Näytteitä tutkimukseen
Auria Biopankki tarjoaa korkealaatuisia ihmisperäisiä näytteitä biolääketieteelliseen tutkimukseen.
Biopankin näytteet ovat muun muassa kudosta, verta tai soluista eristettyä DNA:ta/RNA:ta. Näytteisiin voidaan yhdistää niihin liittyvä tutkimuksen kannalta merkittävä kliininen tieto. Uusia näytteitä kerätään biopankkiin sairaalassa tavanomaisen diagnostiikan ja hoitotoimenpiteiden yhteydessä potilailta, jotka ovat antaneet biopankkisuostumuksen. Biopankissa tehtävien tutkimusten tulee palvella väestön terveyden edistämistä ja aineiston luovutus edellyttää tieteellistä tutkimussuunnitelmaa sekä Auria Biopankin tieteellisen ohjausryhmän puoltavaa lausuntoa.
Auria Biopankin näytteisiin voidaan liittää potilastietojärjestelmistä poimittuja kliinisiä tietoja sekä näytteestä analysoitua genotyyppitietoa.
Biopankin data-analyytikot toteuttavat korkealaatuisia data-analyysejä kliinisellä potilasdatalla. Tutkimuksessa käytettävä data voi olla joko biopankin aineistoa, johon kuuluvat biopankkisuostumuksen antaneiden tiedot, tai koostua tutkijan hyväksyttämällä rekisteritutkimusluvalla biopankille luovutetuista potilastiedoista. Osasta näytteitä on myös saatavilla genomitietoa, mitä voidaan yhdistää näytteistä analysoituun tietoon ja terveystietoon ja näin löytää yhteyksiä yksilöllisten geneettisten eroavaisuuksien ja sairauksien tai lääkeainevasteiden välillä.
Näytekeräys ja säilytys
Auria Biopankin kautta voi myös järjestää uusien näytteiden keräyksen yhteistyössä sairaalan ja hoitohenkilökunnan kanssa.
Suunnittelemme ja toteutamme mm. kudos-, veri- tai eritekeräykset tutkimuksen tarpeiden mukaisesti yhteistyössä sairaalan ja hoitohenkilökunnan kanssa. Rutiinisti keräämme kaikilta biopankkisuostumuksen antaneilta biopankkiverinäytteen tavanomaisen diagnostisen tai kliinisen verinäytteen oton yhteydessä. Lisäksi keräämme tuorekudoksia, joita jää yli diagnostiikan tarpeen.
Auria Biopankin näytteenkäsittelyautomatiikalla voidaan jakaa suuriakin nestemäisiä näyte-eriä 2D-koodattuihin putkiin (mm. Micronic, FluidX tai Matrix). Meillä on kokemusta erilaisista putkien sulkumenetelmistä, ja suoritamme yksittäisten putkien sulkemisen alumiinifoliolla ainoana laboratoriona Suomessa.
Yhteiset kehitysprojektit
Auria Biopankki tekee tieteellistä yhteistyötä sekä akateemisten tutkijoiden että yritysten kanssa.
Yhteistyömalleina toimivat ns. julkisen-yksityisen sektorin kumppanuudet (public-private partnerships), akateeminen kollaboraatio sekä tiedon jakamiseen perustuva yhteistyö. Tutkimusidea voi tulla ulkopuoliselta taholta tai biopankista, ja tutkimuksen toteuttamisesta sovitaan yhdessä kumppanin kanssa.
Auria Biopankki tuottaa korkealaatuisia monikudosblokkeja (TMA, tissue microarray).
