaariset menetelmät ovat keskenään. Tutkimus antaa lisäksi osviittaa siitä, kuinka yleinen ROS1-uudelleenjärjestymä on suomalaisessa keuhkosyöpäväestössä. Tutkimuksessa selvitetään myös Nrf2-signaloinnin yhteyttä ei-pienisoluisten keuhkokarsinoomien ennusteeseen ja tuumorien immuuniympäristöön.

Haiman neuroendokriinisten kasvainten merkkiainetutkimus

1-2 % haiman kasvaimista on neuroendokriinisia (pNET). Paikalliset neuroendokriiniset kasvaimet hoidetaan kirurgisesti. Pienemmät yksittäiset kasvaimet on usein enukleoitu, eli poistettu vain kasvain tekemättä riskialttiimpaa haimaresektiota. Kuitenkin myös osa pienistä, hyväennusteisina pidetyistä kasvaimista osoittautuu haiman ulkopuolisiin imusolmukkeisiin levinneiksi. Näitä tapauksia on vaikea tunnistaa nykydiagnostiikalla. Tutkimuksessa pyritään löytämään uusia ennusteellisia tekijöitä pNET:n diagnostiikkaa ja hoidon suunnittelua varten. Vuosina 1990-2013 hoidetuista pNET-potilaiden kudosnäytteistä analysoidaan immunohistokemiallisia markkereita ja tutkitaan niiden yhteyttä taudin ennusteeseen sekä jo tunnettuihin ennustetekijöihin.

Mechanosensitive epigenetic regulators of cancer cell proliferation – an immunohistochemical survey of patient tumors

Aggressive cancer cells act in synergy with their tumor micro environment to promote cancer proliferation and cancer progression. Alterations in tissue tension and biomechaniscs is a well-established pro-oncogenic feature in cancer. In this project we aim to analyse human cancer samples for expression of proteins that regulate cancer tissue stiffness and/or cancer cell proliferation in response to stiffness. These data will provide important information about the mechanisms underlying cancer progression and may provide important biomarkers/drug targets in the future.

Sorting of receptors in HER2-driven breast cancer

Growth factor receptors are major oncogenes and drives in breast cancer. In this project we aim to analyse human breast cancer samples for expression of protein that are required for the function and stability of known breast cancer growth-factor receptors. These data will provide important information about the mechanisms underlying cancer metastasis and may provide important biomarkers/drug targets in the future.

Endosomal machinery in breast cancer invasion

Aggressive cancer cells form metastasis in the body through increased cell migration and invasion. For cancer cells to move they need to make dynamic integrin-dependent adhesion with the surrounding tissue. In this project we aim to analyse human breast cancer samples for expression of protein that are required for increased cell migration. These data will provide important information about the mechanisms underlying cancer metastasis and may provide important biomarkers/drug targets in the future.

Molecular and clinical biomarkers in preoperative endometrial cancer samples>

Tutkimuksen tavoitteena on saada jo aiemmin kerätty, lähes 1200 potilaan, monikeskustutkimusaineisto molekylaarisesti luokiteltua, jotta näistä aiemmin tehtyjä tai jatkossa tehtäviä ennustetekijöitä saadaan mahdollisimman hyvin hyödynnettyä, kun pyritään parantamaan endometriuminsyöpäpotilaiden diagnostiikka ja kohdentamaan hoitoja niitä tarvitseville potilaille.

Importance of stromal-interaction protein 1 (STIM1) in thyroid cancer progression and as a putative therapeutic target

Kilpirauhassyöpä on yleisin endokriininen syöpä. Yleensä hoitovaste on erittäin hyvä, mutta jotkut syöpämuodot ovat hyvin aggressiivisia ja ennuste huono. Uudet hoitomuodot ovat siis tarpeen. Projektin tarkoitus on selvittää, voidaanko hiljentämällä stromal interaction proteiini 1 (STIM1) estää syöpäsolujen jakaantumista ja invaasiota. STIM1 proteiini on hyvin tärkeä tekijä solunsisäisen kalsiumin säätelyssä. Tutkimuksessa halutaan selvittää, onko STIM1:n ilmentyminen kohonnut kilpirauhassyöpänäytteissä ja korreloiko ilmentyminen etäispesäkkeiden muodostumisessa sekä potilaiden henkiinjäämiseen. Koska STIM1:n hiljentäminen selkeästi vähentää kilpirauhassyöpäsolujen aggressiivisuutta, STIM1 saattaa olla mahdollinen terapeuttinen kohde syöpähoidossa, varsinkin jos STIM1:n ilmentyminen on kohonnut kilpirauhassyöpäsoluissa.

T1-äänihuulisyövän ennuste ja uusiutumista ennustavat markkerit

Kurkunpääsyövässä ei ole tunnistettu sellaisia kliiniseen työhön soveltuvia kudosmarkkereita, joiden perusteella taudin ennustetta voitaisiin arvioida diagnoosihetkellä. Vaikka varhain todetun äänihuulisyövän ennuste on hyvä, osalla potilaista tauti uusii jo varhaisessa vaiheessa ja lähettää etäpesäkkeitä. Äänihuulisyövän hoidolla (sädehoito tai kirurgia) ei ole vaikutusta ennusteeseen. Tutkimuksemme tavoitteena on selvittää tekijöitä, jotka altistavat T1-äänihuulisyövän uusiutumiselle, jotta seuranta voidaan paremmin kohdentaa sitä tarvitseville.

HE4:n esiintyminen munanjohdinten premaligneissa muutoksissa BRCA-kantajilla

Munasarjasyöpä todetaan useimmiten vasta levinneessä vaiheessa. Taudin varhaista diagnostiikkaa pyritään parantamaan kasvainmerkkiaineiden kehityksen avulla. Yksi uusimmista merkkiaineista on HE4, joka näyttää lupaavalta munasarjasyövän varhaisvaiheiden toteamisessa. Nykykäsityksen mukaan suuri osa aggressiivisista munasarjasyövistä saakin alkunsa munanjohtimissa. Tässä tutkimuksessa pyritään selvittämään, onko HE4-proteiinin esiintyvyys lisääntynyt sellaisilla potilailla, joilta munanjohtimet on kohonneen syöpäriskin vuoksi poistettu. Näin pyritään löytämään munasarjasyöpiä varhaisessa vaiheessa, jolloin ne ovat vielä hoidettavissa, sekä ajoittamaan syöpäriskiä vähentävä leikkaus oikein.

Nanopartikkeleita ja proteiinien glykosylaatiota hyödyntävä määritysteknologia syöpien varhaiseen diagnostiikkaan

Hankkeen tarkoituksena on kehittää ja parantaa syövän varhaista diagnostiikkaa. Hanke perustuu partikkelipohjaisten merkkiaineiden ja uusien syöpäspesifisten sitojamolekyylien käyttöön. Projektin lopputuotteena on tavoitteena saada markkinoille uusi diagnostiikkakäyttöön soveltuva määritys, jonka avulla potilaskuolleisuutta voidaan merkittävästi pienentää.

Dekoriiniin perustuva geeniterapia - syöpien uusi liitännäishoito tulevaisuudessa

Tutkimusryhmä on aiemmin ihmisperäisiä syöpäkudosleikkeitä hyväksi käyttäen osoittanut, etteivät epiteliaalisissa syövissä kuten rinta-, rakko-, paksusuoli- ja eturauhassyövissä sekä vulvakarsinoomassa varsinaiset syöpäsolut ilmennä lainkaan tutkimuksen kohteena olevaa onkosupressiivista dekoriiniproteoglykaania. Lisäksi on osoitettu, että transdusoimalla adenoviruspohjainen dekoriinivektori (Ad-DCN) kyseisiä syöpiä edustaviin syöpäsoluihin in vitro olosuhteissa solujen maligni käyttäytyminen estyy merkittävästi. Hiljattain ilmestyneessä, kolmiulotteista kudosviljelymallia hyödyntävässä tutkimuksessa ryhmä on osoittanut, että Ad-DCN:n transdusointi ihmisen metaplastiseen rintasyöpäkudokseen muuntaa kyseisen kudoksen ilmiasua selvästi vähemmän pahanlaatuisen suuntaan. Tulosten perusteella tähän mennessä on ilmeistä, että dekoriiniin perustuva geeniterapia pystyy tarjoamaan uuden ja tehokkaan tukihoitomuodon ihmisen epiteliaalisten syöpien voittamiseksi tulevaisuudessa. Tässä tutkimuksessa keskitytään ihmisen mesenkymaalista alkuperää oleviin syöpiin ja kartoitetaan dekoriiniin pohjautuvia mahdollisia terapeuttisia hoitomuotoja valittujen pehmytkudossarkoomien kohdalla. Lisäksi selvitetään dekoriinin esiintymistä myös sarkoomien ja karsinoomien metastaaseissa.

Pään ja kaulan alueen syövän terapeuttiset markkerit

Pään ja kaulan alueen syöpä on Suomen kuudenneksi yleisin syöpä ja sen suurimpia riskitekijöitä ovat tupakka ja alkoholi sekä papilloomavirusinfektio. Luotettavia biomarkkereita, jotka ennustavat potilaan vastetta hoidolle, ei ole tunnistettu huolimatta hoitojen kehittymisestä. Aiemmat tutkimuksemme ovat keskittyneet pään ja kaulan alueen syövän geenitason muutosten ja lääkevasteeseen liittyvien geneettisten biomarkkereiden tunnistamiseen pään ja kaulan alueen syöpäsolulinjoista. Solulinjoissa havaitut muutokset halutaan nyt varmentaa alkuperäisistä syöpänäytteissä. Tutkimuksemme tavoitteena on erityisesti pään ja kaulan alueen syövän hoidon kehittäminen löytämällä uusia tähän tarkoitukseen sopivia kohdegeenejä ja näiden tulosten avulla arvioida tutkimuksen kohteena olevien syöpähoitojen tehoa ja herkkyyttä tämän alueen syöpäkasvaimissa.

Genetic influence on endometriosis subtypes and gene expression (Endometrioosin genetiikka)

Endometrioosi on sairaus, johon sairastumiseen vaikuttaa sekä perimä (50 %) että ympäristö (50 %). Endometrioosin patogeneesi tunnetaan huonosti, eikä endometrioosiin ole täsmälääkettä. Endometrioosipotilaiden DNA:sta on löydetty muutoksia, joita ei havaita terveissä naisissa ja näiden muutosten tutkiminen auttaa ymmärtämään endometrioosin patogeneesiä. DNA-muutosten luotettavaan tutkimiseen tarvitaan näytteitä tuhansista potilaista ja käytännössä tällaiset tutkimukset tehdään monen instituution yhteistyönä, että saavutetaan tarvittava näytemäärä. Tässä tutkimuksessa tutkitaan eri endometrioosityyppejä sairastavien potilaiden geneettisiä eroja ja niiden vaikutusta geenien ilmentymiseen yhteistyönä Prof. Grant Montgomeryn tutkimusryhmän kanssa.

