Millaisia näytteitä biopankissa on?
Auria Biopankissa on noin miljoona ihmisperäistä näytettä. Merkittävä osa näytteistä on syöpänäytteitä.
Biopankkien näytteet kerätään tavanomaisten terveydenhuollon ja lääketieteellisten tutkimusten yhteydessä. Ne säilötään biopankkiin odottamaan hetkeä, jolloin niitä tarvitaan tutkimuksessa.
Biopankki luovuttaa näytteet tutkimukseen koodattuina, eli yksittäisen näytteenantajan henkilöllisyys ei ole tunnistettavissa. Tutkimuksen päätyttyä tutkija palauttaa kerätyn raakadatan tai näytekohtaiset analysoidut tulokset biopankkiin. Näin näytteeseen liitetty tieto ”kasvaa korkoa”. Tämän jälkeen näytettä tai siitä saatua tutkimustietoa voidaan käyttää tulevissa tutkimuksissa.
Näytekokoelmat
1. Kudosblokit
Auria Biopankin näytevarasto käsittää lähes miljoona FFPE-näytettä (parafiiniin valettuja kudosnäytteitä), jotka on kerätty Tyksissä vuodesta 1930 alkaen.
Näytteet säilytetään kuivassa huoneenlämmössä Tyks Patologian diagnostiikan vaatimusten mukaisesti.
Auria Biopankki tuottaa korkealaatuisia monikudosblokkeja (TMA, tissue microarray)
2. Kliininen data
- Visits and wards (since 1976, more broadly 2004-)
- Location, specialty, mode of admittance, start and end dates
- Patient origin and transfer location
- ICD10 diagnoses
- Diagnoses (since 1976, more broadly 2004-)
- ICD format
- Pathology (since 1985)
- Anamnesis and statements by pathologists
- Snomed M and T classifications
- Pathology diagnoses
- Pathology tables
- Procedures (since 1994)
- Operations
- Small procedures
- Radiology procedures
- Radiology (since 1996)
- Anamnesis and statements by radiologist
- Scan details
- Radiation therapy (since 1997)
- Fractions
- Total dose
- Medical texts (patient narratives) (since 2004)
- Demographics (since 2004)
- Sex, date of birth, date of death
- Laboratory tests
- Results (numerical) and patient specific reference ranges (since 2005)
- Statements (since 2014)
- Spirometry (since 2006)
- Treatment tables (since 2006)
- E.g. height, weight, blood pressure
- Medications
- Medications prescribed during in-patient treatment periods (since 2010)
- Cancer medications (since 2004)
- Prescriptions (for out-patient use) (since 2010)
3. EDTA Verinäytteet
Jokaiselta Auria Biopankkiin suostumuksen antaneelta ihmiseltä pyritään ottamaan 10 ml EDTA-verinäyte. Näyte sentrifugoidaan, jonka jälkeen plasma jaetaan kahteen 475 µl ja kokoveri* kahteen 450 µl erään. Näytteet säilytetään -80°C lämpötilassa.
*Sentrifugoinnin jälkeen EDTA-verinäytteestä pipetoidaan talteen plasmaa. Tämän jälkeen veriputkea sekoitetaan, ja tästä pipetoidaan kokoveri. Käsittelyn jäljiltä kokoverinäytteen plasmapitoisuus on pienempi kuin näytteessä alun perin. Käsittelyn jäljiltä kokoverinäytteen DNA-saanto on korkeampi kuin näytteessä alun perin.
4. DNA-näytteet
Biopankkisuostumusten perusteella kerätyistä EDTA-kokoverinäytteistä valikoidaan osa DNA:n eristämistä varten. Tällöin DNA eristetään tuoreesta verinäytteestä, siitä mitataan DNA-pitoisuus ja -puhtaus ja se laimennetaan tarvittaessa. DNA voidaan myös eristää syväjäässä säilytetyistä verinäytteistä. Näytteet säilytetään -80°C lämpötilassa.
5. Seeruminäytteet
Vuodesta 2019 Auria on kerännyt biopankkisuostumuksen antaneiden diagnostisten seeruminäytteiden ylijäämää näytevarastoon. Näytteet on väliaikaisesti säilytetty -20°C lämpötilassa. Näytteet on sulatettu ja jaettu 400-450 µl alieriin. Näytteet säilytetään -80°C lämpötilassa.