Suunnittelemme ja valmistamme räätälöityjä TMA-blokkeja kudosnäytteistä asiakkaan tarpeiden mukaisesti. Lisäksi kaikkiin näytteisiin voidaan liittää merkittävä määrä kliinistä tietoa. Näytteet digitalisoidaan ja patologi tai tutkija itse valitsee jokaisesta näytteestä omalla tietokoneellaan TMA-blokkiin siirrettäväksi halutut kohdat. TMA:n valmistus on automatisoitu ja tapahtuu TMA Grand Masterilla. Auria Biopankin TMA:t valmistetaan pääsääntöisesti Tyks Patologialla kerätyistä FFPE näytteistä, lisäksi TMA voidaan tuottaa myös asiakkaan hallussa olevista näyteblokeista.
| TMA | Disease | Patients | Years | Blocks(#) | Cylinders/patient (#) | Diameter (mm) | Normal tissue from same sample included | Marker samples |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Prostate Cancer | Removal of prostate due to adenocarcinoma (Gleason ~8) | 222 | 2004-2010 | 18 | 2 from the core of tumour | 1,5 | yes | Liver tissue and tonsillas |
| Pancreatic cancer | Pancreatic adenocarcinoma | 40 | 1993-2012 | 2 | 2 from the core of tumour | 1,5 | - | |
| Gastric cancer | Intestinal-type adenoca of the stomach, gastro-esophageal junction or distal esophagus |
~200 | 1993-2012 | 12 | 2 from the core and 2 from invasive front | 1 | yes | |
| Colorectal cancer | Stage II colorectal cancer | 250 | 2005-2012 | 11 | 2 from the core and 2 from invasive front | 1 | yes | |
| Glioma | Glioblastoma and diffuse glioma | ~200 | 2005-2013 | 5 | 2 from the core of tumour | 1,5 | - | Liver tissue |
| Lung cancer | Non-small cell lung cancer | ~500 | 1993-2013 | 27 | 1-2 from the core and from invasive front | 1,5 | yes | Liver tissue and tonsillas |
| Breast cancer | Breast cancer (triple negative) | ~200 | 1998-2012 | 10 | 2 cylinders from the core of tumour, metastatic lymph node or inflamed area | 1,5 | yes | ER+, HER+ and liver tissue. |
| Ovarian cancer I | Ovarian granulosa cell tumours | 44 | 1993-2013 | 2 | 4 from the core of tumour | 1 | - | Liver tissue |
| Ovarian cancer II | High-grade serous ovarian carcinoma | ~400 | 1994-2007 | 12 | 2 from the core of tumour | 1,5 | - | Liver tissue |
| Vulvar cancer | Precancerous lesions and primary tumours of vulva, metastatic lymph nodes | 140 | 1999-2013 | 4 | 2 from the core and
2 from invasive front; 2 from LSA; 2 from metastatic lymph nodes |
1 | yes | Liver tissue |
| Gastrointestinal stromal tumour | Gastrointestinal stromal tumour (GIST) | ~100 | 1993-2016 | 4 | 1-2 cylinders from the core of the tumour | 1,5 | - | Liver tissue |
| Head and neck cancer | Squamous cell carcinoma (head and neck and salivary gland cancer) | ~400 | 2004-2015 | 11 | 2 cylinders from the core of the tumour, 2 from the invasive front, 2 from metastatic lymph nodes (2 cores from stroma) |
1 | - | Liver tissue |
| cSCC | Squamous cell carcinoma, actinic keratosis and Cutaneous squamous cell carcinoma (cSCC) (skin) Patient with metastatis and without metastatis |
64+15 | 1994-2013 | 3+2 | Cylinders from the tumour, cylinders from the normal tissue |
1 | yes | Liver tissue |
| Breast cancer | Infiltrating ductal carcinoma (Her2 negative) | ~200 | 2003-2006 | 3 | 1 cylinder from the core of the tumour | 1 | - | Liver tissue |