Better understanding PCOS

PCOS (polycystic ovarian syndrome) is a female hormonal disorder. Affected patients often suffer from rare / irregular menstrual bleeding and infertility. Although PCOS is a relatively frequent gynecological disease, relatively little knowledge exists about its causes of origin. In addition to the limited treatment options so far available for PCOS, effective drugs and therapies are lacking. The aim of this research study is to support the preclinical development of new therapeutic and diagnostic approaches for PCOS. For this purpose, historical blood samples from patients with and without PCOS from the Auria archives are to be investigated with modern molecular analytical techniques.

Development of endometriosis-specific CA125 glycovariants

CA125 is a serum glycoprotein used as blood test for endometriosis diagnosis. However, it is also used for ovarian cancer diagnosis. It is well known that the CA125 from endometriosis have different sugar structure than OvCa. So, one could make a specific diagnostic kit if detect specific sugar on CA125. Lectins (sugar binding proteins) are easily available for this but have poor interaction with sugar structure. We have a tool, NANOLEC to increase the binding strength of lectins. Recently we developed OvCa specific CA125 kit, based on NANOLEC. Next, we plan to utilize urine and peritoneal fluid to develop endometriosis specific CA125 assay.

Estrogeenit ja niiden metaboliittien merkitys adenomyoosissa

Adenomyoosi on tautitila, jossa kohdun limakalvoa (endometrium) on ajautunut poikkeavasti kohtulihaksen sisään. Tyypillisiä oireita ovat kivuliaat kuukautiset, ylimääräiset tai runsaat vuodot ja alentunut hedelmällisyys. Riski sairastua adenomyoosiin kasvaa iän myötä, mutta koska kyseessä on estrogeeneistä johtuva sairaus oireet helpottavat tyypillisesti vaihdevuosien myötä. Tutkimuksen tarkoituksena on selvittää estrogeenien ja niiden metaboliittien pitoisuuksia ja niiden tuotantoon osallistuvia entsyymejä ja säätelyjärjestelmiä adenomyoosissa leikkauksen yhteydessä poistetuissa kudosnäytteissä. Sairauskertomuksista selvitetään tutkittavan adenomyoosiin liittyvä oireet, kuukautiskierron vaihe sekä mahdollinen hormonaalinen lääkitys sekä muut estrogeenipitoisuuksien kannalta mahdollisesti tärkeät seikat.

Silmänpohjan ikärappeuman hoitokäytännöt

Silmänpohjan ikärappeuma (AMD) on yleisin näkövammaisuuden aiheuttaja kehittyneissä maissa ja potilaista 10-20 % sairastaa taudin kosteaa muotoa (wAMD). Tutkimuksen tavoitteena on selvittää sairauden hoitokäytäntöjä sekä kustannuksia Suomessa. Tutkimus on havainnoiva retrospektiivinen rekisteritutkimus, jonka analysointiin käytetään soveltuvia tilastollisia menetelmiä. Aiempi tutkimustieto aiheesta on vähäistä ja tämä on ensimmäinen Suomessa toteutettava tutkimus aiheesta ja tutkimusta voidaan käyttää mm. terveyden huollon resurssien rationaalista käyttöä suunnitellessa.

Study to determine predictive potential of an algorithm for earlier diagnosis of Gaucher disease, utilizing linkage to Auria biobank samples in Finland (SPOT-GD -study)

Gaucherin tauti (GD) on lysosomaalinen varastointihäiriö, joka johtuu glykoserebrosidaasi entsyymin toimintahäiriöstä. Tämän seurauksena elimistöön alkaa kertyä glykosylseramidaasia erityisesti pernan, luuytimen ja maksan retikuloendoteelisoluihin. Diagnoosin viivästyminen on tällä hetkellä suuri haaste ja saattaa johtaa hoitamattomilla potilailla kohde-elinvaurioihin. Diagnosointia edistämään on perustettu kansainvälinen työryhmä The Gaucher Earlier Diagnosis Consensus (GED-C), joka on luonut kriteeristön kliinisistä parametreistä, joita diagnosoinnissa voidaan käyttää. Tutkimuksen tarkoituksena on kartoittaa luodun kriteeristön käyttökelpoisuus potilaiden pisteyttämiseen sekä tunnistaa randomoimattomasta potilasaineistosta mahdollisia diagnosoimattomia GD-potilaita.

Nivelreuman HILMO-diagnoosien validaatiotutkimus

Tutkimuksen tavoitteena on tutkia kuinka hyvin biopankkipotilaiden hoitoilmoitusrekisteriin (HILMO) kirjatut nivelreumadiagnoosit vastaavat potilastietojärjestelmistä löytyviä kliinisiä tietoja.

Prognostic impact of epithelial-mesenchymal -transition transcription factors in T-cell lymphomas.

Perifeeriset T-solulymfoomat ovat heterogeeninen ryhmä maligneja, lymfoproliferatiivisia tauteja ennusteen, aggressiivisuuden ja hoidon suhteen. Aiemmat tutkimustulokset antavat viitteitä siitä, että epiteelisyöpäsoluissa tapahtuu epiteeli-mesenkyymi -transitioilmiö (EMT). Tämän seurauksena ne kykenisivät leviämään kehossa sekä muodostamaan etäpesäkkeitä. Transkriptiofaktorit Slug, ZEB1 ja Twist osallistuvat verisolujen toiminnan ja erilaistumisen fysiologiseen säätelyyn ja niillä on tärkeä rooli epiteeli-mesenkyymi -transitiossa. Erään hypoteesin mukaan EMT-tapainen muutos tapahtuisi myös lymfoomissa. Tutkimuksen tarkoitus on immunohistokemiallisella määrityksellä varmentaa perifeerisissä T-solulymfoomissa esiintyvien epiteeli-mesenkyymi -transition transkriptiofaktoreiden (Twist, ZEB1 ja Slug) rooli ennusteellisina tekijöinä. Lisäksi tarkoituksena on jatkaa huonon ennusteen omaavien perifeeristen T-solulymfoomien kliinisten sekä histologisten piirteiden selvittämistä.

COPD study

Correlation of clinically collected measurements of COPD patient health with tissue biomarker expression to guide drug discovery decisions such as target identification, target validation, and clinical study design.

FIN-HF: Burden of Heart Failure in Finland – a Retrospective Non-Interventional Study

Tässä tutkimuksessa kartoitetaan Auria Biopankissa olemassa olevan datan avulla sydämen vajaatoiminnan esiintyvyyttä ja yleisyyttä Suomessa. Lisäksi tutkimuksessa selvitetään sydämen vajaatoimintaa sairastavien potilaiden ominaispiirteitä, kuten perustietoja, taustasairauksia, kliinisiä tapahtumia, hoitokäytäntöjä sekä terveydenhuollon resurssien hyödyntämistä, kuten sairaalahoitojaksoja.

Suuontelon syöpien ennusteelliset tekijät ja hoitokäytäntöjen tarkentaminen

Uusia suuontelon levyepiteelisyöpiä diagnosoidaan maailmassa noin 275 000 vuosittain ja tämä tauti aiheuttaa 1,7 % kaikista syöpäkuolemista. Tässä työssä on tarkoitus tutkia immunopuolustusta alentavien molekyylien esiintymisen ennustearvoa suuontelon kasvainten ennusteeseen. Lisäksi on tarkoitus selvittää biologisia eroja, joita on löydettävissä unkarilaisen ja suomalaisen suusyöpäkasvainaineistojen välillä.

Ovarian cancer-specific CA125 measurement using detection of glycovariants (CA125 munasarjasyövässä)

Seerumin CA125 on yleisesti käytetty merkkiaine sekä endometrioositaudin että munasarjasyövän diagnostiikassa ja seurannassa, mikä kertoo merkkiaineen epätarkkuudesta eri tautitilojen välillä. CA125-proteiinin pinnalla olevien sokerirakenteiden (glykosylaation) tiedetään eroavan ainakin munasarjasyövän ja terveiden solujen välillä. Tunnistamalla tiettyjä glykorakenteita niihin sitoutuvien lektiinien avulla (NANOLEC-konsepti) on onnistuttu parantamaan erotteludiagnostiikkaa endometrioositaudin ja munasarjasyövän välillä. Tutkimuksessa jatketaan endometrioositaudin ja syövän diagnostiikan kehittämistä NANOLEC-konseptin pohjalta

Tumor antigens under chemotherapy treatment II

Tumor cells can be different to normal healthy cells already at their surface. Certain proteins are present only on tumor cells. Antibodies can be engineered to only recognize such proteins and to carry a toxic payload with them which then preferentially kills tumor cells. Aim of this study is to analyze whether one of these proteins is present after routine treatment. This new knowledge will help to advance innovative treatment options. This is our second study in this field together with Auria.

TKTL1 as a prognostic marker in pancreatic cancer

Haimasyöpä on huonoennusteinen syöpä, joka usein löytyy vasta syövän jo levittyä ympäröiviin kudoksiin. Syöpäsolujen sokeriaineenvaihdunta poikkeaa normaaleista soluista. Tutkimuksessa tarkastellaan haimasyövän sokeriaineenvaihduntaan liittyviä merkkiaineita ja niiden vaikutusta potilaan ennusteeseen.

Munuaissyövän ennustetekijät

Projektin tarkoituksena on tutkia munuaissyöpäleikkauksen jälkeistä metastasointia ennustavia tekijöitä. Näiden avulla kehitetään leikkauksen jälkeistä metastasoinnin ennustavia malleja, joiden avulla voidaan ohjata potilaiden seurantaa yksilöllisen riskiluokituksen mukaan. Biomarkkereiden analysointia varten leikattujen munuaissyöpäpotilaiden näytteistä kootaan kudosnäytekokoelma (TMA).