6. PSA seeruminäytteet
Auria Biopankkiin on siirretty urologian poliklinikan näytekokoelma, joka kattaa Turun yliopistollisessa keskussairaalassa vuosina 1996 ja 1997 PSA-kokeessa käyneiden miesten diagnostiset seeruminäytteet. Kokoelma sisältää yhteensä noin 7000 seeruminäytettä. Näytteet on jaettu 450 µl:n eriin ja Biopankki luovuttaa niitä pyynnöstä lääketieteelliseen tutkimukseen. Näytteet säilytetään -80°C lämpötilassa.
7. Likvorinäytteet
Vuodesta 2020 Auria on kerännyt biopankkisuostumuksen antaneiden diagnostisten likvorinäytteiden ylijäämää näytevarastoon. Osa näytteistä on pakastettu tuoreeltaan -80 °C lämpötilaan, mutta osa on säilytetty väliaikaisesti -20°C lämpötilassa ja sulatettu kerran. Näytteet on sentrifugoitu ja jaettu 300-600 µl alieriin. Näytteet säilytetään -80°C lämpötilassa.
8. Endomet-Proendo-kohortit
Endomet-Proendo -tutkimus (Tyks ja Turun yliopisto) keskittyy uusien keinojen kehittämiseen endometrioosin tunnistamiseksi, hoidon tehon ja taudin uusiutumisen arvioimiseksi sekä potilaiden seurannaksi. Seeruminäytteitä kerättiin tutkimukseen vuosina 2005-2015 yli 300 osallistujalta, ja tutkimus on edelleen käynnissä. Saatavana myös muita näytetyyppejä, kuten virtsa.
9. Munasarjasyövän seerumi- ja plasmanäytteet
Biopankkiin on siirretty Tyksissä vuodesta 2009 lähtien hoidettujen munasarjasyöpää sairastavien potilaiden seerumi- ja plasmanäytteitä sekä niihin liittyvää kliinistä tietoa. Näytteistä on kerätty pitkittäissarjoja esim. ennen hoitoa – hoidon aikana – hoidon jälkeen. Näytteet säilytetään -80°C lämpötilassa. Keräys on edelleen käynnissä.
10. Virtsanäytteet
Vuodesta 2023 Auria on kerännyt biopankkisuostumuksen antaneilta diagnostisten virtsanäytteiden ylijäämää näytevarastoon. Näytteet on väliaikaisesti säilytetty jääkaappilämpötilassa, kunnes ne on jaettu 900 µl:n alieriin. Alierät säilytetään -80°C lämpötilassa.
11. Organoidit
Organoid cultures from patient-derived tumors of high-grade serous ovarian cancer. Stabile and well-characterized with clinical data.
Miten biopankkinäytteitä saa tutkimukseen?
Biopankki voi luovuttaa näytteitä ja niihin liitettyä tietoa ainoastaan korkeatasoiseen terveystieteelliseen tutkimukseen ja tuotekehitykseen.
Jos olet suunnitellut tutkimusta jossa haluaisit hyödyntää Biopankin materiaalia, ota meihin yhteyttä (ks. yhteystiedot ) ja kerro tutkimusasetelmastasi. Voit myös ottaa yhteyttä FINGENIOUS -palvelun kautta.
Teemme keskustelun perusteella alustavan näyte- ja tietohaun.
Uudet esiselvitys- ja luovutuspyynnöt kaikkiin sairaalabiopankkeihin voi jättää FINGENIOUS -palveluun.
Tieteellinen ohjausryhmä
Näyte- ja tietoluovutuspyynnöt käsitellään Auria Biopankin tieteellisessä ohjausryhmässä, joka vastaa biopankkia koskevien tutkimusprojektien tieteellisestä arvioinnista.
Tieteellinen ohjausryhmä arvioi erityisesti
- tutkimuksen tieteellisen tason (mm. teoreettisen perusteltavuuden ja käytettävät menetelmät) sekä merkittävyyden ja eettisyyden
- pyydetyn aineiston koon suhteessa näytteiden määrään ja näytteiden valinnan kriteerit
- tutkimusprojektin resurssit
- tutkimushankkeen kuulumisen biopankin tutkimusalueeseen
Tieteellinen ohjausryhmä voi pyytää täydentämään hakemusta tutkimuslaissa tarkoitetun toimivaltaisen alueellisen eettisen toimikunnan lausunnolla tai muita lisäselvityksiä. Myös biopankin itse mahdollisesti tekemät tutkimukset arvioidaan samojen vaatimusten mukaisesti.
