Prover till forskning
Auria Biobank erbjuder högkvalitativa mänskliga prover till biomedicinsk forskning.
Biobankens prover utgörs av vävnader, blod eller DNA/RNA extraherad från celler. Proverna kan kombineras med andra för forskningen relevanta kliniska uppgifter. Nya prover samlas in till biobanken i samband med normal undersökning och behandling av patienter som gett sitt samtycke. Biobanksforskningen ska syfta till att främja folkhälsan och utlämning av material förutsätter en vetenskaplig forskningsplan samt ett positivt utlåtande från Auria Biobanks vetenskapliga styrgrupp.
Prover från Auria Biobank kan kombineras med kliniska uppgifter från patientdatasystem samt genotypdata som bygger på analyser av provet
Biobankens dataanalytiker genomför högklassiga analyser av kliniska patientdata. Data som används i forskning kan antingen bestå av biobankens material, som inkluderar uppgifter om personer som lämnat sitt samtycke, eller av patientdata som överlämnats till biobanken, vilket förutsätter att forskaren har fått tillstånd att utnyttja registret i sin forskning. För vissa av proverna finns även genomdata, som kan kombineras med analysuppgifter och hälsouppgifter förknippade med proverna för att identifiera samband mellan enskilda genetiska skillnader och sjukdomar eller behandlingsresultat med olika läkemedel.
Insamling och förvaring av prover
Det är möjligt att få nya provinsamlingar genomförda via Auria Biobank i samarbete med sjukhusen och deras personal.
Vi planerar och genomför insamlingen av till exempel vävnads-, blod- eller sekretprover i enlighet med studiens behov i samarbete med sjukhusen och vårdpersonalen. Vi samlar rutinmässigt in blodprover av alla patienter som gett sitt samtycke i samband med normala diagnostiska eller kliniska blodprover. Dessutom samlar vi in vävnad som blir över efter diagnostiska undersökningar.
Auria Biobank har ett automatiserat system för att hantera prover som gör det möjligt att dela upp stora mängder vätskeprover i 2D-kodade lagringsrör (t.ex. Micronic, FluidX eller Matrix). Vi har erfarenhet av olika förseglingsmetoder och är det enda laboratoriet i Finland som förseglar enskilda rör med aluminiumfolie.
Gemensamma utvecklingsprojekt
Auria Biobank samarbetar med akademiska forskare och företag.
Samarbetsmodellen är så kallad offentlig-privat samverkan (Public-Private Partnership), akademiskt samarbete samt samarbete som bygger på att dela information. Idén till forskningen kan komma utifrån eller från biobanken och studien genomförs i samarbete med partnern.
Auria Biobank producerar högkvalitativa vävnadsarrayer (Tissue Microarrays, TMA).
Vi planerar och tillverkar skräddarsydda TMA-klossar av vävnadsprover utifrån kundernas behov. Samtliga prover kan dessutom kopplas till med omfattande kliniska data. Proverna digitaliseras och en patolog eller forskaren själv väljer via sin egen dator vilka delar som ska inkluderas i varje TMA. TMA-tillverkningen är automatiserad med TMA Grand Master. Auria Biobanks TMA-klossar tillverkas i regel av FFPE-prover från ÅUCS patologiska enhet men kan även tillverkas av kundens egna provpreparat.
| TMA | Disease | Patients | Years | Blocks(#) | Cylinders/patient (#) | Diameter (mm) | Normal tissue from same sample included | Marker samples |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Prostate Cancer | Removal of prostate due to adenocarcinoma (Gleason ~8) | 222 | 2004-2010 | 18 | 2 from the core of tumour | 1,5 | yes | Liver tissue and tonsillas |
| Pancreatic cancer | Pancreatic adenocarcinoma | 40 | 1993-2012 | 2 | 2 from the core of tumour | 1,5 | - | |
| Gastric cancer | Intestinal-type adenoca of the stomach, gastro-esophageal junction or distal esophagus |
~200 | 1993-2012 | 12 | 2 from the core and 2 from invasive front | 1 | yes | |
| Colorectal cancer | Stage II colorectal cancer | 250 | 2005-2012 | 11 | 2 from the core and 2 from invasive front | 1 | yes | |
| Glioma | Glioblastoma and diffuse glioma | ~200 | 2005-2013 | 5 | 2 from the core of tumour | 1,5 | - | Liver tissue |
| Lung cancer | Non-small cell lung cancer | ~500 | 1993-2013 | 27 | 1-2 from the core and from invasive front | 1,5 | yes | Liver tissue and tonsillas |
| Breast cancer | Breast cancer (triple negative) | ~200 | 1998-2012 | 10 | 2 cylinders from the core of tumour, metastatic lymph node or inflamed area | 1,5 | yes | ER+, HER+ and liver tissue. |
| Ovarian cancer I | Ovarian granulosa cell tumours | 44 | 1993-2013 | 2 | 4 from the core of tumour | 1 | - | Liver tissue |