Advanced breast cancer in Finland: a retrospective registry study of clinicopathological features, treatment patterns, survival and usage of healthcare resources

Tämän tutkimuksen tavoitteena on kerätä tietoa levinneestä rintasyövästä, sen hoidosta ja ennusteesta ja sen hoitoon liittyvästä terveydenhuollon resurssien käytöstä Suomessa. Noin joka yhdeksäs suomalainen nainen sairastuu elämänsä aikana rintasyöpään. Levinneellä rintasyövällä tarkoitetaan rintasyöpää, joka on levinnyt paikallisesti viereisiin kudoksiin tai lähettänyt etäpesäkkeitä. Noin 20-25 % rintasyövistä on levinneitä joko diagnoosihetkellä tai taudin myöhemmässä vaiheessa, ja noin 800 – 900 naista kuolee Suomessa vuosittain rintasyöpään. Tutkimuksesta saadun tiedon avulla voidaan kehittää levinneen rintasyövän hoitokäytäntöjä ja edesauttaa uusien rintasyöpälääkkeiden käyttöönottoa Suomessa.

Ei-pienisoluisen keuhkosyövän genomiprofilointi (NSCLC genomic profiling)

Ei-pienisoluinen keuhkosyöpä on geneettisesti monimuotoinen tauti, jonka hoidossa kemoterapian hyöty on rajallinen. Erityisesti ei-tupakoivien potilaiden kasvaimissa on kuitenkin usein ajurimutaatioita, joiden perusteella on mahdollista valita potilaalle soveltuvia kohdennettuja lääkehoitoja. Tutkimuksessa kartoitetaan suomalaisten keuhkosyöpänäytteiden geneettistä profiilia käyttäen laajaa genomiprofilointia (>300 geenin sekvensointi). Tutkimuksen tavoitteena on arvioida kohdennetuille lääkkeille ja immunoterapioille altistavien geneettisten piirteiden yleisyyttä suomalaisessa aineistossa sekä genomiprofiloinnin tuomaa mahdollista lisähyötyä nykyisin käytössä oleviin menetelmiin verrattuna.

DNA Damage Repair pathways II

Chemotherapy actives DNA damage repair (DDR) pathways. Their inhibition is therefore an interesting, additional therapeutic concept. Biomarkers can give important molecular information whether the mode of action of a potential new therapeutic has been achieved. Therefore, in this research project, biomarkers which are discussed in the literature as relevant for these pathways are measured for validation and can then also be measured in future clinical trials of these novel medications. This is our second study in this scientific field together with Auria, benefitting from available tissue micro arrays with clinical annotation.

Turku Prostate Cancer Consortium study

Tutkimuksen tavoitteena on selvittää kuinka eräät DNA:n perinnölliset muutokset vaikuttavat eturauhassyövän hoidossa käytettävien solusalpaajien hoitotehoon. Tämänhetkiseen hoidon valintaan vaikuttavat usein syövän ominaisuuksia enemmän potilaan ikä, yleinen kunto ja toisaalta se onko potilas oireeton vai oireinen. Nämä kuitenkin ennustavat huonosti potilaan ja hänen syöpänsä vastetta annettaviin hoitoihin. Parhaan hoitotuloksen saavuttamiseksi olisi edullisinta tietää millainen lääke sopii parhaiten kullekin potilaalle ja tässä perinnöllisten tekijöiden tunteminen voisi tuoda huomattavaa etua.

ApoE-geenin eri muotojen vaikutus aivojen synapsitiheyteen, tulehduksellisiin muutoksiin ja amyloidikertymään tiedonkäsittelytoiminnoiltaan normaaleilla ikääntyneillä vapaaehtoisilla

ApoE on keskushermoston kolesterolin kuljetusproteiini, jota koodaavasta geenistä on olemassa kolme eri muotoa. Eri ApoE-geenimuodon kantajilla on vaihteleva riski sairastua satunnaiseen Alzheimerin tautiin tulevaisuudessa. Tämän tutkimuksen tavoitteena on selvittää lääketieteellisen kuvantamisen avulla ApoE-geenin eri muotojen vaikutusta muistisairauksiin liitettyjen aivomuutosten ilmenemiseen perusterveillä ja tiedonkäsittelytoiminnoiltaan normaaleilla vapaaehtoisilla. Lisäksi selvitetään varhaisten kuvantamislöydösten kykyä ennustaa myöhemmin ilmeneviä muutoksia muistissa ja muissa korkeammissa tiedonkäsittelytoiminnoissa. Tutkimuksessa saadaan uutta tietoa muistihäiriöitä edeltävän vaiheen taustalla vaikuttavista mekanismeista, niiden yhteydestä toisiinsa sekä myöhempiin muutoksiin tiedonkäsittelytoiminnoissa. Tutkimuksen avulla pyritään kehittämään menetelmiä Alzheimerin taudin varhaisen vaiheen havaitsemiseksi sekä uusien lääkehoitojen tehon arvioimiseksi PET-kuvantamisen avulla.

Steroidibiosynteesientsyymien eristys istukkakudoksesta

Tutkimuksessa kerätään tuoretta istukkakudosta suunnitellulla keisarinleikkauksella synnyttämään tulevilta äideiltä. Istukkakudoksesta eristetään steroidibiosynteesiä katalysoivia entsyymejä, joita käytetään in vitro -menetelmissä, joilla seulotaan uusia lääkeaineita hormonaalisten syöpien, kuten eturauhas- rinta- ja kohtusyöpien hoitoon. Istukkakudos sisältää kaikki steroidibiosynteesin tunnetut entsyymit. Tutkimuksessa humaanimateriaalin käyttö on tärkeää, koska steroidibiosynteesin entsyymien lajierot on tunnistettu ja ei-humaani kudoksen käyttö voi vaikuttaa kehitettävien yhdisteiden spesifisyyteen.

Identifying biomarker positive cancer cases II

Tumor cells are different to normal healthy cells. Certain proteins are present only at tumor cells. Analytical tests need to be established allowing these 'biomarkers' to be detected reliably. Aim of this study is to analyze mid-size cohorts of selected indications for presence of a certain biomarker. Further material of particular cases will then be used as references to develop novel biomarker tests. These novel tests will eventually support clinical decision making. This is an extension of previous work to further indications.

Identifying biomarker positive cancer cases II

Tumor cells are different to normal healthy cells. Certain proteins are present only at tumor cells. Analytical tests need to be established allowing these 'biomarkers' to be detected reliably. Aim of this study is to analyze mid-size cohorts of selected indications for presence of a certain biomarker. Further material of particular cases will then be used as references to develop novel biomarker tests. These novel tests will eventually support clinical decision making. This is an extension of previous work to further indications.

Identifying biomarker positive cancer cases

Tumor cells are different to normal healthy cells. Certain proteins are present only at tumor cells. These can be biomarkers allowing molecular diagnosis of cancer subtypes. Analytical tests need to be established allowing biomarkers to be detected reliably. Aim of this study is to analyze mid-size cohorts of selected indications for presence of a certain biomarker. Further material of particular cases will then be used as references to develop novel biomarker tests. These novel tests will eventually support clinical decision making.

Biopankkimateriaalin pohjalta tehtävä analyysi pään ja kaulan alueen syöpien uusiutumista ennustavista sekä hoidon epäonnistumiseen vaikuttavista tekijöistä

Tutkimuksessa selvitetään biologisia tekijöitä, jotka ennustavat pään- ja kaulanalueen syöpien uusiutumista tai jotka vaikuttavat hoidon epäonnistumiseen.

Sex disparity in papillary thyroid cancer

Kilpirauhassyöpä on yleisin hormoniperäisistä syövistä ja sen yleisin muoto papillaarinen kilpirauhassyöpä käsittää 80-90 % kaikista kilpirauhassyövistä. Naiset sairastuvat kilpirauhassyöpään kolme kertaa yleisemmin kuin miehet. Syytä tähän ei tiedetä lukuisista tutkimuksista huolimatta. Tarkoituksena on tutkia koko genomin kattavan assosiaatiomenetelmän avulla voisiko naisilla olla jokin altistava tekijä X-kromosomissa ja miehillä vastaavasti jokin suojaava tekijä heidän Y-kromosomissaan.

Molecular classification of endometrial cancer

Kohdunrunkosyöpä on yleisin gynekologinen syöpä. Sen hoito pohjautuu leikkaukseen ja tarvittaessa liitännäishoitoihin. Syöpäkudoksen riskitekijät ja levinneisyys määräävät jatkohoidon tarpeen. Uusiutuneen kohtusyövän ennuste on huono. Pieni osa myös ns. matalan uusiutumisriskin taudeista uusiutuu ja täten kaikkia huonon ennusteen riskitekijöitä ei vielä tunneta. Kohdunrunkosyövän molekulaarinen luokittelu mahdollistaa uusien riskitekijöiden löytämisen ja toisaalta täsmähoitojen kehittämisen. Tässä tutkimuksessa etsitään molekulaarisia riskitekijöitä, jotka mahdollisesti ennustavat syövän aggressiivisempaa käyttäytymistä.

Kolmoisnegatiivisen rintasyövän personoitu lääkehoito: uudet mallit ja markkerit

Tutkimuksen tavoite on vahvistaa kasvainsolukon tuottaman TLR9-proteiinin osuutta kolmoisnegatiivisen rintasyövän ennustetekijänä. Pyrimme löytämään kasvainkudoksesta uusia merkkitekijöitä, joiden perusteella bisfosfonaatti-liitännäishoidon hyötyä voidaan ennustaa varhaisvaiheen rintasyövässä. Lisäksi erillisenä osahankkeena kehitämme uusia tutkimusmalleja rintasyövän lääkekehityksen tarpeisiin.

FinnGen

Auria Biopankki on mukana FinnGen-tutkimusprojektissa, joka tähtää sairauksien geneettisten mekanismien parempaan ymmärrykseen ja uusien potentiaalisten lääkeaihioiden tunnistamiseen. Hankkeen kokonaiskestoksi on arvioitu 10 vuotta, josta aktiivisen keräyskauden kesto on 6 vuotta. Tutkimuksessa tullaan analysoimaan jopa 500 000 suomalaisen biopankkinäytteen luovuttajan terveysrekisteri- ja genotyypitystietoa. Tutkimus rahoitetaan yhteistyössä Business Finlandin ja kansainvälisen lääketeollisuuden kanssa.
Lisätietoa Finngenistä löytyy finngen.fi-sivuilta.

Farmakogeneettisen paneelitutkimuksen implementaatio kliiniseen käyttöön Suomessa

Geneettisen vaihtelun merkitys lääkehoitojen tehoon ja turvallisuuteen on nykyään laajasti tunnettu. Osa lääkkeistä aiheuttaa merkittäviä haittavaikutuksia tiettyjen geenimuotojen kantajille ja toisaalta osa lääkkeistä on tehottomia tietyillä genotyypeillä. Tämä vaihtelu huomioimalla lääkehoitoa voidaan kohdentaa yksilöllisesti. Tutkimuksen tavoitteena on tutkia farmakogeneettisesti tärkeimpien geenien variaatioita suomalaisessa väestössä sekä niiden merkitystä lääkehoitoihin.