Tieteellisen ohjausryhmän kokoukset
| Syksy 2025 | (Päivämäärän jälkeen suluissa aineistojen viimeinen jättöpäivä) |
| 25.8. | (11.8.) |
| 29.9. | (15.9.) |
| 3.11. | (20.10.) |
| 8.12. | (24.11.) |
Tieteellisen ohjausryhmän kokoonpano
| Puheenjohtaja | varalla |
| Pekka Taimen (TY, Biolääketiede, Patologia) | Jutta Huvila (TY, Biolääketiede, Patologia) |
| Jäsenet | varalla |
| Peter Boström (Tyks, Urologia) | Heikki Irjala (Tyks, Korva-, nenä- ja kurkkutaudit) |
| Antti Jekunen (Vaasan keskussairaala, Onkologia) | |
| Juha Kukkonen (Satasairaala, Ortopedia) | Mikko Järvisalo (Satasairaala, Sisätaudit ja tehohoito) |
| Veli-Matti Kähäri (TY, Ihotaudit) | Panu Jaakkola (TY, Syöpätaudit) |
| Laura Pirilä (Tyks, Reumatologia) | Markus Juonala (Tyks, Sisätaudit) |
| Johanna Schleutker (TY, Lääketieteellinen genetiikka) | Jukka Hytönen (TY, Biolääketiede) |
| Tom Southerington (Tyks, Projektit/lakimies) | Tom Edelman (Tyks,Tutkimuslakimies) |
| Jorma Toppari (Tyks, Lastentaudit) | Harri Niinikoski (Tyks, Lastentaudit) |
| Esittelijä/sihteeri | |
| Merja Perälä ja Lila Kallio (Auria Biopankki) | |
Päätös
Tieteellisen ohjausryhmän lausuntoon perustuen Auria Biopankin johtaja tekee päätöksen näytteiden/tietojen luovuttamisesta biopankkitutkimukseen.
Biopankkilakiin nojaten Auria Biopankki voi rajoittaa näytteiden ja tietojen luovuttamista, erityisesti jos
- aiottu käyttötarkoitus on vastoin biopankin määrittelemää tutkimusaluetta, näytteen käsittelyn perusteena olevaa suostumusta, tai lain mukaisia edellytyksiä,
- ei voida varmistua aiotun käytön eettisyydestä tai tieteellisestä tasosta,
- ei voida varmistua hakijan ammatillisesta tai tieteellisestä pätevyydestä,
- ei voida varmistua hakijan edellytyksistä noudattaa lakeja tai biopankin ohjeita ja sopimuksia,
- luovutuspyynnön kohteena oleva aineisto on rajallinen, jolloin sen käyttö priorisoidaan erittäin merkittäviin tutkimuksiin,
- luovutuspyynnön kohteena oleva aineisto on aineiston keränneen tutkijan alkuperäisen tutkimuksen kohteena ja luovuttaminen muuhun käyttöön vaarantaisi tämän ensisijaisen käytön,
- luovutuspyynnön kohteena oleva tutkimussuunnitelma on päällekkäinen jo meneillään olevan tai jo päättyneen tutkimuksen kanssa,
- luovutuspyynnön kohteena oleva aineiston käyttö esitetyllä tavalla vaarantaa yksityisyyden suojan,
- keskeneräinen immateriaalioikeuksien suojaamisprosessi vaarantuisi, tai
- tutkija on aiemmin laiminlyönyt sopimuksensa Auria Biopankin kanssa.
Aloituskokous ja luovutussopimus
Myönteisen päätöksen jälkeen järjestetään hakijan kanssa aloituskokous, jossa sovitaan projektin toteutuksen yksityiskohdista ja annetaan alustava kustannusarvio.
Näytteiden ja tietojen luovutuksesta tehdään luovutussopimus (MTA, Material Transfer Agreement) tutkijan taustaorganisaation kanssa ja vahvistetaan kustannukset. Taustaorganisaatio voi olla kotimainen tai kansainvälinen tutkimuslaitos tai yritys.
MTA:n allekirjoituksen jälkeen näytteet ja tiedot voidaan luovuttaa.
Tutkimuksen päätyttyä tutkija palauttaa näytteistä analysoidut tulokset ja/tai raakadata palautetaan biopankkiin MTA:han kirjatun mukaisesti.
Tutkimuksen tulokset on myös julkaistava, tutkimuksesta riippuen esimerkiksi alan tieteellisessä lehdessä.
Näyte- ja tietoluovutuksen yleiset periaatteet
Biopankki luovuttaa näytteitä, näytteistä saatua tutkimustietoa ja näytteen antajaan liittyviä terveystietoja korkeatasoiseen terveystieteelliseen tutkimukseen ja tuotekehitykseen. Kirjalliset sopimukset luovutuksista tehdään aina tutkijan taustaorganisaation kanssa. Taustaorganisaatio voi olla alan kotimainen tai kansainvälinen tutkimuslaitos tai yritys.