| Ovarian cancer II | High-grade serous ovarian carcinoma | ~400 | 1994-2007 | 12 | 2 from the core of tumour | 1,5 | - | Liver tissue |
| Vulvar cancer | Precancerous lesions and primary tumours of vulva, metastatic lymph nodes | 140 | 1999-2013 | 4 | 2 from the core and
2 from invasive front; 2 from LSA; 2 from metastatic lymph nodes |
1 | yes | Liver tissue |
| Gastrointestinal stromal tumour | Gastrointestinal stromal tumour (GIST) | ~100 | 1993-2016 | 4 | 1-2 cylinders from the core of the tumour | 1,5 | - | Liver tissue |
| Head and neck cancer | Squamous cell carcinoma (head and neck and salivary gland cancer) | ~400 | 2004-2015 | 11 | 2 cylinders from the core of the tumour, 2 from the invasive front, 2 from metastatic lymph nodes (2 cores from stroma) |
1 | - | Liver tissue |
| cSCC | Squamous cell carcinoma, actinic keratosis and Cutaneous squamous cell carcinoma (cSCC) (skin) Patient with metastatis and without metastatis |
64+15 | 1994-2013 | 3+2 | Cylinders from the tumour, cylinders from the normal tissue |
1 | yes | Liver tissue |
| Breast cancer | Infiltrating ductal carcinoma (Her2 negative) | ~200 | 2003-2006 | 3 | 1 cylinder from the core of the tumour | 1 | - | Liver tissue |
| Lung cancer | Biomarkers in lung carsinoid tumours (NETs) | 36 | 1990-2013 | 2 | cylinders from the core of the tumour, cylinders from bening lung tissue, cylinders from bronchus cylinders from the border, cylinders from metastatic lymph nodes |
1 | yes | Liver tissue |
| Pediatric | Carsinoma samples from children (kidney, brain/meninges, sarcoma, lymphoma/leukemia, thyroid, others) | 57 | 1993-2012 | 6 | 1-2 core from tumour, 1-2 core from control |
1 | yes | Liver tissue |
| Adenomyosis | Adenomyosis samples | ~140 | 2012-2016 | 12 | 1-2 cylinders from adenomyosis 1-2 cylinders from myometrium 1-2 cylinders from myometrium |
2 | - | Liver tissue |
| Endometrial cancer | Twenty endometrioid G3 cancers and 20 non-endometriod cancers. | 63 | 2011-2015 | 2 | 2-4 cylinders from tumour 0-1 cylinders from normal |
2 | few | |
| Kidney | Clear cell carcinomas | 271 | 2004-2015 | 14+4 | 2 cylinders from the core of the tumour, 2 from the invasive front, 1 from normal to normal TMA blocks |
1,5 | yes | Liver, tonsilla, testis, lymphatic tissue |
| Breast cancer | HER2 positive breast cancers | 79 | 2008-2013 | 1 | 1 cylinder from the core of the tumour, 1 from the invasive front |
1 | - | |
| Breast cancer | Triple-negative breast cancers | 103 | 2013-2018 | 3 | 1 cylinder from the core of the tumour, 1 from the invasive front |
1,5 | - | Liver tissue |
| Breast cancer | HR+ HER2- breast cancers | 205 | 1998-2013 | 4 | 1 cylinder from the core of the tumour, 1 from the invasive front |
1,5 | - | Liver tissue |
Algoritmutveckling och text mining
Även om patientdatasystemen innehåller mängder av data i ett strukturerat och organiserat format finns en stor del av den kliniska informationen fortfarande oorganiserad i icke-strukturerade rapporter. Auria Biobanks dataanalytiker tar fram algoritmer som kan användas för att sammanställa önskade relevanta uppgifter från enorma volymer data. Vi kan även konvertera informationen till ett mer analysvänligt format.
Djupinlärning och användning av AI
Cancerhistologi återspeglar underliggande processer på molekylär nivå såväl som sjukdomens progression. Moderna applikationer, till exempel konvolutionella neurala nätverk (CNN) inom digital patologi, kan avslöja tidigare okända egenskaper hos tumörer som är osynliga för blotta ögat. Auria Biobank använder djupinlärning för att till exempel förutspå sjukdomsförloppet eller behandlingsresultaten för patienter utifrån digitala histologiska bilder. Applikationer som utnyttjar CNN kan i princip utnyttjas för alla typer av cancer- eller andra sjukdomar där man samlar in vävnadsprover som en del av diagnosticering eller vård.
Förstudier och recall
Auria Biobank fungerar som partner i kliniska läkemedelsprövningar.
Med biobanksamtycket ger personer tillstånd till att prover som tagits i samband med normal undersökning och vård samt relaterade uppgifter används i biobanksforskning. På samtyckesblanketten får provgivarna även ange om de vill bli kontaktade om att ge fler prover eller delta i någon undersökning som inte kan göras inom ramen för biobanksamtycket. Biobanken kan välja lämpliga personer bland provgivarna som gett sitt tillstånd att bli kontaktade och bjuda in dem att delta i kliniska läkemedelsprövningar.