Kroonista tulehduksellista suolistosairautta sairastavien potilaiden sytokeratiinitutkimus

Sytokeratiinit ovat suolen pinnan epiteelisolujen tukiproteiineja, joiden koostumuksessa on havaittu muutoksia paksusuolitulehduksen yhteydessä. Tutkimuksen tavoitteena on saada lisätietoa tulehduksellisista suolistosairauksista tutkimalla sytokeratiinien rakennemuutoksia ja selvittää näiden muutosten yhteyttä taudinkulkuun.

Diabetes ja luusto – verinäytteen luuproteiini avaa uusia näkökulmia diabetesdiagnostiikkaan

Metabolinen oireyhtymä ja tyypin 2 diabetes lisääntyvät väestön ikääntyessä ja elintapojen muuttuessa. Diabeteksen hoitokäytäntöjä parantavilla työkaluilla voidaan saavuttaa merkittäviä kansanterveydellisiä ja – taloudellisia vaikutuksia ja ne tuovat helpotusta myös potilaan arkeen. Luusta verenkiertoon erittyvän tekijän on havaittu säätelevän verensokeria kontrolloivan haiman toimintaa. Projektin tavoitteena on testata uutta menetelmää tämän tekijän mittaamiseen verinäytteestä ja selvittää mittausmenetelmän mahdollisuudet diabeteksen ennakoinnissa, seurannassa ja hoitovasteen tarkkailussa.

Multippeli myelooma

Multippeli myelooma on toiseksi yleisin pahanlaatuinen veritauti, jonka osuus kaikista hematologista syövistä on 10-15%. Tauti aiheutuu monoklonaalisen plasmasolukloonin patologisesta lisääntymisestä luuytimessä, johtaen tautispesifin immunoglobuliinifragmentin erittymiseen virtsaan ja/tai vereen, ja edelleen taudille tunnusomaisiin luusto- ja munuaisoireisiin muiden systeemisten oireiden lisäksi. Vaikka myeloomaa pidetään edelleen parantumattomana sairautena, on kantasolusiirtojen ja uusien lääkkeiden käyttöönoton avulla voitu merkittävästi parantaa potilailla esiintyvien oireiden hoitoa sekä elinajanodotetta.

Tutkimuksessa tullaan kartoittamaan Lounais-Suomessa diagnosoitujen, myeloomaa sairastavien potilaiden taudin tila, oireet ja muut erityispiirteet, käytetyt hoidot, hoitovasteet sekä sairauden aiheuttama terveydenhoidollinen resurssikäyttö.

Uudet biomarkkerit lymfoomassa

Tutkimuksen tavoitteena on tutkia syövän immuunipuolustukseen vaikuttavia molekyylejä veressä ja kudostasolla lymfoomaa sairastavilla potilailla. Tutkimuksessa selvitetään veren monosyyttien CLEVER-1 molekyylin määrää ja CLEVER-1 molekyyliä ilmentävien makrofagisolujen määrää kudostasolla ja arvioidaan vaikuttaako CLEVER-1 molekyyli syövän leviämiseen, annettujen hoitojen tehoon tai taudin ennusteeseen.

Treatment pathways and health care resource use in patients diagnosed with Acute Myeloid Leukemia in the Hospital District of Southwest Finland

Acute myeloid leukemia (AML) is the most common form of acute leukemia occurring in adults. AML affects all age groups but it is primarily a disease of later adulthood with a median age at onset of about 70 years in Europe. AML is characterized by overproliferation of undifferentiated myeloid cells in the bone marrow. Patients can be characterized based on cytogenetic findings, including translocation between chromosomes 15 and 17, translocations between chromosomes 8 and 21 and inversion in chromosome 16, or other genetic mutations such as those of the Fms-like tyrosine kinase 3 (FLT3) gene. The cytogenetic profile and presence of mutations are important predictors of prognosis, and aid decisions on treatment. The purpose of this biobank and register study is to describe epidemiology, patient’s characteristics, treatment patterns, health outcome, and health resource usage related to AML management in Southwest Finland.

A biobank and health register analysis of burden of disease in severe asthma and COPD patients

Tutkimus tuo uutta tietoa vuosien 2004-2015 aikana sairaalassa hoidetun astmaa tai keuhkoahtaumatautia sairastavan potilaan tilasta, käytetyistä hoidoista, sairauden aiheuttamista kustannuksista ja kuolleisuudesta. Tutkimus selvittää mm vaikeaa astmaa/keuhkoahtaumatautia sairastavien potilaiden määrän, oheissairastavuudet, pahenemisvaiheet sekä arvioi sairauteen liittyvät terveyskustannukset.

Biomarkers related to radiotherapy treatment outcome in head and neck cancer

Among the treatment options for head and neck cancer is radiotherapy, being, however, not of equal benefit to all patients. We will investigate if the treatment response is correlated to the expression of certain protein biomarkers in samples of head and neck tumors. This is greatly facilitated by the well annotated samples of Auria biobank including information on radiotherapy, further therapies, co-morbidities, and outcome such as progression or survival. These data will support efforts to identify characteristics of cases with unmet medical need and to design treatment options and trials for these patients.

Tumor antigens under chemotherapy treatment

Tumor cells can be different to normal healthy cells already at their surface. Certain proteins are present only on tumor cells or to a much higher extent than on surrounding normal healthy cells. Antibodies can be engineered to only recognize such proteins and to carry a toxic payload with them which then preferentially kills tumor cells. Aim of this study is to analyze whether the presence of one of these proteins remains constant during tumor development or whether this is affected by current treatments such as chemotherapy. This new knowledge will help to advance innovative treatment options.

Rintasyöpäseulonnan elämänaikaiset hyödyt ja haitat

Tutkimuksen tavoitteena on selvittää rintasyöpäseulonnan hyötyjä, haittoja ja kustannusvaikuttavuutta. Seulonnan ensisijainen hyöty on rintasyöpäkuolleisuuden vähentäminen. Haittoja ovat muun muassa vaarat positiiviset ja negatiiviset seulontatulokset, ylidiagnostiikka sekä psykososiaaliset vaikutukset. Kustannusvaikuttavuuslaskelmia varten halutaan selvittää myös seulontaohjelman ulkopuolisten mammografioiden laajuus. Pyrkimyksenä on tuottaa tietoa siitä, kuinka seulontoja tulisi toteuttaa mahdollisimman tehokkaasti. Aineistoon kerätään tietoja seulonnoista ja niiden ulkopuolisista rintaan kohdistuvista radiologisista tutkimuksista sekä rintasyöpätapauksista ja rintasyövän hoidoista vuosilta 1953-2015.

Sinonasaalialueen invertti papillooma ja karsinooma

lnvertti papillooma on nenän limakalvon kasvain, joka hyvänlaatuisuudesta huolimatta voi olla paikallisesti aggressiivisesti kasvava tauti, jolla on taipumus uusiutua ja potentiaali muuttua pahanlaatuiseksi. Taudin syntymekanismien taustalla olevat tekijät ovat yhä epäselviä ja toistaiseksi ei ole mitään ennusteellista tekijää, joka ennustaisi taudin käyttäytymistä. Tutkimuksessa tullaan selvittämään uusia, jatkossa toivottavasti kliiniseen rutiinikäyttöön soveltuvia tekijöitä, jotka voisivat ennustaa taudin käyttäytymistä. Nämä olisivat tarpeen potilaan yksilöllisten hoitovaihtoehtojen valinnassa ja seurannan järjestämisessä.

Rintasyövän uudet biomarkkerit

Projektissa tutkitaan aiemmin soluviljelmissä karakterisoituja potentiaalisia uusia rintasyövän hoitovasteen biomarkkereita potilasnäytteistä. Merkkiaineet voivat auttaa potilaiden hoidonvalinnassa.

PTTG1 rintasyövässä

Tutkimuksen tarkoituksena on tunnistaa uusia rintasyövän kudosmerkkiaineita diagnostiseen ja ennusteelliseen käyttöön.

Longitudinal epidemiological study of malignant mesothelioma with and without overexpression of mesothelin

Tumour cells can be different to normal healthy cells already at their surface. Certain proteins are present only on tumour cells or to a much higher extent than on surrounding normal healthy cells. Antibodies can be engineered to only recognize such proteins and to carry a toxic payload with them, which then preferentially kills tumour cells. Major aim of this study is to further analyse the presence of one of these proteins on matched tissue and blood samples of cancer patients and correlate this with clinical annotation and further molecular characteristics of these samples such as histology.

Studying pediatric tumor cohorts

Children can be afflicted by tumors as well as adults. ‘Typical’ childhood malignancies include deviations from normal hematological development, and glioblastomas, among others. The European Union Paediatric Regulation improves the health of children by facilitating the development and availability of medicines for children from birth to less than 18 years. A paediatric investigation plan is developed to support use of novel medicines in children, using among others molecular information about the prevalence of the target of the therapy in these indications. Analyzing Auria’s historic tumor specimens from routine care of pediatric patients can be very helpful for these activities.

Liver metastasis of bladder cancer

Metastases and tumour cells can be different on the molecular level within the same patient. Under-standing these differences is important to understand the metastasis process and potentially developing new therapeutics. Aim of this study is to analyse whether the presence of members of one gene family (to which novel therapeutics are currently under development) remains constant between tumour and its metastases. This new knowledge will help to advance innovative treatment options.

Biomarkers for DNA repair

Chemotherapy as standard of care has been shown to active DNA damage repair (DDR) pathways. Inhibition of these pathways is therefore an interesting, additional concept. Biomarkers can give important molecular information whether the mode of action of a potential new therapeutic has been achieved. Therefore, in this research project, biomarkers which are discussed in the literature as relevant for these pathways are measured for validation. These validated biomarkers can then also be measured in future clinical trials of these novel medications.

Neurofibromatoosi tyyppi 1 (NF1) ja rintasyöpä Suomessa

Neurofibromatoosi tyyppi 1 (NF1) potilailla esiintyy enemmän rintasyöpää kuin Suomen väestöllä yleensä. Rintasyövän ennuste näillä potilailla on lisäksi huonompi. Tutkimuksessa selvitetään miten NF1-potilaiden rintasyövät eroavat sellaisten potilaiden rintasyövistä joilla ei ole NF1-oireyhtymää.