Luovutukset tehdään koodattuna siten, ettei tietoja tai näytteitä pystytä yksilöimään henkilöön. Niissä tapauksissa joissa näytetietoja pitää yhdistää esim. rekisteritietoihin, yhdistäminen tapahtuu joko biopankin toimesta tai Tietolupaviranomaisen (FinData) toimesta. Luovutus edellyttää biopankin tutkimustoimintaa seuraavan tieteellisen ohjausryhmän puoltavaa lausuntoa, biopankin myönteistä luovutuspäätöstä sekä sopimusta luovutuksen ehdoista.
Biopankki liittää tutkimuksista palautuvat tiedot näyte- ja tietorekisteriinsä, josta niitä voidaan jatkossa luovuttaa muihin tutkimuksiin. Tutkimustietoja voidaan luovuttaa myös näytteenantajalle tai häntä hoitavalle terveydenhuollon yksikölle, näytteenantajan niin halutessa ja tutkimustiedon laadun ollessa riittävää
Biopankki voi tehdä myös omaa tutkimusta, osallistua tutkimusyhteistyöhön tai käyttää ulkoisia palveluntarjoajia näytteiden prosessointiin ja analysointiin.
Osastonylilääkäri Sirkku Jyrkkiö
Syöpäklinikka, Tyks
Mitä hyötyä on biopankista? Tutkija kertoo
Biopankki tuo histologiset näytteet ja niiden sisältämän arvokkaan datan tutkijoiden käyttöön, avustaa tutkimusmateriaalin keräämisessä ja huolehtii tutkimuksen korkeasta tasosta. Tyksin osastonylilääkäri Sirkku Jyrkkiö kertoo biopankin roolista käynnissä olevassa syöpätutkimuksessa, jossa selvitetään DOTANOC-PET/TT-menetelmän soveltumista eri syöpien kuvantamiseen.
Turun PET-keskuksessa on tutkittu usean vuoden ajan DOTANOC-PET/TT-menetelmän soveltumista syöpäsairauksien kuvantamiseen.
Entuudestaan tiedetään, että menetelmä sopii hyvin neuroendokriinisten kasvainten kuvantamiseen, sillä näissä kasvaimissa on runsaasti somatostatiinireseptoreita, joihin DOTANOC-merkkiaine sitoutuu. Nyt käynnistetyllä biopankkitutkimuksella halutaan selvittää, miten merkkiaine soveltuu muiden kasvaimien kuvantamiseen.
Esimerkiksi vatsaontelon sisäisistä kasvaimista on joskus vaikea saada kudosnäytettä, jolla voitaisiin varmistua syöpäsairauden tyypistä. Tästä syystä on tärkeää tietää, kuinka spesifinen DOTANOC-PET/TT-tutkimus todella on.
Biopankin avulla luotettavampaa syöpätutkimusta
Tyks syöpäklinikan ja PET-keskuksen tutkimuksessa selvitetään lymfoomapotilaita kuvantamalla, onko lymfoomissa somatostatiinireseptoreita, jotka on mahdollista havaita DOTANOC-PET/TT-tutkimuksella.
Biopankkitutkimus on osa tätä laajempaa tutkimuskokonaisuutta. Biopankissa oleva näytearkisto mahdollistaa reseptorimääritykset useista eri lymfooma-alatyypeistä, jolloin saadaan luotettavampi käsitys somatostatiinireseptoreiden ilmentymisestä eri lymfoomissa.
Biopankin sähköisen rekisteridatan avulla voidaan lisäksi selvittää reseptorien ennustetekijäarvoa korreloimalla reseptorien ilmentyminen näytteissä potilaiden elinaikatietoon. Samalla voidaan arvioida, olisiko somatostatiinireseptoreihin kohdistuvaa isotooppihoitoa mahdollista soveltaa lymfoomien hoidossa.
Tutkijan näkökulmasta biopankki tarjoaa selkeän yhteydenottokanavan ja avustaa tutkimuksen kysymyksenasettelussa ja tutkimusmateriaalin tunnistamisessa ja keräämisessä. Biopankki selkeyttää tutkimukseen liittyvää lupakäytäntöä. Biopankki tuo histologiset näytteet kaikkien tutkijoiden ulottuville ja samalla huolehtii siitä, että näytteiden avulla tehtävä tutkimus on korkeatasoista ja edistää syövän perustutkimusta ja hoitoa.