| Lung cancer | Biomarkers in lung carsinoid tumours (NETs) | 36 | 1990-2013 | 2 | cylinders from the core of the tumour, cylinders from bening lung tissue, cylinders from bronchus cylinders from the border, cylinders from metastatic lymph nodes |
1 | yes | Liver tissue |
| Pediatric | Carsinoma samples from children (kidney, brain/meninges, sarcoma, lymphoma/leukemia, thyroid, others) | 57 | 1993-2012 | 6 | 1-2 core from tumour, 1-2 core from control |
1 | yes | Liver tissue |
| Adenomyosis | Adenomyosis samples | ~140 | 2012-2016 | 12 | 1-2 cylinders from adenomyosis 1-2 cylinders from myometrium 1-2 cylinders from myometrium |
2 | - | Liver tissue |
| Endometrial cancer | Twenty endometrioid G3 cancers and 20 non-endometriod cancers. | 63 | 2011-2015 | 2 | 2-4 cylinders from tumour 0-1 cylinders from normal |
2 | few | |
| Kidney | Clear cell carcinomas | 271 | 2004-2015 | 14+4 | 2 cylinders from the core of the tumour, 2 from the invasive front, 1 from normal to normal TMA blocks |
1,5 | yes | Liver, tonsilla, testis, lymphatic tissue |
| Breast cancer | HER2 positive breast cancers | 79 | 2008-2013 | 1 | 1 cylinder from the core of the tumour, 1 from the invasive front |
1 | - | |
| Breast cancer | Triple-negative breast cancers | 103 | 2013-2018 | 3 | 1 cylinder from the core of the tumour, 1 from the invasive front |
1,5 | - | Liver tissue |
| Breast cancer | HR+ HER2- breast cancers | 205 | 1998-2013 | 4 | 1 cylinder from the core of the tumour, 1 from the invasive front |
1,5 | - | Liver tissue |
Algoritmien kehitys ja tekstinlouhinta
Vaikka potilastietojärjestelmissä on paljon tietoa rakenteellisessa ja jäsennellyssä muodossa, suuri osa kliinisistä tiedoista on kuitenkin edelleen jäsentämättömissä raporteissa ei-rakenteellisessa muodossa. Auria Biopankin data-analyytikot kehittävät algoritmeja, joita voidaan käyttää keräämään halutut asiaankuuluvat tiedot isojen tietomassojen joukosta. Muokkaamme tietoja myös helpommin analysoitavaan muotoon.
Syväoppiminen ja keinoälyn hyödyntäminen
Syövän histologia heijastaa sairauden taustalla olevia molekyylitason prosesseja sekä sairauden etenemistä. Nykyisiin sovelluksiin, kuten digitaalisessa patologiassa hyödynnettäviin konvoluutioneuroverkkoihin (CNN), liittyy jopa silmälle näkymättömien tai aiemmin tuntemattomien kasvaimen ominaisuuksien paljastaminen. Auria Biopankissa käytämme syväoppimisteknologiaa esimerkiksi ennustamaan potilaan taudin kulkua tai hoitovastetta digitaalisista histologisista kuvista. CNN:ää hyödyntäviä sovelluksia voidaan periaatteessa soveltaa minkä tahansa tyyppisiin syöpiin tai muihin sairauksiin, joissa kudosnäytteet kerätään osana tavanomaista diagnostiikkaa tai hoitoa.
Feasibility selvitykset ja recall
Auria Biopankki on yhteistyökumppani kliinisissä lääketutkimuksissa.
Biopankkisuostumuksella henkilö antaa luvan hänestä tavanomaisten diagnoosi- ja hoitotoimenpiteiden yhteydessä kerättyjen näytteiden ja tietojen käyttöön biopankkitutkimuksessa. Suostumuslomakkeessa kysytään myös lupaa ottaa yhteyttä ja tiedustella halukkuutta antaa lisänäytteitä tai osallistua sellaiseen tutkimukseen, jota biopankkisuostumus ei mahdollista. Biopankki voi poimia yhteydenottoluvan antaneiden henkilöiden joukosta erilaisiin kliinisiin lääketutkimuksiin soveltuvia henkilöitä ja ottaa heihin yhteyttä.