Vasopressiinihormonit kroonisessa munuaissairaudessa (CKD) ja sydämen vajaatoiminnassa

Vasopressiinihormonit ovat peptidejä, jotka ovat peräisin yhteisestä esimuodosta ja joita vapautuu hypotalamuksesta. Pyrimme tunnistamaan niiden pitkäaikaisia, taudin vaiheeseen korreloivia viitearvoja suuressa joukossa kroonista munuaistautia tai sydämen vajaatoimintaa sairastavia potilaita. Aiomme arvioida esimerkiksi vuorokausirytmin, oheissairauksien ja hoitojen vaikutukset hormonitasoihin. Mikäli pystymme määrittelemään viitearvot voisi se auttaa tunnistamaan potilaita, joilla tauti on pahenemisvaiheessa tai ennustamaan hoidon tuloksia.

Kliinisten tutkimusten toteutettavuus

Biopankin näytteillä toteutettavan molekyylitason tutkimuksen voisi ja pitäisi johtaa kliinisiin tutkimuksiin. Jotta kliinisiä tutkimuksia voitaisiin järjestää tehokkaasti, on oleellista tietää, montako potilasta voitaisiin rekrytoida kussakin tutkimuskeskuksessa ja miten tutkimuksen sisäänotto- ja poissulkukriteerit vaikuttavat potilasmäärään. Tässä tutkimuksessa simuloidaan sarja kliinisiä tutkimuksia käyttäen Auria Biopankin näyte- ja tietorekisteriä. Tuloksia voidaan hyödyntää kliinisten tutkimussuunnitelmien optimoimiseksi.

Kroonisten lymfaattisten leukemioiden erityispiirteet Varsinais-Suomen sairaanhoitopiirissä vuosina 2004-2013

Krooninen lymfosyyttinen leukemia (KLL) on yleisin hematologinen syöpä länsimaissa. Se löytyy tyypillisesti sattumalöydöksenä muiden tutkimusten yhteydessä ja oireetonta muotoa ei tarvitse hoitaa. Oireinen tauti sen sijaan vaatii hoitoa ja yleisimmät käytetyt hoitomuodot ovat kemoimmunoterapia sekä taudin vaikeimmissa muodoissa uudet syöpäspesifiset lääkemuodot. KLL:n hoito on kehittynyt huimasti viimeisen kymmenen vuoden aikana ja sen vuoksi ennuste on parantunut taudin kaikissa muodoissa. Koska hoidot edelleen kehittyvät, tällä tutkimuksella halutaan muodostaa kuva tämän hetkisestä tilanteesta, mm. potilaspopulaatiosta ja nykyisin käytetyistä hoidosta ja niiden tuloksista. Tämän avulla on mahdollista arvioida, millaisia hoitoja tulevaisuudessa tarvitaan ja kuinka paljon resursseja se vie terveydenhuollolta.

Eosinofiilinen astma

Astma on heterogeeninen sairaus, jota luonnehtii usein krooninen hengitysteiden tulehdus. Vaikeaa astmaa sairastavien hoitoon on tullut uusia hoitovaihtoehtoja, mutta lisää tietoa tarvitaan biologisista markkereista, joita voitaisiin käyttää potilaiden diagnosoinnissa ja seurannassa sekä eri fenotyyppien ja endotyyppien ennusteen arvioinnissa. Tutkimuksen tavoitteena on tutkia eosinofiliatasojen merkitystä vaikeassa astmassa kartoittamalla näiden potilaiden ominaisuuksia ja terveydenhuollon resurssien käyttöä. Tutkimus on ei-interventionaalinen retrospektiivinen tietokantatutkimus.

Ei-pienisoluisen keuhkosyövän kliiniset biomarkkerit

Uusien, kohdennettujen syöpälääkkeiden tullessa käyttöön on entistä tärkeämpää, että potilaista pystytään osoittamaan ne, jotka hoidosta varmimmin hyötyvät. Tämän tutkimuksen tarkoituksena on tarkastella keuhkosyöpäpotilaiden taudin kulkua ja etsiä siitä erityispiirteitä, ns. kliinisiä biomarkkereita. Näistä biomarkkereista on apua potilaiden lääkehoidon suunnittelussa.

Solun tukirangan proteiinit ja signalointireitit malignin gliooman leviämisessä

Glioblastooma on tavallisin pahanlaatuinen aivokasvain. Siihen sairastuu vuosittain noin 200 henkilöä Suomessa. Glioblastooman soluja tavataan usein etäällä varsinaisesta kasvaimesta. Kasvaimen ulkopuolella olevat kasvainsolut ovat ongelmallisia hoidon kannalta, sillä ne aiheuttavat taudin uusiutumisen hoitojen jälkeen. Tutkimusryhmämme selvittää prosesseja, joiden avulla glioblastoomasolut tunkeutuvat ympäröivään kudokseen. Kartoitamme soluliikettä edesauttavia solun tukirankaan liittyviä proteiineja, ja etsimme keinoja estää niiden toiminta. Pitkällä aikavälillä pyrimme löytämään kohteita kohdistetulle lääkehoidolle.

Immuno-onkologia kiinteissä kasvaimissa

Pahanlaatuisesta ihosyövästä ja ei-pienisoluisesta keuhkosyövästä peräisin olevia näytteitä analysoidaan niissä olevien mutaatioiden, geenien ilmentymisen ja kudosmarkkereiden suhteen keskittyen immuuni-onkologiaan. Lisäksi plasmanäytteistä selvitetään kiertävää tuumori DNA/RNA:ta ja verrataan sitä normaaliin verisolujen DNA:han. Analyysin tuloksia korreloidaan kliiniseen dataan. Päämääränä on edistää immuuni-onkologista hoitoa esimerkiksi tunnistamalla uusia lääkekohteita tai ennusteellisia biomarkkereita.

Rintasyövän biologisten alatyyppien ilmaantuvuus ja lääkehoito

Tutkimuksen tarkoituksena on selvittää rintasyövän biologisten alatyyppien ilmaantuvuutta ja taudin levinneisyyttä toteamishetkellä. HER2- positiivisten rintasyöpätapausten osalta tarkastellaan myös lääkehoitoa. Uudet HER2-vasta-ainelääkkeet ovat parantaneet levinnyttä HER2-positiivista rintasyöpää sairastavien potilaiden ennustetta merkittävästi. Siitä huolimatta näihin rintasyövän alatyyppeihin liittyy aggressiivisuudesta johtuen suuria haasteita. Tutkimuksessa selvitetään täsmälääkkeiden käyttöönottoa ja niiden vaikutusta levinneiden tautitapausten ilmaantuvuuteen suomalaisen hoitokäytännön piirissä.

Varhaisdiagnostiikan kasvainmerkkiaineet

Kasvainmerkkiaineiden avulla voidaan mitata hoidon tehoa ja joissakin tapauksissa seurata taudin mahdollista uusiutumista. Suurin osa kasvainmerkkiaineista sisältää sokerirakenteita, jotka muuttuvat syövän edetessä ja näitä voidaan havaita jo taudin varhaisessa vaiheessa. Tutkimuksen tarkoituksena on parantaa nykyisten käytössä olevien kasvainmerkkiaineiden spesifisyyttä ja parantaa syöpien varhaisdiagnostiikkaa. Olemme kehittäneet syövälle tyypillisiä sokerirakenteita tunnistavia määrityksiä. Uudet herkät määritykset toisivat apua myös potilaiden hoitovasteen arviointiin ja taudin uusiutumisen havaitsemiseen todennäköisesti nykyistä aikaisemmin.

Tutkimus Keuhkosyövän kudostyyppispesifisestä immuuniympäristöstä

Työn tarkoitus on tutkia keuhkosyövän kudostyyppispesifistä immuuniympäristöä. Tätä varten immunovärjäämme levyepiteeli-, adenoskvamoosi-, ja papillaarista adenokarsinoomaa selvittääksemme kasvaimen kehitykseen positiivisesti vaikuttavien neutrofiilien ja negatiivisesti vaikuttavien T-solujen läsnäolon. Tämä työ saattaa johtaa uusien kasvaimen kudostyyppispesifisten terapioiden kehitykseen.

Metastaattinen tai paikallisesti levinnyt maksasolusyöpä

Maksasolusyövän ilmaantuvuus, taudin etiologia, hoitokäytännöt, hoitoihin käytettävät terveydenhuollon resurssit sekä hoidosta aiheutuvat kustannukset sekä taudin ennuste selvitetään 13 vuoden ajanjaksolla Varsinais-Suomen sairaanhoitopiirin alueelta. Tietoa voidaan hyödyntää kehitettäessä uusia hoitomuotoja.

Selvitys ruoansulatuskanavan ja keuhkojen neuroendokriinisten kasvainten hoitokäytännöistä, hoitojen vaikuttavuudesta ja terveydenhuollon resurssien käytöstä VSSHP:n alueella

Neuroendokriiniset kasvaimet ovat heterogeeninen ryhmä kasvaimia, jotka ovat lähtöisin kehon hormonia erittävistä soluista. Kaikista neuroendokriinisistä kasvaimista yli puolet kehittyy ruoansulatuskanavan alueelle ja noin neljäsosa keuhkoihin. Neuroendokriiniset kasvaimet ovat harvinaisia, mutta niiden ilmaantuvuus on lisääntynyt merkittävästi viimeisten vuosikymmenten aikana.

Tutkimuksen tarkoituksena on selvittää ohutsuolen ja keuhkon neuroendokriinisistä kasvaimista kärsivien potilaiden hoitokäytäntöjä, käytettyjä lääkehoitoja ja hoidon vaikuttavuutta. Lisäksi on tarkoitus arvioida liitännäissairauksien ilmaantuvuutta ja terveydenhuollon resurssien käyttöä.

Her2 expression in metastatic breast cancer

Breast cancer is the most common cancer in females. Besides anti-hormonal treatment, antibodies directed against the growth hormone receptor Her2 are a valid treatment for many cases. Not much is known about mechanisms of resistance to HER2 targeted therapies. Knowledge about these mechanisms will allow developing new therapies for breast cancer patients relapsing on standard therapy. Investigating this question is made possible by Auria’s surgical archive of well annotated tumor samples.

Understanding the biology of esophageal cancer

The objective of this study is to better understand Esophageal Cancer (EC). Esophageal Cancer has a high unmet need with an increasing incidence of 400,000 deaths per year worldwide. This study aims to understand the basic biology and mechanism involved in this disease indication with a retrospective analysis of archival tissue samples collected by Auria Biobank. Specifically to study the genes expressed by RNA sequencing and assess identification of key proteins by immunohistochemistry.

Selvitys rakkosyövän epidemiologiasta sekä paikallisesti edenneen ja/tai metastasoituneen rakkosyövän hoitokäytännöistä ja hoitotuloksista VSSHP:ssä v 2004-2013

Projektissa selvitetään rakkosyövän epidemiologiaa Auria biopankin aineistossa tutkimalla diagnoosihetkellä paikallisen taudin, paikallisesti edenneen taudin ja metastasoituneen taudin osuuksia. Lisäksi selvitetään, kuinka suuressa osassa ei-lihakseen levinneistä tautitapauksista tauti etenee lihakseen ja /tai metastasoituu. Lisäksi selvitetään paikallisesti edenneen ja/tai metastasoituneen rakkosyövän nykyhoitokäytäntöjä sekä hoidon tuloksia potilaiden elossa oloaikana mitattuna. Elossa olotuloksia ei toistaiseksi ole raportoitu Suomessa. Projektissa selvitetään myös rakkosyöpää sairastavien potilaiden terveydenhuollon resurssien käyttöä sairaalahoitopäivinä erikoissairaanhoidossa

Estretrolin (E4) vaikutukset rinta- ja rintasyöpäkudoksessa ex vivo solumalleissa

Estetrolilla (E4, luonnollinen estrogeeni) on havaittu olevan vaihdevuosioireita vähentäviä vaikutuksia, joten sen avulla voitaisiin mahdollisesti kehittää vaihdevuosien ja/tai rintasyövän hormonaalista hoitoa. Tutkimuksessa selvitetään estetrolin vaikutuksia normaaliin rintakudokseen ja rintasyöpäkudokseen ex vivo solumallissa.

ERBB4-mutaatioiden esiintyvyys ja merkitys ei-pienisoluisessa keuhkosyövässä

Keuhkosyöpä on maailman yleisin syöpätauti ja niitä diagnosoidaan Suomessakin vuosittain tuhansia. Tutkimuksen tavoitteena on selvittää ERBB4-geenin mutaatioiden esiintyvyyttä ei-pienisoluisessa keuhkosyövässä ja tutkia onko löydetyillä mutaatioilla yhteys syövän ennusteeseen. Tutkimuksessa saatua tietoa voidaan hyödyntää keuhkosyövän lääkehoitojen kehityksessä.

Syöpäsydän

Aiemmissa tutkimuksissa on havaittu, että syöpähoitoja saaneet henkilöt ovat sisaruksiaan alttiimpia erilaisille myöhemmille sydäntapahtumille. Tutkimuksen tavoitteena on kartoittaa sydäntapahtumille mahdollisesti altistavia geenejä ja niiden mutaatioita. Tietoa voitaisiin käyttää hyödyksi suunnitellessa syöpähoitoja riskimutaation omaaville henkilöille esimerkiksi korvaamalla ainakin osa hoitomenetelmistä vähemmän sydäntä rasittaviin.

Biomarkkerit keuhkon karsinoidituumoreissa

Keuhkon karsinoidituumorit on harvinainen keuhkosyövän alatyyppi, joita diagnosoidaan Suomessa vuosittain muutamia kymmeniä. Taudin diagnostiikka perustuu kuvantamiseen ja kudoksen morfologiaan. Tutkimuksen tavoitteena on tunnistaa tekijöitä, joilla voitaisiin parantaa taudin diagnostiikkaa ja/tai ennusteen arviointia sekä kohdentaa taudin hoito ja seuranta paremmin. Retrospektiivinen aineisto kattaa Suomessa vuosikymmenien ajan kerättyjä keuhkokarsinoidituumorinäytteitä.

Clever-1 esiintyminen eri syöpätyypeissä

Tulehdussolujen määrä sekä yksittäisten tulehdussolujen ominaisuudet näyttäisivät olevan merkityksellisiä syövän käyttäytymiselle. Clever-1 on proteiini, jota mm. immunosuppressiiviset makrofaagit ilmentävät. Clever-1 itsessään näyttäisi myös olevan immunosuppressiivinen molekyyli ja siten mahdollisesti sopiva syöpähoidon kohde. Tutkimuksen tarkoituksena on selvittää Clever-1 molekyylin esiintymistä eri syöpätyypeissä päämääränä sopivan syöpätyypin valinta kliinisiin kokeisiin.

Formiinit kolmoisnegatiivisessa rintasyövässä

Rintasyöpä on Suomessa naisten tavallisin pahanlaatuinen kasvain. Taudinmäärityksen yhteydessä rintasyöpänäytteestä selvitetään rintasyövän tarkempi tyyppi, jonka perusteella voidaan arvioida taudin ennustetta ja suunnitella tehokas hoito. Suurin osa rintasyövän sairastaneista paranee pysyvästi leikkauksen ja mahdollisten liitännäishoitojen ansiosta. Hoidon kannalta haasteellinen alatyyppi on rintasyöpä, jossa ei ilmenny hormonihoidon ja täsmähoidon kohdemolekyylejä (kolmoisnegatiivinen rintasyöpä). Projektissa tutkitaan ilmentävätkö kolmoisnegatiiviset rintasyövät solun tukirankaa muokkaavia formiiniproteiineja. Tulosten perusteella selvitetään myös formiinien ilmentymisen vaikutus taudin ennusteeseen. Solukokeissa on osoitettu, että formiinien toimintaa voidaan lääkkeellisesti estää. Formiinit saattavat tulevaisuudessa toimia lääkehoidon kohteena.

Tiopuriinin aiheuttamien vakavien haittavaikutusten geneettisten alttiustekijöiden tunnistaminen

Crohnin tauti ja haavainen paksusuolentulehdus ovat tulehduksellisia suolistosairauksia. Syytä taudin syntyyn ei täysin tiedetä. Tiopuriinit ovat lääkkeitä, jotka hillitsevät elimistön oman immuunijärjestelmän toimintaa ja niiden käyttö on yleistä useissa autoimmuunitaudeissa. Osalle käyttäjistä tiopuriinit kuitenkin aiheuttavat vakavia haittavaikutuksia. Tutkimuksen tarkoituksena on tunnistaa geneettisiä alttiustekijöitä, jotka saattavat olla tiopuriinin aiheuttamien vakavien haittavaikutusten takana.

Uuden lääkekohteen tunnistaminen / Study to identify protective factors in diabetic nephropathy

Tutkimuksen tavoitteena on tunnistaa uusi lääkekohde perustuen geneettiseen analyysiin ja sairaskertomustietoihin. This study was designed to search and identify potential protective genetic markers for the progression of DN. With a pre-specified, stepwise process altogether 10+ subjects were identified, who demonstrated in clinical follow-up potential resistance of disease progression in comparison to expected and average progression of the DN. The genetic material were further subjected to genome sequencing, which did not result in genetic alteration associated with resistance to disease progression. This study was conducted during 2016-17 after obtaining appropriate permissions for the study. Registry search was performed from Auria Biobank’s (Hospital District of Southwest Finland, Turku, Finland) sample and data register.

Rintasyövän hoitotulokset VSSHP:n alueella

Rintasyöpä on naisten yleisin syöpä. Yli 90% potilaista on elossa 5 vuotta taudin diagnosoinnista, eli hoitotulokset ovat yleisesti ottaen hyvät. Metastaattisen taudin ennuste on kuitenkin selvästi huonompi. Nykyisten hoitojen vaikuttavuus on todettu useissa tarkoin kontrolloiduissa kliinisissä tutkimuksissa. Hoitojen toteutumiseen käytännössä vaikuttaa myös kliinikon hoitovalinnat, terveydenhoitojärjestelmän rakenne, potilaan hoitoon pääsy, sekä potilaiden demografiset tekijät. Tutkimuksen tarkoituksena on selvittää rintasyövän hoitotuloksia VSSHP:n alueella potilaiden elossaoloaikana mitattuna.

Metastaattisen rintasyövän hoitokäytännöt: retrospektiivinen analyysi

Rintasyöpä on naisten yleisin syöpä. Vuosittain diagnosoidaan yli 4700 uutta rintasyöpätapausta ja tapausten määrän uskotaan lisääntyvän tulevaisuudessa. Varhaisessa vaiheessa todettu rintasyöpä voidaan useissa tapauksissa parantaa leikkaushoidolla, mutta metastaattiseen vaiheeseen edennyttä rintasyöpää ei voida parantaa ja vuosittain Suomessa rintasyöpään kuolee noin 800 naista. Tutkimuksen tarkoituksena on parantaa tietämystä metastaattista rintasyöpää sairastavien naisten todellisista hoitokäytännöistä, terveydenhuollon resurssien käytöstä ja potilaan lähtötilanteen tiedoista.

Ei-pienisoluisen keuhkosyövän (NSCLC) ennusteelliset biomarkkerit

Viimeaikoihin asti tärkein NSCLC-potilaiden hoitoon ja ennusteeseen vaikuttava tekijä on ollut TNM luokittelujärjestelmä. Nyt uusia ennusteellisia tekijöitä on kuitenkin tunnistettu, erityisesti adenokarsinoomaan. Uusia ennusteellisia biomarkkereita tarvitaan mm. sopivien hoitovaihtoehtojen valintaan ja uusien kohdennettujen hoitojen kehittämiseen. Tutkimuksen päämääränä on tunnistaa ja validoida potentiaalisia NSCLC ennusteellisia biomarkkereita.

Pahanlaatuiset kasvaimet (muut kuin levyepiteelisyövät) valkojäkäläpotilaiden vulvan alueella

Valkojäkälä on lähinnä sukuelinten alueella esiintyvä pitkäaikainen ihottuma. Toisin kuin useimpiin muihin ihottumiin, siihen liittyy 2-5 %:n pahanlaatuistumisen riski. Yleisin pahanlaatuinen muutos valkojäkäläpotilaiden ihottuman alueella on levyepiteelisyöpä. Muista syövistä on aikaisemmin julkaistu vain yksittäisiä tapauksia. Tutkimuksen tarkoitus on selvittää muiden kuin levyepiteelisyövän esiintyvyys naispuolisten valkojäkäläpotilaiden ulkosynnytinten alueella.

Molekulaariset erityispiirteet poikkeuksellisen hyvän ja huonon ennusteen levinneessä suolistosyövässä

Suolistosyövän ennuste riippuu monesta tekijästä, kuten taudin levinneisyydestä taudin toteamishetkellä. Levinnyttä suolistosyöpää sairastavien potilaiden taudinkuva on vaihteleva. Osalla potilaista taudin biologinen käyttäytyminen on hyvin aggressiivinen ja elossaoloaika lyhyt annetuista hoidoista riippumatta. Osalla potilaista tauti käyttäytyy rauhallisesti ja voi pysyä stabiilina pitkään kevyillä hoidoilla tai jopa ilman syövän systeemihoitoa. Tutkimuksessa pyritään löytämään potilaiden syöpäkasvainnäytteistä näille potilasryhmille ominaisia geenimuutoksia, joiden avulla nämä potilaat voitaisiin tunnistaa. Kyseisten tietojen hyödyntäminen hoitoja suunniteltaessa mahdollistaisi nykyistä paremman yksilöllisen hoidon.

Säde- ja EGFR-hoitovasteen ennusteelliset geneettiset markkerit pään ja kaulan alueen syövässä

Pään ja kaulan alueen syöpää hoidetaan leikkauksella, sädehoidolla ja/tai lääkehoidolla. Säde- ja lääkehoito eivät kuitenkaan ole yhtä tehokkaita kaikille potilaille. Tämän tutkimuksen tarkoituksena on selvittää, ennustavatko jotkin pään ja kaulan alueen kasvaimissa esiintyvät mutaatiot hoitovastetta säde- tai lääkehoidolle. Tutkimuksen tavoitteena on pystyä tulevaisuudessa ohjaamaan potilaat saamaan parasta hoitoa omaan sairauteensa.

Selvitys melanooman epidemiologisesta esiintyvyydestä, hoidon vaikuttavuudesta ja terveydenhuollon resurssien käytöstä VSSHP:n alueella

Metastaattinen melanooma on nopeasti etenevä ja huonoennusteinen tauti, jonka kokonaiselossaoloaikaa on vasta viime vuosina onnistuttu lääkkeellisesti parantamaan erityisesti uusien lääkehoitojen avulla. BRAF-estäjät ja uudet immunologiset hoidot hakevat paikkaansa melanooma potilaiden hoitolinjauksissa ja eri biokemiallisten markkereiden merkitys lääkehoidon valinnan kannalta on epäselvää, kuinka näitä voidaan käyttää hyväksi lääkehoitoa valittaessa. Tutkimuksesta saadaan tietoa melanoomapotilaiden eri lääkehoitojen käytöstä ja hoidon vaikuttavuudesta sekä liitännäissairauksien ilmaantuvuudesta ja terveydenhuollon resurssien käytöstä.

Muiden kuin epiteliaalisten munasarjasyöpien uudet molekulaariset merkkiaineet

Aikuistyypin granuloosasolukasvain on harvinainen munasarjasyöpä. Uusiutuneen taudin hoitovaihtoehdot ovat rajalliset. Hormonaalisia hoitoja on empiirisesti käytetty taudin hoidossa, mutta niiden vaikutusmekanismit ja teho ovat tuntemattomia. Tutkimuksessa selvitetään hormonien merkitystä munasarjan granuloosasolukasvaimen synnyssä ja ennusteessa. Kudoksen hormonipitoisuuksia verrataan taudin uusiutumiseen sekä hormonaalisten hoitojen vasteeseen. Tavoitteena on löytää uusia ennustetekijöitä, sekä selvittää hormonaalisten hoitojen vaikutusmekanismia ja tehokkuutta uusiutuneen granuloosasolukasvaimen hoidossa.

Gadolinium-pitoisuudet aivokasvaimissa

Gadolinium-pitoisia tehosteaineita käytetään yleisesti magneettikuvausten yhteydessä parantamaan diagnostista tarkkuutta. Tutkimuksissa on todettu, että gadoliniumia saattaa kertyä tiettyihin aivorakenteisiin. Tässä tutkimuksessa selvitetään, kertyykö gadoliniumia myös aivokasvaimiin, liittyykö kertyneen gadoliniumin määrä magneettikuvausten yhteydessä saatujen tehosteaineannosten lukumäärään, ja onko kertynyt gadolinium todettavissa muutoksina myös T1-painotteisissa magneettikuvissa. Aivokasvainten gadolinium-pitoisuus määritetään leikkauksen yhteydessä saaduista kudospaloista herkän plasmaspektrometri-menetelmän avulla.

Uusien biomarkkereiden identifiointi ja karakterisointi ihon levyepiteelisyövässä

Ihon levyepiteelisyöpä (okasolusyöpä) on yleisin metastasoiva ihosyöpä, jonka esiintyvyys on väestön ikääntymisen myötä kasvussa Suomessa. Sen tärkein riskitekijä on auringon UV-säteilylle altistuminen. Paikallinen okasolusyöpä on hyväennusteinen, mutta levinneen syövän ennuste on heikko. Okasolusyövän diagnosoinnissa ja luokittelussa ei ole vielä käytössä merkkitekijöitä, joiden avulla voitaisiin tunnistaan kehittyykö varhaisen vaiheen syöpä aggressiiviseksi metastasoivaksi syöväksi. Lisäksi uusien hoitomuotojen kehittämiselle, erityisesti uusiutuvissa sekä vaikeasti kirurgisesti poistettavissa syövissä, on tarvetta. Tutkimusryhmä on löytänyt useita mahdollisia okasolusyöpään liittyviä merkkitekijöitä ja tässä tutkimuksessa selvitetään niiden ilmentymistä okasolusyövästä ja sen esiasteista peräisin olevissa näytteissä. Tulosten odotetaan parantavat mahdollisuuksia ennustaa syövän kehittymistä potilailla. Lisäksi näitä uusia merkkitekijöitä voitaisiin ehkä käyttää tulevaisuudessa myös uusien hoitomuotojen kehittämisen kohteina aggressiiviseen okasolusyöpään.

Glykaani biomarkkerit eturauhassyövässä

Eturauhassyöpä on yksi yleisimmistä syöpätyypeistä miehillä. Tällä hetkellä käytössä olevat eturauhaskasvainten diagnostiset testit ovat epäherkkiä ja saattavat johtaa ylidiagnostiikkaan ja ylihoitoon. Tutkimuksessa pyritään eturauhaskasvainten pahanlaatuisuuden uusien prognostisten biomarkkerien ja lääkekohteiden tunnistamiseen.

Korkean pahanlaatuisuusasteen seroosi munasarjasyöpä

Munasarjasyöpä aiheuttaa viidenneksi eniten naisten syöpäkuolemia Euroopassa. Vuosien tutkimuksesta huolimatta yli puolet munasarjasyövän yleisintä, korkean pahanlaatuisuusasteen seroosia tyyppiä (HGS-OvCa) sairastavista potilaista kuolee viiden vuoden sisällä diagnoosista. Tarve uusille menetelmille, jotka auttavat paremmin ymmärtämään, ennustamaan ja hoitamaan tätä syöpää, on suuri. Tässä hankkeessa tavoitteena on kehittää menetelmiä, joilla tunnistetaan genomitietoa käyttämällä ne HGS-OvCa potilaat, jotka eivät hyödy käytössä olevasta standardihoidosta. Tarkoituksena on tunnistaa yksilöllisiä molekulaarisia profiileja, joiden perusteella voidaan ennustaa mikä hoito tehoaa parhaiten potilaan munasarjasyöpään.

Hypoksia pään- ja kaulan alueen syövässä

Alentunut happipitoisuus (hypoksia) kasvaimissa huonontaa sädehoidon hoitoennustetta pään- ja kaulan alueen syövässä. Hiljattain on todettu, että suuri osa pään- ja kaulan alueen syövistä ovat HPV-positiivisia ja että näiden potilaiden sädehoitovaste on parempi kuin HPV-negatiivisten. TLR9 kuuluu elimistön luonnollisen puolustusjärjestelmän viestinkantajiin. Niiden ensisijaisena tarkoituksena on tunnistaa elimistölle vieraita taudinaiheuttajia ja samalla aktivoida soluvälitteistä immuunipuolustusta. Usein pitkittynyt tulehdustila edeltää syövän kehittymistä. Uusimmissa tutkimuksissa on havaittu yhteys TLR9:n ilmenemisen, hypoksian ja HPV-statuksen välillä syövässä. Tutkimuksen tarkoitus on kartoittaa TLR9:n ja HPV:n ilmenemistä pään- ja kaulan alueen syöpäpotilaissa, joiden kasvainten hypoksia-aste ja sädehoitoennuste on tiedossa.

Suolistosyövän hoitotulokset Auria Biopankin aineistossa 2003-2012

Suolistosyöpä on kolmanneksi yleisin syöpätauti rinta- ja eturauhassyövän jälkeen. Suomessa suolistosyövän hoitotulokset ovat parantuneet vuosien mittaan. Tutkimuksen tarkoitus on selvittää suolistosyövän hoitotuloksia kokonaiselinaikana mitattuna Auria Biopankin aineistossa vuosina 2003-2012. Tavoitteena on löytää selittäviä tekijöitä, jotka korreloivat hoitotulosten paranemiseen vuosien varrella.

Solunjakautumisen säätely rintasyövän ennustetekijänä

Projekti jatkaa rintasyövän ennusteellista tutkimusta, jonka tarkoituksena on arvioida rintasyöpäsolukon solunjakautumisen säätelytekijöiden merkitystä taudin uusiutumisessa ja potilaiden eloonjäämisessä. Aineistossa on mukana kattavasti kaikkia rintasyöpätyyppejä, myös ns. kolmoisnegatiivisia rintasyöpätapauksia jotka muodostavat tällä hetkellä rintasyövän hoidon suurimman haasteen. Tutkimuksessa selvitetään taudinkulkua ennustavia solunjakautumisen säätelyn biomerkkiaineita, sekä näiden suhdetta rintasyövän tunnettuihin ennustetekijöihin ja potilaiden elossaoloaikaan. Tutkimuksen tavoite on lisätä rintasyövän biologiaan liittyvää tietämystä ja parantaa ennusteenarvioinnissa käytettäviä menetelmiä.

Kasvaimen käyttäytymistä ennustavat biomarkkerit Stage II levinneisyysasteen kolorektaalisyövässä

Levinneisyysasteen Stage II paksu- ja peräsuolisyöpä on syöpälääkäreille ongelmallinen potilasryhmä hoidettavaksi, sillä ei ole riittävästi tietoa siitä ketkä potilaat hyötyisivät liitännäis- ja solusalpaajahoidosta. Tutkimuksessa pyritään löytämään uusia lupaavia biomarkkereita ennustamaan korkean uusiutumisriskin Stage II paksu- ja peräsuolisyöpäpotilaita.

Kalsiumkanavien ja niitä säätelevien lääkkeiden rooli syövässä

Myosiini-X proteiinin ilmentymisellä ja syövän leviämisellä on osoitettu olevan yhteys, jolloin korkeat Myosiini-X tasot korreloivat huonon ennusteen kanssa rintasyöpäpotilaissa. Lisäksi proteiini säätelee rinta- ja haimasyöpäsolujen metastasointia ja invaasiota. Verenpainelääkkeinä käytettävät kalsiumkanavan salpaajat estävät Myosiini-X proteiinin toimintaa ja syöpäsolujen invaasiota in vitro. Kalsiumkanavien roolia syövässä ei ole aiemmin tutkittu ja niitä salpaavat lääkkeet ovat yleisesti käytössä kohonneen verenpaineen hoidossa. Tutkimuksessa selvitetään kalsiumkanavasalpaajien vaikutusta rinta- ja haimasyövän etenemiseen ja ennusteeseen. Lisäksi tutkitaan kalsiumkanavien ja Myosiini-X proteiinin ilmentymistä rinta- ja haimasyöpänäytteissä.

Lymfooman somatostatiinireseptorien DOTANOC-PET/TT-kuvantaminen sekä koko kehon magneettikuvaus varhaisen hoitovasteen seurannassa

Tutkimus on osa laajempaa kokonaisuutta, jossa pyritään selvittämään onko lymfoomissa somatostatiinireseptoreita. Tutkimuksessa kartoitetaan somatostatiinireseptorien ilmentymistä useissa eri lymfooma-alatyypeissä, sekä selvitetään reseptorien ennustetekijäarvoa korreloimalla reseptorien ilmentyminen näytteissä potilaiden elinaikatietoon. Tutkimuksen tuloksilla on merkitystä lymfoomien erotusdiagnostiikan kannalta neuroendokriinisiin tuumoreihin nähden. Samalla voidaan arvioida, olisiko somatostatiinireseptoreihin kohdistuvaa isotooppihoitoa mahdollista soveltaa lymfoomien hoidossa.

VULSAMET – Jäkälästä ulkosynnyttimien syövän metastasointiin- syövän uudet merkkiaineet

Tutkimuksessa selvitetään biomarkkereiden avulla ulkosynnyttimien syövän syntyyn ja invaasioon sekä erityisesti imusolmukemetastasointiin vaikuttavia tekijöitä. Tutkimuksen kautta pyritään ymmärtämään syövän kehittymiseen ja etenemiseen vaikuttavia tekijöitä. Näin tulevaisuudessa voitaisiin löytää syövän uusia riskitekijöitä, ja kehittää syövänhoidon uusia täsmälääkkeitä. Tutkimustulokset voivat vaikuttaa myös sukuelinihottumien hoitosuosituksiin syöpäriskin vähentämisen osalta.

Uudet prognostiset keinot pään ja kaulan alueen syöpien hoitovasteen ennustamiseen

Tyks-piirissä todetaan keskimäärin noin sata uutta pään ja kaulan alueen syöpätapaustavuodessa. Pään ja kaulan alueen levyepiteelikarsinoomista pystytään hoitojen kehittymisestä huolimatta parantamaan vain noin puolet. Tutkimuksessa pyritään tunnistamaan uusia kliiniseen käyttöön soveltuvia prognostisia ja prediktiivisiä pään ja kaulan alueen syövän ennustetekijöitä. Mikäli tutkimuksessa havaitaan, että uusien biomarkkereiden ennustavuus on parempi kuin aikaisemmin käytettyjen, voidaan tuloksia käyttää hyväksi yksilöllisten hoitomuotojen valinnassa.

Harvinaisten immunologisten veritautien epidemiologian, hoitojen, liitännäissairauksien ja ennusteen selvittäminen VSSHP:n alueella 2003-2014

Krooninen immunologinen trombosytopeeninen purppura (ITP) ja aplastinen anemia (AA) ovat harvinaisia immunologispohjaisia veritauteja, joiden syntymekanismeja ei täysin tiedetä. Etenkin aplastisen anemian ennuste vielä 40 vuotta sitten oli varsin huono, sillä vakavaa AA sairastavan potilaan ennustettu elossaoloaika diagnoosista oli vain 1-2 vuotta. Tutkimus selvittää ITP:n ja AA:n yleisyyttä, ennusteita ja komplikaatioita, niihin liittyviä kustannuksia sekä hoitoja. Tutkimuksesta saadaan tietoa hoitojen vaikuttavuudesta, ja minkälainen vaikutus eri hoidoilla on potilaiden ennusteeseen.

Selvitys polysytemia veran epidemiologisesta esiintyvyydestä ja polysytemia vera potilaan kokonaiselossaoloajasta diagnoosihetkestä VSSHP:n alueella

Polysytemia vera on hitaasti etenevä tauti, jossa joillekin potilaille kehittyy myelofibroosi tai akuutti leukemia. Tutkimuksessa pyritään selvittämään kuinka potilaat jakautuvat matalan tai korkean riskin luokkiin ja mitkä riskitekijät vaikuttavat potilaan manifestoitumiseen joko myelofibroosiin tai akuuttiin leukemiaan. Tutkimus lisää tietoa polysytemia veran epidemiologiasta ja mahdollisesti sen ennusteeseen vaikuttavista tekijöistä.

Mahasyövän biomarkkerien ilmentyminen ja ennusteellinen arvo

Mahasyöpä on maailmanlaajuisesti kolmanneksi yleisin syöpäkuolemien aiheuttaja. 300 mahasyöpää käsittävässä tutkimuksessa analysoidaan mahasyövän molekulaaristen alatyyppien kliinisiä piirteitä immunohistokemiallisin keinoin. Lisäksi pyritään tunnistamaan uusia prognostisia mahasyövän biomarkkereita ja lääkekohteita. Paremmat biomarkkerit auttavat tunnistamaan mahasyövän erityispiirteitä ja kullekin potilaalle sopivinta hoitoa. Uudet lääkekohteet auttavat suunnittelemaan tulevaisuuden hoitokokeita.

Perinnöllinen rintasyöpäalttius korkean rintasyöpäriskin suvuissa

Rintasyöpään sairastuu jossain elämänsä vaiheessa joka yhdeksäs nainen. Arvioiden mukaan 5-10% rintasyövistä on perinnöllistä eli johtuu korkealla riskillä syövälle altistavan geenivirheen kantajuudesta, jolloin elämänaikainen rintasyöpäriski on yli 40%. Tutkimuksessa kartoitetaan paikallista rintasyöpägeenimutaatioprofiilia TYKS-ERVA-alueella. BRCA1/2-geenivirheet selittävät vain n. 25 % perinnöllisistä rintasyöpätapauksista. Tavoitteena on löytää ennestään tuntemattomia rintasyövän alttiusgeenejä korkean riskin potilailla. Lisäksi tutkimuksessa pyritään saamaan uutta tietoa eri riskigeenien yhteisvaikutuksesta ja siitä, miten eri alttiusgeenit assosoituvat sairastumisikään. Tutkimuksen tulokset hyödyttävät rintasyövän diagnostiikkaa, ennusteen määritystä ja syöpäriskin arviointia.

Somatostatiinireseptorien ilmentyminen glioomissa ja sen yhteys ennusteeseen

Glioomat ovat yleisimpiä aivokasvaimia jotka jaetaan histologisen erilaistumisasteensa mukaan matala-asteisiin ja korkea-asteisiin eli pahanlaatuisiin glioomiin. Viime vuosina on saatu käyttöön useita molekyylipatologisia merkkiaineita, joiden avulla glioomat voidaan jakaa tarkempiin alaryhmiin hoitoa ja seurantaa varten. Monet kasvaimet ilmentävät somatostatiinireseptoria, jota käytetään terapeuttisena kohteena etenkin neuroendokriinisten kasvainten hoidossa. On viitteitä, että somatostatiinireseptorien ilmentyminen glioomissa voi toimia sekä diagnostisena että prognostisena merkkiaineena. Tutkimuksessa selvitetään somatostatiinireseptorien ilmentymistä glioomissa sekä sen yhteyttä potilaan elinajanennusteeseen ja molekulaarisiin markkereihin. Tutkimushypoteesin mukaan somatostatiinireseptorien ilmentyminen glioomissa on mahdollinen uusi prognostinen biomarkkeri, joka tarkentaa diagnostista luokittelua sekä auttaa sopivan hoidon valinnassa.

Selvitys myelofibroosin, polysytemia veran ja essentiaalisen trombosytemian epidemiologisesta esiintyvyydestä ja myelofibroosipotilaan kokonaiselossaoloajasta diagnoosihetkestä VSSHP:n alueella

Myelofibroosi on hitaasti etenevä ja huonoennusteinen tauti, jonka kokonaiselossaoloa on vasta viime vuosina onnistuttu lääketieteellisesti parantamaan. Osa potilaista leukemisoituu ja tutkimuksessa pyritäänkin selvittämään, kuinka moni myelofibroosipotilaista kehittää akuutin leukemian ja mikä merkitys JAK2V617F-geenimutaatiolla voi olla leukemian kehittymisessä. Tutkimus lisää tietoa myelofibroosin epidemiologiasta ja mahdollisesti sen ennusteeseen vaikuttavista tekijöistä.

Selvitys akromegalian epidemiologisesta esiintyvyydestä ja hoidosta Varsinais-Suomen sairaanhoitopiirin alueella operatiivisen hoidon jälkeen

Akromegalia on harvinainen sairaus joka johtuu aivolisäkkeen kasvaimen aiheuttamasta kasvuhormonin liikaerityksestä. Tutkimuksessa pyritään saamaan tietoa niiden akromegaliapotilaiden määrästä, jotka eivät saavuta biokemiallista kontrollia aivolisäkekasvaimen poiston jälkeen, ja mikä osa potilaista tarvitsee somatostatiinianalogihoitoa vasteen saavuttaakseen. Lisäksi selvitetään akromegaliasta johtuvien lisäsairauksien tilaa potilailla, jotka eivät ole biokemiallisessa kontrollissa verrattuna kontrollissa oleviin potilaisiin. Tutkimus tuottaa uutta tietoa akromegaliapotilaiden hoidon kohdentamiseen.

Beetasolu PET-merkkiaineiden tutkiminen kudosnäytteillä

Diabetes on seuraus haiman insuliinia tuottavien beetasolujen tuhoutumisesta. Tällä hetkellä diabetesta arvioidaan sairastavan maailmanlaajuisesti 180 miljoonaa ihmistä. Haiman tutkimisen tekee hankalaksi sen sijainti syvällä vatsaontelossa ja beetasolujen vähäinen määrä. Kun sairaus todetaan, valtaosa insuliinia tuottavista beetasoluista on jo ehtinyt tuhoutua. Tutkimuksen tavoitteena on kehittää haiman insuliinia tuottavien beetasolujen PET (positroniemissiotomografia)-kuvantamiseen soveltuvia uusia merkkiaineita. Tällaisten merkkiaineiden myötä diabeteksen etenemisen seuranta voisi täsmentyä ja diabeteslääkityksen tehon seurantamahdollisuudet parantua.